В начале 1860-х гг. в Пруссии произошли события, повлиявшие на ход германской истории. Важной задачей правительство «новой эры» считало усиление Пруссии и с этой целью разработало проект военной реформы, предусматривавший значительное увеличение армии и расходов на нее. Либеральный ландтаг, с подозрением относившийся к прусской армии, в которой господствовали юнкеры, отклонил этот проект. Король распустил нижнюю палату ландтага, но выборы снова дали большинство либералам. Более того, в 1861 г. в Пруссии возникла леволиберальная Партия прогрессистов, целью которой в тот момент была борьба с правительством. Конфликт продолжал обостряться. Ландтаг вел борьбу против предлагаемого правительством бюджета военного министерства, стремясь добиться некоторых реформ. Король не шел ни на какие уступки, полагая, что ландтаг не может препятствовать ему — главе исполнительной власти и главнокомандующему — в решении вопросов, связанных с армией.
В этот момент, когда казалось, что ситуация окончательно зашла в тупик, на пост министра-президента (премьер-министра) был назначен Отто фон Бисмарк (1815-1898), который был опытным политическим деятелем. Свою карьеру он начал в 1847 г. депутатом в Соединенном прусском ландтаге и уже тогда создал себе репутацию человека, обладавшего сильным, волевым характером и умевшего правильно оценить силы противника. С 1851 г. Бисмарк представлял интересы Пруссии в Бундестаге, а в 1859-1862 гг. был послом: сначала — в России, затем — во Франции. Назначение его на пост главы правительства произошло после того, как Бисмарк на аудиенции у прусского короля 22 сентября 1862 г. выразил готовность управлять в случае необходимости без утвержденного ландтагом бюджета. Выступая перед депутатами, Бисмарк заявил, что вынужден вести государственный бюджет «без предусмотренных конституцией оснований». Режим «безбюджетного» правления стал фактом и продолжался до сентября 1866 г., когда после успешной войны против Австрии правительство провело через ландтаг закон, освобождающий его от ответственности за расходование 154 млн талеров без согласия ландтага в 1862-1865 гг.
Придя к власти, Бисмарк оказался тем политиком, который сумел верно оценить внутри- и внешнеполитическую ситуацию и сначала выработать, а затем осуществить программу объединения страны. Он был убежденным сторонником силовых методов решения национальной проблемы. По его выражению, великие вопросы времени должны решаться «железом и кровью». Бисмарк понимал, что объединение Германии и неизбежные при этом конфликты затрагивают интересы многих европейских государств, вмешательство которых может сорвать процесс консолидации. Поэтому для него как государственного деятеля характерна тщательная дипломатическая подготовка каждого шага. Главное препятствие в создании национального государства Бисмарк видел в Австрии, но открытую борьбу с этим государством Бисмарку помешало начать новое обострение шлезвиг-гольштейнского вопроса.
В ноябре 1863 г. Дания аннексировала Шлезвиг, что явилось прямым вызовом германским государствам. Волна патриотического возмущения прокатилась по Германии и стерла все партийные различия, в том числе между Национальным союзом и Союзом реформ. В Шлезвиге и Гольштейне вспыхнуло восстание.
Бисмарк решил воспользоваться сложившейся ситуацией. Международная обстановка в этот период складывалась благоприятно для Пруссии. Англия, Франция и Россия по разным причинам отказались поддержать Данию в ее «оборонительной» политике. В конфликте с Данией германские государства действовали согласованно; Австрия и Пруссия в феврале 1864 г. начали военные действия. Датская армия под напором превосходивших ее сил пруссаков и австрийцев отступала, неся большие потери. К тому же Дания находилась в дипломатической изоляции, поэтому правительство запросило мира и 30 октября 1864 г. мирный договор был подписан. Согласно его условиям, датский король отказывался от Шлезвига и Гольштейна в пользу Пруссии и Австрии. Вслед за этим начались длительные переговоры между германскими государствами, завершившиеся подписанием Гаштейнской конвенции, которая определяла судьбу герцогств. По конвенции, право собственности на всю территорию обоих герцогств принадлежало Австрии и Пруссии, но управление ими объявлялось раздельным: в Гольштейне создавалась австрийская администрация, в Шлезвиге — прусская. Гаштейнская конвенция и последующая практика управления герцогствами создали новую конфликтную зону в австро-прусских отношениях и ускорили открытое столкновение между этими государствами.
