Там за отказ вернуться в католическую веру он был приговорен к сожжению. Его тело проткнули шпагой для того, чтобы показать грозное зрелище собравшейся толпе.
В Испании в середине XVI в. было два очага протестантизма: один в Севилье, другой в Вальядолиде. Севильская община была создана Хуаном Хилем, известным под именем доктора Эгидио, который был настоятелем собора в Севилье. Он был когда-то обвинен в лютеранских взглядах и приговорен к тюремному заключению в Трианском замке. Когда его освободили, он поехал в Вальядолид и там обменялся мнениями с другими реформаторами церкви. Доктора Эгидио спасло то, что он умер до начала преследования протестантов.
После его кончины его должность настоятеля была передана доктору Константине Понсе де ла Фуэнте, который до этого был духовником и капелланом Карла.
Архиепископ иеронимитского ордена в Сан-Исидро, Гарсиа Ариас, известный под именем доктора Бланке, тоже стал проявлять интерес к лютеранскому учению. Он занимал влиятельное положение, его подчиненные старались разделять его интерес к протестантской религии и, таким образом, количество принявших протестантскую веру стало расти.
Франциско де Сафра, который также был влиятельным церковнослужителем и мог многих обратить в свою веру, тоже создал группу, у каждого члена которой было свое занятие. В ней состоял дон Хуан Понсе де Леон, имевший связи с герцогом Аркосским. Там же были два брата, Франциско и Антонио Капденас, которые были протестантами по духу.
Такая деятельность не могла остаться незамеченной, и через какое-то время инквизиция получила секретную информацию об иеронимитах в Сан-Исидро. То, что инквизиция узнала о существовании общины, стало известно одному из монахов, который, зная ее методы, не желал попасть в ее руки. Поэтому некоторые из них смогли спастись. Это удалось Кассиодоро де Рейна и Киприано де Валера, впоследствии известным своими письменными творениями. Кассиодоро стал главой протестантской церкви, испанской и французской, во Франкфурте, Антверпене и Лондоне. Он перевел Библию на кастильский язык (этот перевод был переиздан и распространен в наше время). Киприано де Валера писал книги о папской власти и богослужении, о Реформации в Испании, которые были опубликованы в Лондоне в 1588 г. и позже не раз переиздавались. Он переводил также труды Кальвина.
Но бегство этих людей только усилило подозрения, и труды доктора Константине Понсе де ла Фуэнте были изъяты инквизицией. В результате некоторые из этих книг, издававшиеся на протяжении многих лет, были запрещены.
Тем временем женевский пастор по имени Хуан Перес де Пинеда приготовил лютеранские книги, которые он хотел послать в Испанию. Нашелся очень храбрый человек, обращенный в протестантскую веру, который взялся их доставить. Это был Хулианильо Эрнандес, испанский священнослужитель в лютеранской церкви в Германии, который, очевидно, решил принять мученичество, взявшись за такую задачу. Из-за маленького роста его прозвали Малышом. Он поехал в Испанию, сказавшись погонщиком мулов, и проделал путь от Франции до Испании, везя с собой пожитки. Среди них были книги, которые он желал переправить в Испанию. Он прибыл в Севилью и, не осмеливаясь войти в город, стал ждать за воротами, пока не подойдет дон Хуан Понсе де Леон и не заберет книги.
Во время одной из таких экспедиций произошла роковая ошибка. Вначале книги передавались людям, которым можно было доверять, но однажды получилось так, что они попали в руки убежденного католического священника (у него было то же имя, что и у протестанта, которому их надлежало передать), и католик незамедлительно передал их инквизиции.
Ошибка была обнаружена вскоре после того, как она была совершена, и Хулианильо вместе с доном Хуаном вскоре покинули Севилью.
Но беда нагрянула. Последовали многочисленные аресты. К тому же дон Хуан и Хулианильо были схвачены перед тем, как хотели выехать из Испании.
Так начался долгий и болезненный процесс сбора информации, связанный с формальностями, столь любимыми инквизицией, и тюрьмы вскоре оказались переполненными.
