Помимо добротного оборудования и инструментов для нормальной работы и эффективной научной отдачи, лаборатории требовалось постоянное и бесперебойное оснащение ее различными препаратами и реактивами. Кроме того, Ломоносов придавал большое значение их чистоте, без чего нельзя было поручиться за точность результатов, получаемых в ходе опытов. Утверждение количественных методов в химии на практике означало для Ломоносова каждодневную черновую работу по доставанию и очищению нужных реактивов, вплоть до того, что он сам должен был «заготовлять разные спирты и другие простые продукты». Для ожившего организма лаборатории все это было кровью и пищей одновременно, посредством которых работали ее внутренние органы, работали четко и плодотворно, поставляя неопровержимые доказательства к теоретическим выкладкам ученого, поднимая русскую и европейскую химию на уровень науки в современном смысле слова.

Усилиями Ломоносова в России была создана Химическая лаборатория, одна из лучших во всей тогдашней Европе. Он повысил культуру эксперимента настолько, что филигранная точность его химических опытов и сегодня не может вызвать упрека у самого придирчивого экспериментатора. Так, чувствительность «опытовых весов», выполненных для Ломоносова в 1747 году сестрорецкими оружейниками, при проверке советскими учеными спустя более двухсот лет, не превышала пяти стотысячных долей единицы. Все разновесы, имевшиеся в Химической лаборатории, были сделаны только из меди и серебра (причем предпочтение отдавалось серебряным как более точным). Хранились они в закрытых ящичках, специально для того приспособленных, и брать их позволялось лишь пинцетами. Для достижения возможно большей точности результатов Ломоносов экспериментировал с «уменьшенным весом»: за пуд брался золотник, который соответственно разбивался на сорок долей. Употребляя каждую такую сороковую часть золотника вместо фунта, Ломоносов достигал уменьшения веса в 3840 раз. Самый маленький разновес имевшийся в лаборатории, позволял взвешивать препараты с точностью до четверти «уменьшенного золотника» (0,0003 грамма).

Кроме того, Химическая лаборатория стала аудиторией, в которой Ломоносов читал лекции и проводил практические занятия со студентами, устремившимися к нему под воздействием его идей и объяснявшими свое стремление в ломоносовском духе просто и основательно, «понеже химия есть полезная в государстве наука». К этому следует добавить, что лаборатория не замыкалась в кругу только «чистой» науки, но активно выполняла множество прикладных задач (изготовление новых красителей, оптические работы, пиротехнические заказы, экспертизы драгоценностей по поручению Кабинета императрицы и т. п.).

Научно-исследовательское и учебное учреждение с практическим уклоном — такова была первая русская Химическая лаборатория, любимое детище, выношенное, в муках произведенное на свет и выпестованное Ломоносовым. Уже одного этого дела достаточно, чтобы увидеть, что профессором химии он стал и по призванию и по праву. Словом, Гмелин, уступивший ему кафедру химии, мог «отъехать в отечество» со спокойной душою, не опасаясь за то, что Ломоносов окажется ниже его, Гмелина, положительной аттестации.

А вот сам Гмелин в год открытия Химической лаборатории причинил Ломоносову сильнейшее беспокойство. Обстоятельства, сопутствовавшие этому, таковы, что о них стоит рассказать подробнее.

В июле 1747 году Гмелин, посетив Ломоносова на его квартире, обратился к нему с просьбой о поручительстве, которое состояло в том, что если он, Гмелин, выехав из России на год, не вернется к указанному сроку, то Ломоносов вместе с Миллером должны будут выплатить Академии деньги, полученные Гмелином при отъезде в сумме 715 рублей. Дело в том, что еще с 1744 года Гмелин хлопотал о своем увольнении из Академии наук, объясняя его причины плохим состоянием здоровья, подорванного в Сибирской экспедиции. Хлопоты Гмелина об отставке были безуспешными. 27 января 1747 года истек его контракт, и Гмелин был освобожден от должности профессора химии, ранее уже занятой Ломоносовым. Впрочем, 1 июля того же года Гмелин заключил новый контракт с Академией сроком па пять лет и опять был принят на службу профессором ботаники. В контракте оговаривалось право Гмелина на годичный отпуск, которым он тут же и решил воспользоваться, выехав на время отпуска в свой родной город Тюбинген.

Ломоносов и Миллер в июле 1747 года, подписали поручительство за Гмелина, и тот уехал в Германию (на год, как все полагали), взяв с собою материалы, собранные пятнадцать лет назад в экспедиции, чтобы продолжить работу над своим фундаментальным трудом «Флора Сибири, или История сибирских растений».

Однако по истечении отпуска Гмелин в Россию не вернулся, а написал президенту К. Г. Разумовскому письмо, в котором сообщил, что остается в Германии, ибо назначен профессором ботаники Тюбингенского университета. С Ломоносова и Миллера начали удерживать половину их жалованья как с поручителей за Гмелина. К тому же Ломоносов задолжал Академии (так же, как и Миллер) сумму, которой поручился за Гмелина при его отъезде. Она составляла 315 рублей 83 копейки.

В этих обстоятельствах беспокойство Ломоносова вызвано было соображениями не столько материального (хотя это надо иметь в виду), сколько морального порядка. Ломоносов, как уже говорилось, очень высоко ценил научную добросовестность Гмелина и уже по этой причине питал к нему чисто человеческую симпатию. Кроме того, нельзя забывать, что после отъезда Делиля Гмелин был, пожалуй, единственным крупным, по-настоящему авторитетным ученым из иностранцев в Петербургской Академии наук. К тому же, нарушив новый контракт, Гмелин, хотел он того или нет, наносил моральный урон Академии, а тем самым — и России, как, впрочем, и себе самому. Ломоносов был ошеломлен как патриот, как ученый, просто как человек.

1 октября 1748 года он берется за перо, чтобы высказать Гмелину все, что он думает по поводу случившегося. В его «бешеном» (как выскажется потом сам Гмелин) письме к бывшему петербургскому, а теперь тюбингенскому профессору обращает на себя внимание такая характерная черта: возмущаясь действиями адресата, он борется не с ним, а за него. В дальнейшем все письма Ломоносова, написанные по сходному поводу (к И. И. Шувалову, Г. Н. Теплову), будут отмечены таким же воспитательным пафосом, своеобразной, беспощадной заботой об оппоненте. Насколько можно судить, данная особенность ломоносовской нравственной позиции как-то ускользала от внимания исследователей и читателей. Вот почему, думается, есть смысл повнимательнее вчитаться в это ломоносовское письмо (подлинник на немецком языке), которое представляет собою первый образец воспитательной эпистолярной публицистики Ломоносова: