История с присвоением Ломоносову нового ученого звания не только стала продолжением личного поединка между ним и Шумахером, но и знаменовала собой поединок между Шумахером и Академическим собранием, то есть вообще между бюрократией и наукой. В этом поединке Шумахер рассчитывал на всегдашние разногласия в среде академиков, а также на личную неприязнь многих из них к Ломоносову. Поэтому-то он так быстро передал ломоносовское прошение на рассмотрение Академического собрания. Таким образом, он вроде бы вел себя лояльно по отношению к Ломоносову (дал ход делу сразу же, без проволочек) и одновременно потрафил самолюбию академиков. В случае отрицательного результата Ломоносов должен был бы адресовать свои претензии Академическому собранию. Но Шумахер просчитался в главном. Академическое собрание (в том числе и самые ярые ломоносовские противники) выступило на стороне адъюнкта физического класса, а не советника Канцелярии, которому оставалось теперь уже самому чинить препятствия по ломоносовскому делу — мелкие и жалкие, но затягивающие всю процедуру.

3 мая Академическое собрание, рассмотрев ломоносовское прошение, предложило ему «как можно скорее» подать еще одну диссертацию — «из области науки о металлах». Ломоносов в феноменально короткий срок, уже 29 мая, представил новую работу «О металлическом блеске» (написанную на основе его студенческого специмена 1740 года «Физико-химические размышления о соответствии серебра и ртути»). Ломоносову было позволено «вне очереди» зачитать ее перед Академическим собранием, что он и сделал 14 июня. Формальным препятствием для получения Ломоносовым профессорского звания было то, что кафедру химии по-прежнему возглавлял Гмелин. Но препятствие это было сразу же устранено, как только Гмелин сделал заявление, «что он означенную профессию (т. е. химию. — Е. Л.) г-ну адъюнкту совершенно уступает, тем паче что для всегдашнего упражнения в истории натуральной, химию оставить принужден был, и для того еще, что в прошедшем году декабря 7 дня Канцелярии объявил, что он, оставя Академию, возвратится в отечество свое».

Это произошло в Академическом собрании 17 июня. Ломоносова, присутствовавшего на заседании, попросили покинуть Конференцию, чтобы в его отсутствие вынести решение по его делу. Протокол заседания от 17 июня 1745 года (переведенный соучеником Ломоносова по Славяно-греко-латинской академии Василием Лебедевым) гласил: «По выходе г. адъюнкта Ломоносова из Конференции, советовано о его учении и успехе в оном и общим согласием определено, что поданные от г. адъюнкта учения его специмены достойны профессорского звания. И понеже учению г. адъюнкта профессия пристойна более химическая, то почтенный г. Гмелин в собрании объявил, что он означенную профессию помянутому г. адъюнкту совершенно уступает». Впрочем, академики не успели договориться в тот день, «каким образом г. адъюнкта профессором произвесть и объявить и другие подобные тому случаи», — то есть неясен был сам бюрократический механизм производства в должность. Вот почему ломоносовское дело было «оставлено до другого собрания», на которое решено было пригласить и Шумахера.

Вот тут-то советник Канцелярии и наверстал свое. На «другое собрание», состоявшееся 21 июня, Шумахер не явился. Окончательное решение дела о ломоносовском профессорстве вновь было отложено. Пришлось назначить на следующий день экстраординарное заседание. Но Шумахер не явился и на этот раз. Академики отважились закрыть вопрос без него. Записав — 22 июня в протоколе: «Дело о Ломоносове было решено окончательно», — они постановили обратиться в Сенат, уведомив этот высший исполнительный орган государственной власти о том, что Академическое собрание считает Ломоносова достойным профессорского звания. Сами академики не осмелились непосредственно снестись с Сенатом — это входило в компетенцию президента. В его отсутствие Академию в Сенате представлял Шумахер. Академическое собрание постановило поручить ему поставить Сенат в известность об избрании Ломоносова профессором. Несколько дней ушло на составление соответствующего письма в Сенат, которое было утверждено в Академическом собрании 28 июня. В письме говорилось о том, что решение о Ломоносове носит окончательный характер. В сущности, Шумахеру отводилась роль курьера от Академии в Сенат. По иронии судьбы, письмо академиков отправлял Шумахеру конференц-секретарь Винсгейм (тот самый, с которым Ломоносов схлестнулся в 1743 году и который тогда был на стороне Шумахера). Теперь ситуация в Академии отражала истинное положение вещей: воюя с Ломоносовым, Шумахер воевал с Академией.