Вытеснению Австрии из Германского союза предшествовала более серьезная подготовка. Бисмарку удалось на личной встрече с французским императором заручиться нейтралитетом Франции. Главную роль при этом сыграли не обещания Бисмарка, а оценка Парижем перспектив австро-прусской войны, которая расценивалась как «весьма счастливое событие», ибо она, учитывая равенство сторон, «свяжет немцев на долгие годы».
Готовясь к войне с Австрией, Бисмарк стремился найти союзника. В связи с этим особые расчеты он связывал с Италией. Недавно созданное Итальянское королевство не признавалось Австрией. Кроме того, итальянцы не хотели мириться с тем, что Венеция все еще оставалась австрийским владением. Поэтому договориться с Италией не составило большого труда. В апреле 1866 г. был подписан прусско-итальянский союзный договор, который в случае конфликта с Пруссией обрекал Австрию на ведение войны на два фронта. На этом условии особенно настаивали прусские военные, прежде всего начальник Генерального штаба Гельмут фон Мольтке. Договор был тайным, поскольку он нарушал германскую конституцию, запрещавшую членам Германского союза вступать в направленный против его другого участника союз с иностранным государством. После заключения соглашения с Италией прусский министр-президент перешел в наступление. Он предложил Вене обсудить вопросы реформирования Германского союза и пересмотреть статус Гольштейна. Это был прямой вызов Австрии. По инициативе Вены Бундестаг принял решение о начале мобилизации. В ответ прусские войска вступили в Саксонию, Ганновер, Кургессен и перешли австрийскую границу. Началась война, которую называют австро-прусской, хотя в нее оказались втянуты фактически все германские государства: Австрию поддержали 12 государств, Пруссию — 17. Кроме того, войну Австрии объявила Италия. Решающее сражение произошло 3 июля 1866 г. у местечка под названием Кёниггрец на территории Чехии. Победа прусской армии создала реальную возможность территориальных приобретений за счет Австрии. К этому склонялся прусский король и генералы, но Бисмарк решительно выступил против. По его мнению, не следовало наносить Австрии незабываемого оскорбления национальной чести, оскорбления, которое сделало бы невозможным сближение объединенной Германии с этим родственным государством.
В августе 1866 г. между Австрией и Пруссией был подписан мирный договор. Австрия передавала Пруссии все права на Шлезвиг и Гольштейн; Германский союз упразднялся, Австрия оказалась вытесненной из Германии. Отныне осуществлению малогерманского варианта объединения страны ничто не мешало.
Война имела для Пруссии еще один важный результат — расширение территории путем аннексии государств, вклинивавшихся между прусскими владениями: Ганновера, Кургессена, Гессена-Нассау, Франкфурта-на-Майне. Кроме того, к Пруссии были присоединены Шлезвиг и Гольштейн. Отныне размеры территории, экономический потенциал и численность населения обеспечивали Пруссии абсолютное доминирование в новом политическом порядке к северу от Майна.
После Кёниггреца либеральное движение в Северной Германии переживало глубокий кризис. Либералы оказались перед выбором по вопросу: чему отдать предпочтение — свободе или единству. В Пруссии кризис либерального движения проявился в расколе оппозиционной правительству Партии прогрессистов. Часть прогрессистов, заявив о желании объединить защиту либеральных принципов с энергичной поддержкой национальной политики Бисмарка, создала «Новую фракцию национальной партии». Фракция стала ядром сформированной в последующие месяцы Национал-либеральной партии. Таким образом, либерализм разделился на два больших течения: на национал-либералов, для которых важнейшей задачей было объединение страны (поэтому они активно поддерживали Бисмарка), и «прогрессивных» либералов, которые на первый план выдвигали требования ясной либеральной политики и конституционных реформ.