В июне 1941 года все лодки типа II были отозваны из Атлантики и переведены на Балтику, где использовались в основном для тренировочных целей и реже — против советского балтийского флота. В первые месяцы войны против Советского Союза немецкие субмарины действовали на Балтике в составе военно-морского флота. За это время Дениц потерял здесь три «волка». 9 августа 1941 года U-144 капитан-лейтенанта Герта фон Миттельштедта была потоплена в Финском заливе советской субмариной Щ-307, или «Треской», под командованием капитан-лейтенанта Николая Петрова. Весь экипаж немецкой подлодки — 27 человек — погиб. Таким образом «Треска» отомстила немцам за лодку М-78 старшего лейтенанта Дмитрия Шевченко, потопленную Миттельштедтом 23 июня.
Две другие немецкие лодки — U-580 и U-583 — погибли в ноябре 1941 года из-за аварий. «Семерка» U-580 обер-лейтенанта Ханса-Гюнтера Кульмана погибла 11 ноября в районе Мемеля во время учебных стрельб, когда столкнулась с кораблем-мишенью «Альтенберг». При этом утонули 12 человек. Вторая субмарина, U-583 капитан-лейтенанта Хайнриха Рача, вечером 15 ноября в районе Данцига столкнулась с U-153 корветен-капитана Рейхмана. На этот раз погиб весь экипаж U-583.
В конце 1941 года германский подводный флот практически прекратил боевые действия в восточной части Балтики вплоть до весны 1944 года.
На Балтийском море для своих жизненно важных перевозок Германия имела две основные трассы, обе протяженностью порядка 900 миль. Одна связывала Германию со шведскими портами, вторая тянулась к Финляндии.
Неблагоприятное развитие событий в первые месяцы после вторжения Германии в СССР заставило Краснознаменный Балтийский флот перебазироваться в восточную часть Финского залива.
И тем не менее удары по коммуникациям причиняли немцам сильное беспокойство, иногда вызывая перебои в снабжении дивизий, действовавших у Ленинграда. Эхо взрывов на Балтике докатывалось до Берлина, откуда требовали: «Намертво запечатать красный флот в Финском заливе!»
В конце 1941 года в ставке Гитлера было принято решение создать такой противолодочный рубеж, который бы начисто перекрыл советским морякам выход в Балтику. Были выставлены системы заграждений «Зееигель» — более 5700 мин, «Рукаярви», а также «Насхорн», «Онтаярви», «Норппе» и другие. Более 12 000 мин находились в воде, а расстояние между ними в иных местах не превышало 20 метров.
Однако фарватеры Балтики едва ли стали спокойнее для немцев. Несмотря на смертельный риск советские подводники выходили в море. Нескольким «щукам» удавалось форсировать нашпигованный минами Финский залив, напоминавший суп со смертельными клецками, расположенными под водой в несколько ярусов, и проникать из Кронштадта в Балтийское море. Когда же лодки всплывали, чтобы зарядить аккумуляторные батареи, они подвергались либо артиллерийскому обстрелу с берега, либо налетам вражеской авиации, либо атакам противолодочных кораблей. Как все это происходило, подробно описывает в своих мемуарах командир Щ-303 Герой Советского Союза капитан 3 ранга Иван Травкин, мастер «бесперископных атак»:
«И вот уже рвутся глубинные бомбы. Немцы сбрасывают их большими сериями. Грохочет сразу по пять, по восемь взрывов. Все дрожит от них. От удара открылся клапан вентиляции уравнительной цистерны, и она стала заполняться водой. Вода проникает и в шахту батарейной вентиляции. Отяжелевшая лодка проваливается в глубину… Наши отсеки теперь походят на свалку битого стекла, пробковой крошки и самых разнообразных вещей, сорванных со своих мест… Враг не унимается. Корабли снова над лодкой. Бомбы рвутся очень близко. Одна из них даже упала на палубу, но, к счастью, не взорвалась. Лодку подбрасывает как мячик. Опять сидим без света. Через сальники и швы вода начинает проникать внутрь корпуса. Лопнуло несколько аккумуляторных баков. Вышли из строя все глубиномеры.
