Кутузов застал войска готовящимися к сражению — вовсю шло строительство укреплений, подходили резервы, полки занимали боевые позиции. Главнокомандующий осмотрел позиции, объехал войска, повсюду встречаемый бурным ликованием, и… отдал приказ отступать. Он не хотел рисковать и не мог допустить, чтобы его разбили в первый же день приезда к армии. К тому же Кутузов знал, что на подходе резервы Милорадовича, а еще дальше в тылу собирается в поход многотысячное московское ополчение.

Армия отступала, ведя кровопролитные бои с наседавшим на ее арьергарды противником.

23 августа главные силы 1-й и 2-й армий вышли на большое поле, лежащее в 124 километрах от Москвы между Старой и Новой Смоленской дорогами. В центра поля раскинулись село Бородино и деревня Семеновское, на юге — деревня Утица, на севере — деревня Захарьино. На пространстве примерно в 50 квадратных километров наконец-то сошлись две армии, примерно равные друг другу по силам: русских было около 120 тысяч, французов — около 135.

Накануне Бородинского сражения Барклай и генерал А. И. Кутайсов, начальник артиллерии 1-й армии, провели ночь в крестьянской избе. Барклай был грустен, всю ночь писал и задремал только перед рассветом, запечатав написанное в конверт и спрятав его в карман сюртука. Кутайсов, перед тем как уснуть, напротив, шутил, болтал и веселился. Он написал все, что считал нужным. Его последним письмом, его завещанием был приказ по артиллерии 1-й армии: «Подтвердите во всех ротах, чтобы они с позиции не снимались, пока неприятель не сядет верхом на пушки.

Сказать командирам и всем господам офицерам, что, только отважно держась на самом близком картечном выстреле, можно достигнуть того, чтобы неприятелю по уступить ни шагу нашей позиции. Артиллерия должна жертвовать собой. Пусть возьмут вас с орудиями, но последний картечный выстрел выпустите в упор»…

Кутайсов не знал, что завтра его убьют и что он не доживет четырех дней до своего двадцативосьмилетия.

Для Барклая, Кутайсова и всего штаба 1-й армии сражение началось с первым выстрелом. «На восходе солнца, — писал адъютант Барклая В. И. Левенштерн, — поднялся сильный туман. Генерал Барклай в полной парадной форме, при орденах и в шляпе с черным пером стоял со своим штабом на батарее позади деревни Бородино… Со всех сторон раздавалась канонада. Деревня Бородино, расположенная у наших ног, была занята храбрым лейб-гвардии Егерским полком. Туман, заволакивавший в то время равнину, скрывал сильные неприятельские колонны, надвигавшиеся прямо на него.

Генерал Барклай, обозревавший всю местность с холма, угадал, какой опасности подвергался Егерский полк, и послал меня к нему с приказанием, чтобы он немедленно выступил из деревни и разрушил за собой мост… После дела при Бородинском мосте генерал Барклай спустился с холма и объехал всю линию. Ядра и гранаты буквально вырывали землю на всем пространстве. Барклай проехал, таким образом, перед Преображенским и Семеновским полками. Молодцы гренадеры приветствовали его, спокойно стоя, с истинно военной выправкой».

Однако главный удар Наполеон нанес по левому флангу, и Барклай, правильно оценив обстановку, послал на помощь Багратиону четыре пехотных полка и восемь гренадерских батальонов, а вслед за тем еще четыре кавалерийских полка.

Подкрепления прибыли вовремя. Как раз в эти минуты был тяжело ранен Багратион. Когда его, лежащего на земле, перевязывали, он увидел возле себя адъютанта Барклая. «Скажите генералу Барклаю, что участь армии и ее спасение зависят от него. До сих пор все идет хорошо. Да сохранит его бог».

Дорогого стоили эти слова Багратиону. Они означали и полное примирение с Барклаем, и признание его стойкости и содержали более чем дружеское напутствие и пожелание успеха. Последовательный и очень определенный в своих симпатиях и антипатиях, Багратион и на этот раз не покривил душой. Раненого Багратиона унесли, а командование 2-й армией принял командир дивизии П. П. Коновницын.

