Таким образом, «три кита», на которых Ломоносов собирался основать «дом муз», — это 1. упразднение Канцелярии и передача всех прав Академическому собранию, 2. утверждение должности вице-президента, который был бы рабочим президентом при вельможе, ничего не делающем для наук, и 3. приведение «в вожделенное течение» гимназии и университета за счет повышения научного уровня подготовки учащихся и расширения их сословного состава.
На этой основе и стало бы возможным приведение «наук в цветущее состояние» и воплощение многих организационных замыслов Ломоносова, из которых иные просто поражают своею просторной и дальней перспективой. Так, например, в 1759–1760 годах он разработал план создания того, что теперь называют академгородком. Это был бы обширный научный комплекс из четырнадцати зданий с кабинетами, лабораториями, мастерскими, музеем, библиотекой, типографией, университетскими аудиториями и гимназическими классами, а также с жилыми помещениями для профессоров, адъюнктов и прочих академических служащих. К. Г. Разумовский предложил Ломоносову составить чертеж и смету, что тот и сделал. Соответствующую бумагу направили в Сенат. Там все и замерло. Возможно, сенаторам показалась непомерною не такая уж и большая сумма, потребная на постройку академического центра — 90 000 рублей (впрочем, прижимистыми заставляла их быть Семилетняя война). Ломоносовский чертеж не сохранился. Начатое в конце столетия строительство новых академических зданий велось по проекту куда более скромному, чем ломоносовский.
В 1763 году Ломоносов составил «Мнение о учреждении государственной коллегии земского домостройства», в котором обрисован, по существу, прообраз Сельскохозяйственной академии. Здесь он применил те принципы, на которых хотел организовать и Академию наук. Во главе коллегии, поставлены президент и вице-президент — оба, Ломоносов специально подчеркивает это, «весьма знающие; в натуральных науках». Далее идут советники — физик, химик, ботаник. Потом асессоры — форштмейстер (лесничий), садовник, арендатор. Допущены в коллегию и дворяне «по всем провинциям», но — как члены-корреспонденты (наивно было бы рассчитывать на плодотворную работу коллегии без тех сведений, которые должны были поставлять просвещенные помещики). А вот секретаря и двух канцеляристов Ломоносов исключил из числа полномочных членов коллегии, над которой реял зловещий призрак Шумахера. Они идут в одном списке с комиссаром, подьячими, сторожами. Члены коллегии должны были «читать иностранные книги и весть корреспонденцию», собираться «по вся дни» («И чтобы сие производилось не так, как бы побочное дело, собраньице»), учитывать и обрабатывать «известия и ведомости о погодах и о урожаях и недородах, о пересухах», о местах «гористых и сухих, болотистых и глинистых и луговых», «о лесах», «о дорогах и каналах», «о продуктах». Многие специальные оговорки, которые делает Ломоносов, основаны на горьком опыте петербургского «дома муз». Так, он подчеркивает, что если коллегию «соединить с Академиею», то «ничего не будет добра». Характерно также требование к будущим членам коллегии, «чтобы знали российский язык». Наконец, особо интересной и ценной под пером Ломоносова, апологета промышленного развития России, является следующая заметка в его проекте: «Сравнение с другими коллегиями и что коллегия сельского домостройства всех нужнее».
Созданное в год смерти Ломоносова «Вольное экономическое общество к поощрению в России земледелия и домостроительства», по замыслу Екатерины II, должно было дать выход частной инициативе помещиков, которые в нем стали действительными членами (а не корреспондентами, как в проекте Ломоносова). Иными словами, государство снимало с себя ответственность за сельское хозяйство. Ломоносовское же «Мнение» эту ответственность возлагало на него. Достоин упоминания тот умилительный факт, что Тауберт, всегда тонко чувствовавший, откуда ветер дует, свой сельскохозяйственный проект, составленный в 1765 году, назвал «Патриотическое общество для поощрения в России земледельчества и экономии»: Екатерина-то, хоть и была немка, но выказывала нарочитый интерес к русской истории, вообще ко всему русскому.
Впрочем, даже сделавшись «русским» патриотом, Тауберт не избежал заслуженной им участи, а именно: отлучения от руководства Академией. В 1766 году Екатерина сместит его и поставит «главным директором» Академии наук В. Г. Орлова, брата своего фаворита Григория Орлова. Академик Я. Я. Штелин писал в 1767 году, что решающую роль в этой перемене сыграла «пространная повесть» об академических делах, обнаруженая в архиве Ломоносова после его смерти. Поскольку хозяином ломоносовских бумаг стал Григорий Орлов, знакомство Екатерины с «пространной повестью» не может вызвать сомнений. «Эта рукопись, — свидетельствовал Штелин, — которую ее автор сочинил для представления двору, подтвердила сложившееся там с некоторых пор убеждение, что академические дела ведутся плохо».