Два часа непрерывно бомбили нас. Два часа мы провели как в аду. Но люди, уставшие, измотанные, задыхающиеся от недостатка кислорода, борются… Несмолкающий грохот бомб, лишивший вражеских акустиков возможности прослушивать лодку, позволяет нам запустить помпы, откачать лишнюю воду, удифферентовать корабль… Осторожно, ползком уходим с проклятого места. Взрывы отдаляются…»
В 1942 году, по советским данным, около полсотни вражеских транспортов отправились на дно. На совещании в германском штабе руководства войной на море 22 декабря 1942 года были серьезно озабочены сложившейся ситуацией: «…каждая русская подводная лодка, прорвавшаяся в Балтийское море, представляла угрозу судоходству на всем море и подвергала опасности транспортные суда, которых уже не хватало для перевозок воинских грузов и стратегического сырья».
Вскоре было принято решение «герметически» закупорить советские субмарины в Финском заливе, для чего с весны 1943 года началась постановка сплошных сетевых заграждений и еще большее уплотнение минных полей. Так, в апреле 1943 года между островами Нарген и Порккала были поставлены двойные противолодочные сети глубиной около 60 метров и протяженностью по фронту около 30 миль. Чтобы сети успешно противостояли непогоде, их не углубили до самого дна, а промежуток между нижним обрезом сети и дном прикрыли двумя сотнями донных мин.
От берега до берега, перегораживая залив, тянулись стальные сетевые боны, состоявшие из квадратных ячеек, каждая сторона которых равнялась четырем метрам.
Использовали немцы и другие сети — полегче, но не менее опасные: сигнальные. Эти сети устанавливались на подходах к портам, на фарватерах и в узкостях. В отличие от заградительной, такая сеть была не в состоянии удержать лодку на месте, но все равно навлекала на нее смертельную опасность, поскольку от воздействия на сеть автоматически зажигались специальные буйки, выделявшие густой дым. На этот сигнал тотчас спешили противолодочные корабли, и за субмариной начиналась охота.
В конце концов немцам удалось запереть Финский залив для советских субмарин, которые, естественно, не могли добиться результатов в таких условиях. Весной 1943 года удары советских лодок по коммуникациям в Балтийском море практически прекратились — до осени 1944 года. В этот период доставка руды из Швеции, а также торговые и военные перевозки в Германию снова были налажены и продолжались без помех.
Весной 1944 года в восточную часть Балтики Дениц направил подводные экипажи, прошедшие школу боев в Атлантике. До этого момента в течение двух с половиной лет здесь встречались только финские субмарины, которые в отличие от немцев не были столь агрессивны и настойчивы.
Первый фактический выход из Таллина в Финский залив немецкие подводники совершили 22 июня 1944 года. С этого момента столкновения с германскими лодками приняли более ожесточенный характер. Наиболее активно действовала в Нарвском и Выборгском заливах субмарина U-679 обер-лейтенанта Фридриха Бреквольдта. На нее долго охотились советские катера, впервые обнаружившие субмарину 14 июля у острова Руонти. Бреквольдт успел уйти, но на следующий день на мелководье снова попался. Сначала лодку атаковал торпедой катер ТКА-57 лейтенанта А. А. Машарова. Бреквольдт развернулся и стал уходить, отстреливаясь из 20-мм автоматов. Советская торпеда прошла мимо. В этот момент катера МО-104 старшего лейтенанта Н. М. Васильева и МО-105 старшего лейтенанта Г. А. Швалюка открыли ответный огонь по субмарине, попав прямо в рубку. Находившиеся там три немца погибли на месте. Однако U-679 уклонилась от второй торпеды и, продолжая отстреливаться, сумела уйти.
30 июля 1944 года в 12.42 в том же месте субмарина U-250 капитан-лейтенанта Вернера-Карла Шмидта потопила катер МО-105. Из 26 членов экипажа в живых остались семь человек. Взрыв привлек внимание находящегося поблизости катера МО-103 под командованием старшего лейтенанта А. П. Коленко. В 19.10 акустик катера доложил об установлении контакта с подводной лодкой. Пять глубинных бомб не нанесли U-250 серьезных повреждений, однако по воздушным пузырям на поверхности А. П. Коленко четко определил местоположение немецкой субмарины. Тотчас были сброшены еще пять бомб. Одна из них повредила лодку, и через большую пробоину хлынула вода. Субмарина начала быстро погружаться. Из 52 членов экипажа спаслось только шесть человек вместе с командиром, покинувшим U-250 в самый последний момент.