Можно предположить, что дополнительному снижению радиолокационной заметности серийных самолетов будет способствовать использование радиопоглощающих покрытий планера. Точная величина эффективной отражающей поверхности (или эффективной площади рассеяния, ЭПР) истребителя не известна, однако Александр Давиденко в беседе с журналистами сообщал, что если для самолетов четвертого поколения типа Су-27 и F-15 величина ЭПР составляет порядка 12 м², то для истребителя пятого поколения F-22 она оценивается примерно в 0,3–0,4 м², а «у нас — аналогичные требования к заметности».

В головной части фюзеляжа размещаются блоки радиолокационного прицельного комплекса с АФАР и оптико-локационной станции, кабина экипажа, снабженная фонарем со сдвижной назад подвижной частью, отсек штанги дозаправки топливом в полете (по левому борту в районе неподвижной части фонаря кабины), встроенная пушечная установка (по правому борту за кабиной), отсек передней опоры шасси (за кабиной) и отсеки оборудования. На первых прототипах, еще не оснащаемых радиолокационным прицельным комплексом, носовой обтекатель выполнен цельнометаллическим и снабжен штангой приемника воздушного давления с датчиками углов скольжения и атаки.

В средней части фюзеляжа размещаются агрегаты самолетных систем и оборудования, топливные баки, а по оси самолета, в нижней его части, тандемом — два основных отсека вооружения. Наплывы крыла плавно переходят в сопрягаемые с мотогондолами хвостовые балки, к которым крепятся консоли горизонтального и вертикального оперения. Под наплывами крыла расположены регулируемые сверхзвуковые воздухозаборники двигателей, оснащенные створками подпитки на нижней поверхности и решетками для перепуска пограничного слоя на внешней и внутренней стенках. Воздухозаборники оборудованы оригинальным устройством для предотвращения попадания посторонних предметов в двигатели. Под наплывами крыла, по внешним сторонам воздухозаборников, расположены обтекатели, внутри которых, по всей видимости, располагаются дополнительные отсеки для ракет «воздух-воздух» ближнего боя. Между ними и воздушными каналами двигателей расположены отсеки основных опор шасси. В хвостовой части фюзеляжа, в районе сопел двигателей, размещен отсек двухкупольной парашютной тормозной установки с открываемой створкой на верхней поверхности. Центральная хвостовая балка завершается законцовкой из композиционного материала.

Консоли крыла имеют угол стреловидности по передней кромке около 48°, а по задней кромке — отрицательный угол стреловидности около -14°. Наплыв крыла имеет переменный угол стреловидности — около 48° в передней части, выполненной поворотной, и около 74° — в остальной. Поворотная часть наплыва является оригинальным органом управления самолетом в продольном канале совместно со стабилизатором и в целом выполняет те же функции, что и переднее горизонтальное оперение на самолетах типа Су-30МКИ, Су-33 и Су-34. Механизация крыла представлена поворотным носком (в котором на серийных самолетах, вероятно, будут размещаться антенны радиолокационного прицельного комплекса, работающие в L-диапазоне), флаперонами и элеронами. Каждая консоль крыла оборудована точками для крепления двух пилонов внешней подвески вооружения. Углы стреловидности передних и задних кромок цельноповоротных консолей горизонтального и вертикального оперения аналогичны соответствующим углам консолей крыла.

Шасси самолета трехопорное, убираемое. На основных опорах, убираемых вперед по полету в отсеки на стыке центроплана и воздушных каналов двигателей, размещено по одному тормозному колесу. Размер шин колес основных опор шасси, согласно официальной информации холдинга «Сибур — Русские шины», составляет 1050х365 мм. Управляемая передняя опора шасси, также убираемая вперед по полету (в отсек фюзеляжа за кабиной экипажа), оснащена двумя колесами с диаметром шин около 600 мм, снабженными грязезащитным щитком. Колея шасси составляет около 5 м, база — около 6 м.

Общую длину фюзеляжа (без ПВД) можно оценить величиной около 19,8 м, размах крыла — около 14,2 м, а высоту самолета — около 4,8 м (эти оценки сделаны экспертами «Взлёта» на основе имеющихся фотографий, с учетом опубликованной информации о размере колес основных опор шасси, предположения о неизменном, по сравнению с АЛ-31Ф, диаметре двигателей в районе крепления регулируемых реактивных сопел и стандартном расстоянии между точками крепления пилонов подвески вооружения).

