Изменение задач и включение в состав большого числа новых соединений вынудило Квантунскую армию внести изменения в порядок подчиненности между командирами, привести в порядок пограничные районы и по-новому развернуть войска. Цель проводимых мероприятий заключалась в изменении численности войск в южном направлении на всех участках, в центре Маньчжурии и, собственно, за районом полевых сооружений. Хотя штаб войск 1-го формируемого фронта был оставлен в Муданьцзяне на восточном участке, в начале войны были разработаны секретные планы по перемещению его в Тунхуа. Штаб 3-й армии был перемещен в южном направлении из Еххо в Енчи, штаб 1-й армии — из Дунаня в Еххо. Эти перемещения начались в конце апреля 1945 года.
В мае — июне 1945 года Квантунская армия ускорила процесс реструктуризации своих войск. Штаб 3-го зонального командования (3-й фронт), располагавшийся в Цицикаре, должны были переместить в южном направлении для замены командования Квантунской армии в Мукдене. Для ведения обороны в Северной Маньчжурии был восстановлен 3-й фронт, войска которого ранее подчинялись 4-й отдельной армии, передислоцированной из Суна в Цицикар. Командование Квантунской армии получило приказ оставить большую часть находящейся под ее контролем территории и сконцентрировать свои действия в западных и центральных провинциях Маньчжурии, включая территорию соседней Монгольской Народной Республики. 5 июня 1945 года командованием Квантунской армии после перемещения части своего штаба из Мукдена в Ляоян было создано отдельное новое боевое объединение — 44-я армия. Так как Квантунская армия и Японская армия в Корее нуждались в помощи, 17 июня 1945 года командир Экспедиционной армии в Китае Окамура отправил штаб 34-й армии в Хамхынг (Северная Корея) и подчинил его Квантунской армии.
Организация «маньчжурского редута» оказалась трудновыполнимой задачей для Квантунской армии, которая имела недостатки в структурах управления, нуждалась в хорошо подготовленных войсках и современном вооружении. Первоочередной задачей являлось создание в системе укреплений полноценного штаба, однако для выполнения данной задачи не хватало личного состава. В конечном итоге 30 июля 1945 года японский Генеральный штаб приказал Квантунской армии, используя свои собственные ресурсы, сформировать новый штаб 13-й армии и подчинить его войскам 3-го фронта.
Массовое перемещение командования и изменение основной стратегии военных действий имели неблагоприятное психологическое воздействие как на личный состав Квантунской армии, так и на гражданское население в Маньчжурии. Тем временем накапливались признаки приближающейся войны с Советским Союзом. С июня 1945 года наблюдательные посты Квантунской армии заметили увеличение количества грузовых машин и числа боевой техники, направляющейся в восточном направлении по Транссибирской магистрали. К концу июля 1945 года советские войска, вероятно, завершившие накопление передовых боевых частей в Забайкалье 126 и на Дальнем Востоке, увеличивали свои авиационные, танковые и зенитно-артиллерийские подразделения.
Японская разведка получала различную информацию о надвигающемся наступлении Красной армии. Часто оценка возможностей противника не совпадала с его реальными намерениями. Генштаб Императорской армии же был, как правило, более пессимистичным в своих взглядах, чем командование Квантунской армии. Некоторые офицеры Генерального штаба ожидали вторжения советских войск в конце августа, другие работники аналитических отделов как в Токио, так и в Чанчуне говорили о вероятности проведения наступления ранней осенью, возможно, тогда, когда и американские войска нападут на Японию. Некоторое количество офицеров все еще надеялось, что Советский Союз сдержит свои обязательства в соответствии с договором о нейтралитете от 1941 года, срок которого истекал в апреле 1946 года. Еще одним ободряющим фактором было то, что СССР официально не присоединился к США и Великобритании в разработке Потсдамской декларации от 26 июля 1945 года, призывающей японское правительство к безоговорочной капитуляции. Некоторые офицеры в штабе Квантунской армии утверждали, что советские войска до октября просто не смогут завершить сосредоточение своих тыловых подразделений, а к этому времени приграничные районы занесет снегом. В соответствии с такими предположениями Красная армия не захочет вести наступление всеми силами вплоть до весенней оттепели 1946 года, хотя она может захватить ключевые районы в Северной Маньчжурии до наступления зимы 1945 года.