В конце концов даже доктор Константине и доктор Бланке попали в тюрьму инквизиции.
В то время как в Севилье происходили указанные события, инквизиции стало известно, что в Вальядолиде тоже есть протестантская колония. Главой этой общины был дон Карлос де Сесо, который считался сыном епископа Пиасенсы, ставшего реформистом. Он быстро принял протестантизм. Среди его единомышленников были Антонио де Эрресуэло и его супруга Леонора де Сиснерос. Кроме того, в общине состоял Хуан Санчес, который так ревностно относился к делу, что подвергал своих товарищей риску. Он был любимым проповедником Карла, который брал его с собой в Германию. Возможно, находясь в одной из таких поездок, Хуан Санчес стал членом реформаторской церкви.
Когда Санчес приехал в Вальядолид, он связался с домом доньи Каталины де Ортеги и обратил ее в протестантскую веру. Педро де Касалья, парижский священник, ставший ревностным протестантом, его сестры донья Беатрис и донья Констанца де Виверо, его братья Агустин де Касалья и Франциско вместе с Хуаном Виверо собирались на встречи в доме своей матери Леоноры де Виверо.
Эти встречи, продолжавшиеся многие месяцы, не могли остаться незамеченными. Люди знали, что единственным способом избежать подозрений инквизиции было шпионить для церкви. Одной из обращенных в протестантизм была донья Ана Энрикес, дочь маркизы де Альканьизес. Очевидно, некий Кристобаль де Падилья, который был ее управляющим, слишком много говорил. Он был арестован, и группа единомышленников, не имевшая оснований надеяться на его осмотрительность, была сильно встревожена.
Бегство было практически невозможным, поскольку инквизиция была уже настороже, однако некоторые пытались спастись. Убежать смог только Санчес, но через год и он был пойман и отдан под суд.
Великим инквизитором в ту пору был Вальдес, архиепископ Севильский. Вальдес посчитал обнаружение протестантов в Вальядолиде и Севилье блестящим успехом в своей карьере. Ему нужно было не только доставить народу удовольствие, но и показать королю, какую важную роль он играет. Он был на грани бесчестия, и это дело показалось ему удобным для того, чтобы вернуть былой престиж.
Король Филипп II вел войны и срочно нуждался в деньгах. Поэтому он обратился к своим вассалам за помощью. Поскольку король был во Фландрии, принцесса Хуана, его сестра, исполнявшая в тот момент обязанности правителя королевства, потребовала у Вальдеса 100 000 дукатов.
Вальдес не готов был платить, и за это получил порицание короля. Однако он понимал, что, отказав королю в просьбе, подвергает себя опасности, и, пытаясь оправдаться, утверждал, что Филиппу не стоит брать деньги у священников, поскольку в этом деле надо полагаться на Божью помощь.
Тем временем Филипп послал указание отлучить Вальдеса от двора, хотя мог предложить ему сделать это по собственному желанию.
Но с обнаружением протестантов в Севилье и Вальядолиде Вальдес, без сомнения, почувствовал, что у него появилась возможность показать, как он полезен государству, и заодно придержать деньги. Поэтому он стал распускать ужасные слухи о протестантах, говоря, что они устраивают ужасающие оргии по всей стране.
Тем временем скончалась Хуана, душевнобольная королева, и принцесса Хуана, будучи в то время правительницей королевства, приказала Вальдесу перевезти ее тело в Гранаду. Вальдес отказался сделать это. Он сказал, что с похоронами можно подождать и что самое главное — уладить дела с протестантами в Севилье и Вальядолиде.
Обнаружение протестантов полностью изменило отношение Карла и Филиппа к Вальдесу, так как Великий инквизитор приобрел славу. Вместо требования оставить двор, ему теперь было приказано остаться.
Находившийся в Юсте Карл, близкий к смерти, был сильно обеспокоен. Он написал Хуане (послав копию письма Филиппу во Фландрию), убеждая ее не проявлять снисходительности к протестантам, представляющим, по его мнению, большую угрозу для страны.