Имея категорическое приказание начальника Мурманского участка прорваться к Федотову, канонерки № 2 и № 7 26 июня вышли на север. Подойдя на предельную дистанцию, канонерка № 2 обстреляла расположение белой батареи, после чего красные суда пошли дальше. В момент поворота их к Федотове белые открыли огонь. Ответным огнем канонерки № 2 было подбито одно орудие белой батареи.

Гидрографическое судно красных «Слуцкий» получило задание обвеховать Уницкую Губу. Подойдя 28 июня к деревне Уница и не зная, что там находятся белые, «Слуцкий» был потоплен артиллерийским огнем с берега. Команда спаслась, добравшись вплавь до берега в районе расположения белых.

1 июля у острова Кузик гидросамолет атаковал посыльное судно № 2 («Огюст Бланки»). Бомбой, попавшей в мостик, было убито 4 человека и 5 ранено. Взрывом разворочен мостик, сломана мачта, порван штуртрос, снесены компас и штурвал, разбита труба и вентиляторы. Несмотря на столь тяжелые людские потери и повреждения материальной части, посыльное судно № 2 своим ходом 2 июля дошло до Петрозаводска.

2 июля дозорные канонерки Онежской флотилии к северу от острова Речной на дистанции одной мили в течение 15 минут вели бой с союзными истребителями.

5 июля дозорные канонерки в районе деревни Кузаранда были атакованы тремя гидросамолетами, сбросившими на них свыше 20 бомб. К этому времени канонерки уже были вооружены 76-мм пушками Лендера.

Начиная с 1 июля посыльные суда и транспорты под охраной канонерок Онежской флотилии ежедневно совершали походы между Петрозаводском, Лижмой, Уницей и Великой Губой, перевозя войска и снабжая их продовольствием, поскольку белые, забравшись в тыл расположения красных, взорвали железнодорожный мост у Суны.

В течение всего июня дозорные канонерки в Заонежском и Повенецком заливах, а также транспорты и посыльные суда, конвоируемые канонерками в Уницкой и Лижемской губах, подвергались непрерывным атакам английских самолетов. 28 июня осколками бомбы, разорвавшейся в 10 метрах от борта канонерки № 4, были ранены командир, его помощник и 6 человек команды. 29 июня также осколками бомбы были тяжело ранены командир канонерки № 2 и сигнальщик. 1 июля 1919 г. у острова Кузик бомба с английского гидросамолета сильно повредила посыльное судно № 2 (бывший пароход «Гавриил»). В строй его решили не вводить и 10 июля передали водному транспорту.

В конце июля из города Лодейное Поле в Петрозаводск перешел дивизион сторожевых судов для усиления дозорной службы, главным образом для того, чтобы прекратить движение неприятельских шлюпок вдоль восточного берега между селом Челмужи и городом Повенец, куда канонерки не могли подойти.

Тем временем воздушные силы белых получили подкрепление. 26 июля прибыли семь гидросамолетов (два «Шорта» и пять «Фэй-ри»). Прибывшие с ними семь английских пилотов были асами Первой мировой войны. 4 августа еще шесть «Шортов» было переброшено с Северной Двины. Прибыли и колесные машины: пять истребителей «Кэмел» и разведчики — четыре RE.8 и два «Авро». Истребители предназначались для охраны района Медвежьей Горы от самолетов красных и сопровождения гидросамолетов в боевых полетах. Однако почти полное отсутствие советских самолетов в районе боевых действий привело к тому, что истребители стали использоваться для разведки и бомбометания.

С 1 августа в дозоре находились канонерки № 2 и № 6, сторожевое судно № 3 и сторожевой катер № 6. 3 августа в 6 ч. 45 мин. эти суда стояли на якоре восточнее острова Сал, где были атакованы английскими гидросамолетами, сбросившими бомбы и обстрелявшими их из пулеметов. Суда снялись с якоря и стали отходить к югу, за остров Мег, где можно было более свободно маневрировать.