К середине лета 1945 года на границах Маньчжурии сильно возросла активность советских войск. Например, в конце июля 1945 года, по японским данным, около 300 советских солдат выдвинулись по направлению ниже Ранчиеххо (Восточная Маньчжурия) и на неделю развернули там свои позиции. 5–6 августа 1945 года на юге от Хутоу сотни воинов Красной армии форсировали реку Уссури и нанесли удар по сторожевой заставе японских войск, так и не открывшей огонь. Количество вовлеченных в боевые действия советских солдат, казалось, превышало простые учения, а разведка Квантунской армии была практически уверена в том, что полномасштабные боевые действия неизбежны. Войска Квантунской армии и её штаб сходились во мнении и были убеждены в том, что последние вооруженные столкновения войск не были неожиданными, так как японцами были приняты все меры предосторожности.
Однако трудно было избавиться от ощущения того, что в конце августа 1945 года высшее командование Квантунской армии продолжало жить иллюзиями. Японские войска отступали под натиском американской авиации и ударами военно-морских сил, и почти все важные городские и индустриальные центры метрополии были уничтожены. 6 августа 1945 года первая атомная бомба стерла с лица земли город Хиросиму. Но в Маньчжурии острота ситуации все же ощущалась слабо. 8 августа 1945 года генерал-лейтенант Шоджиро Иида (Iida) и его штаб покинули Енчи для участия в церемонии, посвященной формированию штаба 13-й армии. 5-я армия проводила военные игры с участием командиров дивизий и начальников штабов. Данные военные учения начались 7 августа 1945 года и были запланированы на пять дней. Даже командующий Квантунской армии генерал Ямада не осознавал всю серьезность сложившейся обстановки. Несмотря на предостережения его штаба, 8 августа генерал ощущал себя в полной безопасности при перелете из Чанчуня в Дайрен на официальное открытие синтоистского храма в Порт-Артуре.
Значительные надежды возлагались на стойкость японских сухопутных войск в обороне, на массовое применение смертников камикадзе, которые должны были заставить противника пойти на компромисс перед угрозой больших потерь в живой силе. Именно об этом свидетельствовал опыт вооруженной борьбы с американцами в боях за остров Окинава. 77-тысячный изолированный японский гарнизон, который в условиях абсолютного превосходства противника в воздухе и на море, при непрерывных бомбардировках и обстрелах корабельной артиллерии, почти три месяца противостоял более чем полумиллионной группировке противника, потерявшей в конечном счете около 50 тысяч человек убитыми и ранеными.
Военное командование Японии считало, что такой же упорной, длительной и кровопролитной будет вооруженная борьба и на маньчжурском направлении. Поэтому на требование Потсдамской декларации о капитуляции японское военно-политическое руководство ответило пропагандистскими мероприятиями среди войск и населения страны, направленными на разжигание фанатизма, готовности к жесточайшей схватке до последнего солдата. Так, командование обратилось к личному составу Квантунской группировки войск с призывом: «Пусть нам придется есть траву и грызть землю, но мы должны жестоко и решительно сразиться с врагом».
Большая часть офицеров японской ставки выступала за продолжение войны, считая, что «основная масса сухопутных войск еще сохранена. Она (японская армия) вполне способна нанести мощный удар по противнику в случае его высадки на японскую территорию. Японские войска еще не участвовали в решительных сражениях». «Как же можно выбрасывать белый флаг, даже не начав сражаться?» — заявляли они.