Таким образом, во второй половине XVI в. в Германии сосуществовали и противоборствовали три конфессии: католическая, лютеранская и кальвинистская (немецкая реформатская церковь, которую следует отличать от лютеранской). Несмотря на общие черты, конфессионализация имела в рамках каждой из названных церквей свои особенности.

В середине XVI в. среди лютеранских богословов произошел раскол. Поводом послужило желание Ф. Меланхтона достичь компромисса сначала с католиками, затем с кальвинистами. В одном из самых сложных вопросов — толковании евхаристии — Меланхтон склонялся в пользу кальвинистской трактовки. Это и вызвало против него и его последователей оппозицию ортодоксальных лютеран, центром которой стал Йенский университет. В 70-е гг. XVI в. были предприняты попытки прекратить распри и выработать «формулу согласия» — единые исповедальные символы. Однако «формула согласия» (конкордия) 1577 г. получила признание только в курфюршествах Саксония, Бранденбург, в 20 герцогствах, 24 графствах, 35 имперских городах. Церковные власти Гессена, Анхальта, Померании, Нюрнберга отказались к ней присоединиться. В итоге достичь полного единообразия культа так и не удалось. Во второй половине XVI — начале XVII в. преобладала насильственная конфессионализация. Саксонский курфюрст присоединил епископства Мейсен, Наумбург и Мерзебург, курфюрст Бранденбургский — епископства Бранденбург, Гавельберг и Лебус, Хальберштадт и архиепископство Магдебург. Население этих территорий принуждалось к принятию лютеранства.

Управление лютеранской церкви, как правило, возглавлялось князем и имело сложную многоуровневую структуру. За правителем закреплялось право верховного надзора. Непосредственное управление осуществлялось через Верховную консисторию и консистории. Их члены контролировали финансовые расходы, подготовку пасторов и учителей. Главным церковным законодательным органом был Генеральный Синод. Важная функция принадлежала интендантам (генеральный интендант, специальные интенданты), осуществлявшим регулярные инспекции приходов, руководство приходскими выборами. В систему церковных учреждений были включены школы, гимназии и университеты. Выполнение духовной миссии возлагалось на пасторов. Протестантский пастор обладал солидной теологической и гуманистической подготовкой и опирался на поддержку светских властей, не останавливавшихся перед мелочной регламентацией всех сторон жизни подданных и превративших библейские десять заповедей в государственный закон. В результате доведения катехизиса до сознания каждого прихожанина, распространения элементарного обучения, крестьянское и городское население Германии получило больше сведений религиозного содержания и ближе узнало евангельское учение. Результаты христианской образованности в сельской местности были скромнее, так как крестьянство подчас проявляло религиозный консерватизм.

При всех нюансах протестантизм установил новое понимание религии как непосредственной связи между верующим и Христом. Было пересмотрено отношение к труду, который отныне рассматривали как религиозно-этическую ценность и призвание. Запрещались и преследовались многие элементы народной культуры, отменялись праздники. В практике проповеди подчеркивались важность и ценность семейной жизни, взаимные обязанности родителей и детей. Перед семьей была поставлена задача воспитания послушных подданных.

Первым из князей-лютеран, перешедшим на сторону кальвинизма в Германии в 1561-1563 гг., был курфюрст пфальцский Фридрих III. По его поручению в 1563 г. был составлен Гейдельбергский катехизис, который вскоре был признан всеми немецкими кальвинистами. Кальвинистская конфессионализация на протяжении 1570-х гг. охватила в основном мелкие владения: Лимбург, Нассау-Дилленбург, Текленбург, Реда, а также имперский город Бремен. Сын и наследник Фридриха III Людвиг VI (1539-1583) был фанатично предан лютеранству, но после его смерти регент Иоганн Казимир при малолетнем курфюрсте Фридрихе IV вернул Пфальц к кальвинизму и даже пытался примирить все протестантские учения. Поддержал Иоганна в попытках достичь компромисса между лютеранами и кальвинистами ландграф Гессен-Касссля Мориц. Однако, потерпев неудачу, он в 1604 г. перешел в реформатскую церковь.