В 7 ч. 05 мин. на севере были замечены три катера-истребителя, шедшие в строе фронта. Подойдя на 20 кабельтовых, катера открыли огонь по красным судам, сосредоточив его в основном на канонерке № 2 и сторожевом судне № 3, а в это время гидросамолеты атаковали канонерку № 6. В 7 ч. 15 мин. бомбой, сброшенной с гидросамолета и разорвавшейся у борта канонерки № 6, было ранено 10 человек, в том числе и командир. В 7 ч. 25 мин. на сторожевом судне № 3 был поднят сигнал «прошу взять на буксир». Судно это все время отставало, так как имело всего один исправный мотор, поэтому канонерке № 2 приходилось его все время прикрывать своим огнем. Канонерке № 2 пришлось развернуться бортом, давая этим возможность сторожевому судну подойти.

В 7 ч. 45 мин. канонерка № 2 и сторожевое судно № 3 прошли южнее острова Калг на прибрежный фарватер. В это время на канонерке № 2 кормовое орудие, из которого было выпушено около 200 снарядов, до того накалилось, что дальнейшая стрельба из него стала невозможна, а 76-мм пушка Лендера была подбита, так что от гидросамолетов, которые, снижаясь до 30 м, сбрасывали бомбы и одновременно обстреливали канонерку из пулеметов, пришлось отстреливаться только из пулеметов. В 8 часов канонерка № 2 получила подводную пробоину в кормовой части, а другой бомбой было выведено из строя носовое орудие и перебита его прислуга.

В 8 ч. 10 мин. катера-истребители белых подошли на дистанцию 12 кабельтовых и начали расстреливать сторожевое судно № 3 почти в упор. Судно получило две пробоины в кормовой части и одну — в носовой, обе его пушки были выведены из строя.

В 8 ч. 15 мин. у канонерки № 2 корма так сильно осела, что командир, убедившись в невозможности продолжать бой, повернул к берегу, чтобы спасти команду. Канонерка № 6, шедшая восточным фарватером вдоль острова Хэд, все время отражала атаки английских гидросамолетов. Увидев терпящую бедствие канонерку № 2, она обогнула мель южнее острова Калг и подошла к ней для поддержки.

В 8 ч. 20 мин. сторожевое судно № 3, имея сильный крен, выкинулось на камни около деревни Обежи, а через несколько минут выбросилась на берег на милю южнее сторожевого судна и канонерка № 2 («Сильный»), Команды обоих судов вплавь добрались до берега и убежали в лес.

Канонерка № 6, расстреляв почти все снаряды, повернула и стала уходить на юг, преследуемая до деревни Кузаранда катерами-истребителями.

Одновременно с нападением на дозор Онежской флотилии семь катеров белых, дойдя к деревне Падмозеро, обстреляли позиции красных и в деревне Толвуй высадили с катеров десант в количестве 200 человек. В результате белые завладели северной частью полуострова Заонежье до параллели деревни Кузаранда, а через несколько дней в их руках оказался и весь полуостров, за исключением Великой Губы, где сосредоточились красные части.

Занятие белыми Заонежья и продвижение их на юг по восточному побережью вынудило красных оттянуть судовой дозор к югу, к Климецкому острову. После занятия Великой Губы и устройства там белыми базы авиации и катеров, линия дозора была перенесена к северу от Климецкого маяка так, чтобы дозорные суда все время могли быть в районе видимости Ивановского маяка, соединенного с Петрозаводском телефонной линией.

Одновременно красные установили дозор сторожевых судов в Лижемской Губе, в районе деревни Лижма, чтобы воспрепятствовать переброске белых десантов. После занятия белыми Лижмы дозор был перенесен на параллель Сарь-Нос.

5 августа английские самолеты впервые бомбили Петрозаводск. Четыре гидросамолета сбросили 20 бомб на восточную и городскую пристани, где стояли суда Онежской флотилии. 7 августа налет повторился. Осколками сброшенных бомб были ранены несколько моряков.

В ночь с 8 на 9 августа суда Онежской флотилии без всякого с противления со стороны белых высадили десант у Песчаного Погоста.

18 августа английские гидросамолеты во время налета на Петрозаводск сбросили до 20 бомб, одна из которых весом более 100 кг сделала воронку около 8 м в диаметре и 4 м глубиной.