Московское правительство считало, что договор с Украиной действовал только на время жизни Богдана Хмельницкого, и возобновляло его с каждым новым украинским гетманом, каждый раз внося изменения в свою пользу.
Хмельницкому мешало и то, что присягать Москве отказались несколько полковников, во главе с Иваном Богуном. С другой стороны, некоторые полковники, родственники Выговского и Мазепы, просили В. Бутурлина утвердить их на своих должностях, минуя гетмана. Бутурлин отказался это делать, но донесение послал. Потом все это активно было использовано московским правительством для достижения своих целей на Украине.
Весной 1654 года польские войска вошли на Подолье, устроив на украинских землях страшную резню. Пришедшие казацкие полки отбросили поляков. Объединенное русско-украинское войско успешно воевало в белорусских землях — у поляков отбили Смоленск, Оршу, Минск, Могилев, жители которых сами открывали ворота освободителям. В это время польское войско вновь напало на Подолье — у Умани их опять остановили казаки Ивана Богуна, на помощь которому вышли войска гетмана и царское войско В. Бутурлина.
В январе 1655 года недалеко от города Ахматова на Дрожиполье произошло кровопролитнейшее сражение, начавшееся ночью в лютый мороз. Ненависть сражавшихся была так велика, что дрались даже оглоблями и пленных не брали.
Бой начался с нападения поляков Станислава Потоцкого и татар Ислам-Гирея на казаков и стрельцов и сразу превратился в ожесточеннейшую резню. Д. Бантыш-Каменский писал: «Целые два дня продолжалась жестокая сеча, прекращаемая только на время ночью. Кровь человеческая текла ручьями. Летописцы украинские повествуют, что убитые с обеих сторон составляли высокий вал около всего казацкого стана». Потери убитыми составили около 15 ООО человек. Сражение окончилось ничем — Хмельницкий отошел к Белой Церкви, а поляки покинули Украину. Их больше не поддерживал Ислам-Гирей, который вернулся в Крым и скоро умер.
15 сентября объединенное русско-украинское войско Хмельницкого, Бутурлина и Ромодановского при Слоне-городке разгромило польскую армию Станислава Понятовского. Галичина была занята Хмельницким, до Люблина. Львов, два месяца бывший в осаде, откупился — гетман, извещенный о нападении на Приднепровье нового крымского хана Мухаммед-Гирея, вернулся, и близ урочища Озерная Стрелка русские и украинцы остановили татар. Некоторые историки пишут о разговоре крымского хана и гетмана после боя. Хан угрожал Хмельницкому объединенным татарским нашествием. Богдан Хмельницкий отвечал: «Ужели ты думаешь, хан, устрашить меня подобно малоумному хлопцу. Война подобна обоюдоострому мечу, снисканное Батыем, потеряно Мамаем».
В части белорусских земель было введено гетманское правление, образован Гомельский полк, во главе которого после гибели наказного атамана Ивана Золотаренко встал Иван Нечай. В это время на Польшу напали войска шведского короля Карла-Густава. Этот трагический период истории Польши сами поляки назвали Потопом.
Шведские войска взяли Варшаву и Краков, Ян Казимир убежал в Силезию. Но шведы напали и на Московское царство, что позднее привело к русско-польскому перемирию.
В начале 1656 было подписано в Вильно польско-московское соглашение, без участия Украины. Хмельницкий вел переговоры со Швецией, Бранденбургом, Трансильванией, Молдавией, Валахией — о разделе Польши. Однако на Швецию напала Дания, и шведские войска ушли из Варшавы и Кракова. Отряд трансильванского князя Юрия Ракоци, поддерживаемый казаками Ждановича, был разбит и покинул Польшу. Казаки вернулись домой.
Богдан Хмельницкий умер 27 июля 1657 года в Чигирине и был похоронен в Субботове. «То не ветры осенние бушевали в дубраве, то плакали неутешно и рыдали казаки, погребая батька своего старого Хмельницкого». Гетман был женат трижды, после его смерти остались жена Анна, сын Юрий, дочь Елена, замужем за братом войскового писаря Данилой Выговским, и дочь Степанида, жена Ивана Нечая.