Сам Барклай, собрав в кулак 2-й и 3-й кавалерийские корпуса и бригаду гвардейских кирасир, бросился в бой против французских кавалерийских корпусов. Возле Барклая убило двух офицеров и девять ранило. Под ним пали четыре лошади, но он не вышел из боя, пока эта грандиозная сеча не закончилась победой. Поздно вечером Кутузов вызвал Барклая и приказал готовиться к продолжению сражения на следующее утро. Барклай отдал все необходимые распоряжения генералам 1-й армии, но в полночь получил от Кутузова приказ отступать.

В последние дни августа русская армия подошла к Москве. Здесь, в деревне Фили, 1 сентября состоялся военный совет, обсудивший вопрос о целесообразности нового генерального сражения для защиты Москвы или оставления Москвы без боя. Барклай выступил первым. Он сказал: «Главная цель заключается не в защите Москвы, а в защите Отечества, для чего прежде всего необходимо сохранить армию. Позиция невыгодна, и армия подвергается несомненной опасности быть разбитой. В случае поражения все, что не достанется неприятелю на поле сражения, будет уничтожено при отступлении через Москву. Оставлять столицу тяжело, но, если мужество не будет потеряно и операции будут вестись деятельно, овладение Москвой, может быть, приведет неприятеля к гибели».

Беннигсен, Ермолов, Уваров и Дохтуров, выступившие вслед за Барклаем, отвергли идею отступления и требовали нового сражения.

Возражая им, Барклай сказал: «Об этом следовало бы подумать ранее и сообразно с тем разместить войска. Теперь уже поздно. Ночью нельзя передвигать войска по непроходимым рвам, и неприятель может ударить на нас прежде, нежели мы успеем занять новое положение».

Выслушав всех участников военного совета, Кутузов сказал: «Вижу, что мне придется платить за разбитые горшки, но жертвую собой для блага Отечества. Приказываю отступать». Так, в самую решительную минуту войны точки зрения Барклая-де-Толли и Кутузова, совпав полностью, предопределили дальнейший ход событий. Это свидетельствовало о том, что стратегия Кутузова на данном этапе войны совпадала со стратегией Барклая и была, по сути дела, ее продолжением. Кутузов уехал вперед, поручив Барклаю организовать отступление армии через Москву.

После Бородинского сражения, где потери русских превысили сорок тысяч человек, было нецелесообразным сохранять прежнее деление войск на две армии, тем более что и маршрут их движения совпадал полностью. Остатки армии Багратиона были слиты с армией Барклая, но и его собственная должность тоже была чисто условной — над ним находился главнокомандующий, а над штабом 1-й армии — штаб главнокомандующего.

К тому же вскоре пришел приказ об увольнении Барклая с поста военного министра. Ко всему прочему Михаил Богданович заболел лихорадкой и 19 сентября подал Кутузову рапорт об увольнении от должности командующего 1-й Западной армией. 21 сентября, в день вступления русской армии на Тарутинскую позицию, Кутузов удовлетворил его просьбу. Таким образом, Барклай прошел с армией весь ее горестный путь — от Вильно до Тарутина. Этот путь продолжался ровно сто дней. Он пролег через Смоленск, Бородино и Москву, не став путем победы, но навсегда оставшись в истории России дорогой чести и славы.

А между тем Наполеон вошел в Москву. Стоя на краю гибели, он думал, что находится на вершине могущества и славы. Много позже, на острове Святой Елены, он сказал: «Я должен был бы умереть сразу же после вступления в Москву». Ожидая на Поклонной горе делегацию «бояр», он никак не мог представить, что всего через два года именно здесь пройдут полки российской гвардии, возвращающиеся из Парижа. И не мог он представить, что капитуляцию его столицы примет русский фельдмаршал Барклай.

24 сентября 1812 года Барклай писал царю из Калуги: «Государь! Мое здоровье расстроено, а мои моральные и физические силы до такой степени подорваны, что теперь здесь, в армии, я, безусловно, не могу быть полезным на службе… и эта причина побудила меня просить у князя Кутузова позволения удалиться из армии для восстановления моего здоровья.