Речь здесь идет о написанной Ломоносовым «Краткой истории о поведении Академической канцелярии в рассуждении ученых людей и дел с начала сего корпуса до нынешнего времени». Это произведение представляет собой строго аргументированный обвинительный акт по делу о злоупотреблениях Академической канцелярии за сорок лет. Но одновременно — это и речь возмущенного гражданина, патриота, государственного мужа, ученого, и пронзительный человеческий документ, истинными авторами которого выступают оскорбляемый здравый смысл и отчаявшееся сердце.
Перечислив преступления Канцелярии против отечественной науки по шестидесяти четырем пунктам, Ломоносов приходит к выводу, что абсолютно никакой необходимости в создании этого административного органа с поистине всеобъемлющими полномочиями не было с самого начала и что абсолютно никакой пользы Академии Канцелярия не принесла. Когда первый президент Л. Л. Блюментрост поставил Шумахера хранителем и распорядителем денежных сумм Академии, он тем самым дал в руки советнику Канцелярии «способ принуждать профессоров удержанием жалованья или приласкать прибавкою оного». И совершилось нечто невероятное: человек, далекий от науки, легко и просто сделался значимым лицом среди высокоученых мужей, более того, всегда держал их на финансовом поводке. Благодаря этому обстоятельству более тридцати лет он, а потом его зять и преемник Тауберт помыкали академиками, «не рассуждая их знания и достоинств, но токмо смотря, кто ему больше благосклонен пли надобен». Далее, он «всевал между ними вражды, вооружая особливо молодших на старших и представляя их президентам беспокойными». Он скупился на научные исследования, лабораторное оборудование, учебники, «а деньги тратил по большой части по своим прихотям, стараясь завести при Академии разные фабрики и раздаривать казенные вещи в подарки, а особливо пользоваться для себя беспрестанными подрядами, покупками и выписыванием разных материалов из-за моря». Наконец, он «всячески старался препятствовать, чтобы не вошли в знатность ученые, а особливо природные россияне».
Уже в первое десятилетие Академии стали явственны зловещие последствия зловещей активности Шумахера: «Сие было причиною многих приватных утеснений, кои одне довольны уже возбудить негодование на канцелярские поступки, ибо не можно без досады и сожаления представить самых первых профессоров Германа, Бернулиев и других, во всей Европе славных, кои только великим именем Петровым подвиглись выехать в Россию для просвещения его народа, но, Шумахером вытеснены, отъехали, утирая слезы». Но их отъезд почти совпал по времени с возвращением из Германии Ломоносова, и началась ежедневная (!), не затихающая борьба не на живот, а на смерть. Начались «нападки на Ломоносова, который Шумахеру и Тауберту есть сугубый камень претыкания, будучи человек, наукам преданный, с успехами и притом природный россиянин, ибо кроме того, что не допускали его до химической практики, хотели потом отнять химическую профессию и определить к переводам, препятствовали в издании сочинений, отняли построенную его рачением Химическую лабораторию и готовую квартеру, наущали на него разных профессоров, а особливо Епинуса, препятствовали в произвождении его..., препятствовали в учреждении Университета, в отправлении географических экспедиций, в сочинении «Российского Атласа» и в копировании государских персон по городам». Интересно, что Ломоносов перечислил здесь далеко не все нападки на него со стороны Шумахера и Тауберта. «Собрать все эти гадкие, колкие факты и фактики очень трудно, — пишет современный автор, — они рассыпаны и растворены в жизни великого ученого, как ядовитые соли. В истории русской науки были люди замечательные, которых современники в должной мере не оценили. Есть и такие, которые подвергались серьезным нападкам и гонениям. Но мало кого из больших ученых так последовательно и планомерно травили многие годы, как Ломоносова». Травля эта продолжалась почти четверть века, с июня 1741 года по апрель 1765 года, без сколько-нибудь ощутимых перерывов, а к концу достигла такой стадии, когда он, по его собственным словам, был «принужден беспрестанно обороняться от недоброжелательных происков и претерпевать нападения почти даже до самого конечного своего опровержения и истребления».