О Богдане Хмельницком много писали историки.
Михаил Грушевский: «Великое народное движение, поднятое Хмельницким, сообщило новый строй всей Восточной Украине— Гетманщине. Казацкая военная организация уже в первых десятилетиях XVII века постепенно оседала и прикреплялась к земле, по мере того как все большее число оседлого и хозяйственного крестьянского и мещанского населения отдавалось под казачий присуд и записывалось в войско. Разделение казачьего войска на полки переходило в разделение оказаченной территории на полковые округи.
Восстание Хмельницкого надолго устранило из обширных пространств Восточной Украины всякую иную власть — остались только выборные городские магистраты, остались монастырские поместья, вне этого было одно только свободное, в значительной степени оказаченное население. Те, кто не присоединялся к казакам, записывались в мещане, безразлично, жили они в городах или в селениях, и с них собирались различные доходы в казачью войсковую казну. Казачье население податей не платило и только отбывало военную службу
Полковник был начальником своего полкового круга; полковая старшина, постепенно слагавшаяся по образцу генеральной — полковой обозный, судья, есаул, писарь — составляла совет при полковнике по всем делам своего полка; сотник управлял своим сотенным округом; казачьими общинами заведовали атаманы. Собственно говоря, с этими военными должностями была связана власть только над казачьим населением, но в действительности к ним перешла общая власть над всем селением.
Гетман сделался повелителем всей страны, главой украинского правительства, и все, что было на Украине, должно было ему повиноваться. Но гетман был главой военной казацкой организации, значит, и областные ее представители — полковники — должны были получить значение власти всеобщей, всесословной. Военный штаб гетмана занимает место кабинета министров, украинского правительства. Генеральная старшина: обозный, судья, есаул, писарь — становятся советом министров при гетмане и решают все дела общегосударственного характера. «Рада» старшин — Генеральной старшины и полковников и общая «войсковая рада» всего казачества собираются для важнейших дел и вершат судьбу страны.
Не сразу можно было искоренить старые взгляды, созданные всей предыдущей историей казачества, что центр казацкой жизни и строя — это Запорожье, Сечь и что оттуда должны исходить и выбор гетмана, и общее направление всей украинской политики. В новых условиях центром украинской жизни делается гетманская резиденция, где сосредотачивается высшая казачья старшина, где решаются всякого рода дела в войсковом суде и в генеральной войсковой канцелярии.
Казачья старшина, имея в своих руках власть и управление и заняв в этом смысле место шляхты, была расположена идти по следам последней и в общественно-экономической сфере: владеть землями, основывать села и заводить подданных».
Орест Субтельный: «Трудно переоценить то влияние, которое оказал на течение украинской истории Богдан Хмельницкий. Украинские, российские и польские историки связывают его достижения с достижениями таких гигантов XVII столетия, как Оливер Кромвель в Англии и Валенштайн в Богемии. В исследованиях, посвященных гетману и его эпохе, часто пишут о его умении достигать очень многого, имея так мало.
Независимо от научных оценок украинский народ всегда проявлял любовь к «батьке Богдану». У огромного большинства украинцев, начиная с того периода до сегодняшнего дня, Хмельницкий остается великим освободителем, героем, который силой своей личности и ума поднял их из многовекового паралича бездеятельности и безнадежности и вывел на дорогу национального и социально-экономического освобождения».
Сохранилось описание гетмана Богдана Хмельницкого, сделанное венецианским послом в Чигирине в 1650 году: «Роста скорее высокого, широкий в кости, величественный. Его правление, показывает зрелый и тонкий ум. Хотя и случается ему погулять, но дела он не бросает. Кажется, что в нем живут две натуры — одна деятельная, твердая, решительная, другая — сонная, утомленная, мечтательная. В поведении ласковый, простой и гем привлекает любовь воинов, которых он держит в повиновении железной дисциплиной».