С учетом длительности цикла создания принципиально нового двигателя следующего поколения работы по силовой установке ПАК ФА решено было проводить в два этапа. На первом этапе машину предстояло оснастить глубоко модернизированным двигателем, который создавался на базе серийного АЛ-31Ф с использованием ряда технических решений, разработанных и реализованных при постройке и испытаниях опытных двигателей пятого поколения АЛ-41Ф. Благодаря этому планировалось существенно повысить тягу, улучшить расходные характеристики и снизить массу силовой установки.

Председатель НТС (а ранее — генеральный конструктор) НПО «Сатурн» Виктор Чепкин рассказывал в интервью журналу «Двигатель» в январе 2002 г.: «Как вы знаете, был объявлен конкурс на головного разработчика истребителя пятого поколения и, соответственно, на двигатель. Мы в этом конкурсе выступаем совместно с АВПК «Сухой». Проект такого мотора у нас есть, более того, мы такой мотор запустили в производство, не дожидаясь всех распорядительных документов, и в середине мая (2002 г. — прим. ред.) планируем собрать первый такой двигатель. Он называется АЛ-41Ф1А (литера «А» означает, что это первая стадия работы). Это двигатель в размерности АЛ-31Ф, т. е. несколько меньшей, чем АЛ-41Ф, но в него внедрены все технологии, использованные на АЛ-41Ф. Там есть все, что мы наработали за 15 лет: новинки в области применяемых материалов, расчетов, конструкции, высокотемпературного цикла. Хотел подчеркнуть, что мы считаем его не просто двигателем, но программой, которая рассчитана примерно на 15 лет. Т. е. у нас есть программа совершенствования узлов, разработанная как самостоятельно, так и совместно с ЦИАМ, и которая будет постепенно, в три этапа, внедряться».

Результатом второго этапа этой «сатурновской» программы стало создание двигателя, известного под названиями АЛ-41Ф1С или «117С», с тягой на полном форсаже 14 000 кгс и на особом режиме — 14 500 кгс (на «максимале» — 8800 кгс). Он предназначен для применения на истребителях Су-35, уже заказанных ВВС России и активно продвигаемых в настоящее время на экспорт. Двигатели «117С» прошли испытания на летающей лаборатории Су-27М № 710, а с февраля 2008 г. с ними летает опытный Су-35-1. В связи с изначальной экспортной направленностью самолета Су-35, разработка «117С» велась на коммерческих началах — она финансировалась на паритетных началах АХК «Сухой», НПО «Сатурн» и УМПО.

Третьим же в этом ряду стал двигатель «117» с еще более высокими характеристиками, который НПО «Сатурн» разрабатывал по заказу Минобороны России для ПАК ФА. Из интервью Виктора Чепкина журналу «Российская Федерация сегодня» в июне 2008 г.: «Накопленный уникальнейший опыт (по АЛ-41Ф — прим. ред.) мы «опрокинули» на модернизацию АЛ-31Ф. В итоге родился двигатель «117». Даже простое приложение имеющихся наработок дало удивительный результат — тяга двигателя возросла с 12,5 т до 15. Не прибавив ни грамма веса, мы увеличили тягу на 20 %!. Мы его уже собираем. Именно «117-й» на первых порах будет стоять на строящемся сейчас в Комсомольске-на-Амуре российском истребителе пятого поколения ПАК ФА».

Как заявил генеральный директор компании «Сухой» Михаил Погосян, двигатель ПАК ФА, в отличие от серийных АЛ-31Ф оснащается новым вентилятором большей производительности, принципиально новыми турбинами с более высокими рабочими температурами, модернизированной камерой сгорания и новейшей цифровой системой регулирования (FADEC), благодаря чему достигнуто повышение тяги на полном форсаже до 15 000 кгс, улучшены расходные характеристики, на 150 кг снижена масса. Все это, по мнению г-на Погосяна, позволяет считать «117-й» не просто модификацией АЛ-31Ф, а новым двигателем, который обеспечивает все требования, предъявляемые сегодня к силовой установке ПАК ФА, в т. ч. по полету на сверхзвуковом крейсерском режиме. Такой же точки зрения придерживается и нынешний управляющий директор НПО «Сатурн» Илья Федоров.