Письмо академиков, подписанное Винсгеймом, он оставил без ответа и без последствий. Ломоносову, потребовавшему от него объяснений, Шумахер объявил, что этого письма недостаточно и необходима выписка из протокола Академического собрания. 1 июля Ломоносов получил ее и представил Шумахеру, который на сей раз заявил, что выписка должна быть препровождена ему официально, через конференц-секретаря Винсгейма. 4 июля Винсгейм направил Шумахеру требуемую выписку. Только 18 июля Шумахер подал ломоносовское дело в Сенат (эти две недели бумага лежала у него без движения уже без всякого внешнего оправдания). Сенат в тот же день распорядился: «По указанному Канцелярии Академии наук представлению и по удостоинству профессоров быть при той Академии Ломоносову профессором химии». 25 июля было доложено императрице, которая дала Сенату устный указ о назначении Ломоносова на должность профессора. 26 июля на заседании Сената этот указ был объявлен Ломоносову, специально вызванному.

12 августа 1745 года постановление Сената (в переводе на латинский язык) было оглашено в Академическом собрании. Вместе с Ломоносовым были произведены Степан Крашенинников (из студентов в адъюнкты натуральной истории) и Тредиаковский (в профессора латинского и российского красноречия). Однако производство Тредиаковского (в отличие от Ломоносова и Крашенинникова) произошло в обход Академического собрания: по его делу в Сенате фигурировал аттестат, выданный ему Святейшим Синодом, а не свидетельство академиков. Так или иначе, 12 августа 1745 года — день знаменательный в истории Академии наук: через двадцать лет после ее основания два «природных россиянина» наконец-то получили «место среди профессоров».

Потерпев поражение в этой схватке с Ломоносовым и Академическим собранием, Шумахер отнюдь не был сломлен окончательно. Он терпеливо ждал своего часа, чтобы расквитаться с русским выскочкой и другими академиками, непутем возомнившими о себе слишком много. Он чиновничьим нутром своим чувствовал, что этот час пробьет рано или поздно. Впрочем, конец 1745 года, казалось бы, не сулил ему никаких надежд. И виной тому был «нововыпеченный» профессор химии.

Академики, забыв былую неприязнь к Ломоносову, почувствовали в нем человека, который должен возглавить борьбу, начатую ими против Шумахера. Уже 9 августа (когда высочайший указ о производстве Ломоносова имелся, но в Академии еще не был оглашен) Ломоносов вместе с другими профессорами подписал доношение в Сенат о непорядках в Академии и самоуправстве Шумахера. Дальше — больше. 4 сентября он подписывает новое письмо о Шумахере, дополнившее фактами предыдущее. В середине сентября он участвует уже в составлении нового доношения о шумахеровых злоупотреблениях. 2 октября Ломоносов, прекрасно понимая, что по-настоящему обезвредить Шумахера возможно лишь с помощью действенных контрмер, знакомит Академическое собрание с отрывками из своего проекта нового штата Академии наук, то есть начинает наносить Шумахеру удары в главном пункте, выбивая у него почву из-под ног: составление и утверждение нового штатного расписания с четким разграничением различных академических «классов» (и соответственно четким же указанием их прав и обязанностей) было бы решающим моментом в единоборстве академиков с Шумахером, в ограничении власти Академической канцелярии.

3 октября Ломоносов (вместе с Миллером!) по поручению Академического собрания приносит в Сенат последнее по времени доношение о провинностях Шумахера перед Академией: о постоянных задержках жалованья, о плохом обучении студентов и гимназистов, об «умалении» «чести профессоров» и т. п. 28 ноября последовало новое доношение в Сенат все о том же Шумахере. Надо думать, советнику Академической канцелярии той осенью не раз припоминался былой арест его, не такой уж и недавний. Главными противниками Шумахера в 1745 году были, кроме Ломоносова, Миллер (который не мог простить Шумахеру обмана: постоянно обещая историографу выплатить двойной оклад за работу в сибирской экспедиции, советник Канцелярии в конце концов «отказал вовсе») и астроном Жозеф Делиль (который с самого своего приезда в числе первых академиков в Петербург просто не выносил Шумахера и не считал нужным скрывать своего презрения к нему). Вспоминая ситуацию, сложившуюся в Академии к концу 1745 года, Ломоносов спустя двадцать лет писал: «Какие были тогда распри или лучше позорище между Шумахером, Делилем и Миллером! Целый год почти прошел, что в Конференции, кроме шумов, ничего не происходило. Наконец, все профессоры единогласно подали доношение на Шумахера в Правительствующий Сенат в непорядках и обидах, почему оный Сенат рассудил и указал, чтобы до наук надлежащие дела иметь в единственном ведении Профессорскому собранию».