Противоборство кальвинистов и лютеран усилилось после выработки последними «формулы согласия». Лютеране, видя в реформатской церкви серьезного соперника, высказывались в том духе, «что лучше паписты, чем кальвинисты». Тем не менее кальвинизм одерживал новые победы. Кальвинистскую конфессионализацию провели мелкие графства Вестфалии и нижнерейнского региона, большое значение имел переход в кальвинизм Анхальта (1589-1596) и курфюршества Бранденбург (1614).

Представление об общих принципах организации реформатской церкви дает пример курфюршества Пфальц. Как и в лютеранской Саксонии, курфюрст возглавлял церковное управление, осуществляя верховный надзор за нижестоящими органами, финансовыми расходами. Центральное место в руководстве церковными учреждениями было отведено церковному совету. В его распоряжении был институт инспекторов для визитаций всех нижестоящих подразделений. Посредническую роль выполнял конвент, представители которого инспектировали приходы и в случае необходимости подавали апелляции. Также церковный совет назначал священников и учителей в приходы. Совет пресвитеров участвовал в выборах пресвитеров и сборщиков подаяний в каждом приходе. Отлаженный механизм церковного управления, по мнению германских историков, оказал влияние на развитие государственного аппарата и княжеского абсолютизма.

В кальвинистских княжествах секуляризация имела наиболее законченный вид. Церковное имущество укрепило материальную базу княжеской власти, использовалось для содержания чиновников, армии, школ. В полной мере реализовало себя в данных регионах иконоборческое движение. Огромное влияние на паству кальвинисткой церкви строилось на полном подчинении личности верующего. Аскетический кодекс нравственности и жесткая морализация семейнобрачных отношений способствовали сокращению внебрачных связей, внебрачных рождений. Кальвинисты наиболее последовательно вели борьбу с магией, культами святых и другими проявлениями народной культуры. Они настаивали на безусловном следовании Библии. Христианско-просветительская деятельность кальвинистской церкви (наряду с лютеранской и реформированной католической) позволила французскому историку Ж. Делюмо высказать мысль о том, что «подлинная» христианизация была осуществлена только в конце XVI — XVII в. Борясь с суевериями, протестантская церковь стала накладывать ограничения и даже запрещать праздники. Наряду с культом труда в кальвинистской этике это послужило одной из причин отмены всех праздников, кроме воскресных дней.

Кальвинистская конфессионализация имела свои особенности. Главной формой ее утверждения стала княжеская Реформация. Распространение кальвинизма почти повсеместно происходило на бывших лютеранских территориях. Социальный базис реформатской церкви был узок в большинстве территорий Германии. В ряде регионов кальвинизм встречал яростный отпор лютеранского населения, что вынуждало княжескую власть искать компромисс с лютеранскими общинами. В Бранденбурге в 1614 г. после объявления о принятии кальвинизма Иоганном Сигизмундом вспыхнуло восстание в Берлине. Князь был вынужден торжественно обещать ландтагу не навязывать реформатскую доктрину. В результате в Бранденбурге утвердилась биконфессиональная форма: князь и его окружение были кальвинистами, а подавляющая часть населения сохранила верность лютеранству.

Реформы католической церкви дали несомненный эффект. Сократились и были упорядочены выплаты в пользу церкви. Большая часть сборов оставалась в приходе, верующие могли видеть, на что тратились средства. Появляется новый тип приходского священника, уровнем жизни и образованием, равно как и манерой поведения, резко выделявшегося из своего сельского окружения. Католицизм перестал ассоциироваться с образом малограмотного и невежественного священника. Создание широкой сети образовательных учреждений, в том числе и иезуитских, внимание к качеству образования позволили католической администрации найти немало новых сторонников и распространить католическую догматику.