В конце августа 1789 года светлейший князь Г.А. Потемкин-Таврический приказал Войновичу принять в Херсоне парусные суда Лиманской флотилии и отвести их в Севастополь. А контр-адмиралу Ушакову он вверил весь Черноморский флот. Федор Федорович начал с обучения корабельных экипажей.
Вскоре контр-адмиралу предстояло постараться отвлечь турецкий флот от устья Днепра, чтобы дать возможность гребной флотилии пройти к Хаджибею, на который Флагманский корабль уже направлялась колонна войск Гудовича, а парусным судам - безопасно дойти до Севастополя. Операция была успешно проведена: одно только появление эскадры Ушакова заставило турецкий флот удалиться от Хаджибея и Очакова.
Сразу же по возвращении флотоводец поторопился снарядить главные силы. К 26 июня 1790 года были готовы 10 кораблей, 6 фрегатов и другие суда. Но из-за нехватки средств Ушакову пришлось занимать деньги и даже заложить свой дом. Флагман ожидал, что противник будет высаживать десант в Керченском проливе. И не ошибся.
1 июля большой турецкий флот проследовал на восток. Следующим утром в море отправилась русская эскадра. 6 июля, подойдя к Феодосии, Ушаков узнал, что турки прошли мимо накануне, и пошел в Керченский пролив. Там близ пролива он стал на якорь у мыса Такиль, чтобы не допустить прорыва турецкого флота в Азовское море и высадки неприятельского десанта на крымском побережье.
8 июля в 10-м часу со стороны крепости Анапа при попутном восточном ветре появилась турецкая эскадра в составе 10 линейных кораблей, 8 фрегатов и 36 меньших судов, имевших на борту 1100 орудий и десантные войска. Она следовала к южному берегу Крыма. Султанский флотоводец - капудан-паша Хуссейн (Гуссейн) решил, воспользовавшись выгодным наветренным положением, обойти корабли русского авангарда и уничтожить их.
Ушаков приказал построить линию из кораблей и фрегатов, оставив легкие суда под ветром. Прозорливый русский контр-адмирал разгадал замысел турецкого адмирала и, выделив из общего линейного строя эскадры резерв в 6 фрегатов, заранее направил их на поддержку своего авангарда под командованием капитана бригадирского ранга Г.К. Голенкина. Хуссейн поместил в линию только линейные корабли; вторую его линию составили фрегаты и легкие суда. Турки, используя наветренное положение, атаковали и направили основные усилия против русского авангарда. Хуссейн пытался поставить его в два огня. Пока корабли Голенкина успешно отбивали натиск турок, русские корабли, вышедшие из линии и сократившие интервалы между собой, спешили на помощь авангарду, чтобы в свою очередь поставить в два огня неприятеля. Так флагман очень оригинально решил проблему резерва. Остальным кораблям он приказал сосредоточить огонь на неприятельском авангарде.
Линейные корабли сомкнули линию, после чего контр-адмирал повел кордебаталию на сближение с неприятелем. В 3 часа дня ветер изменился, и русская эскадра получила возможность сблизиться с неприятельскими кораблями на дальность картечного выстрела. Примечательно, что русские пушкари оказались на голову выше орудийных расчетов османов. Турецкие корабли один за другим выходили из боя с большими разрушениями в корпусе и парусной оснастке.
Капудан-паша пытался защитить поврежденные корабли, пройдя на флагманском судне вдоль всей русской линии, но и сам серьезно пострадал. Сражение продолжалось до 17 часов. Ушаков, оказавшись на ветре у противника, приказал кораблям выстроиться за ним в линию, не соблюдая своих мест, нарушая догмы линейной тактики. Контр-адмирал сократил время маневра и сам возглавил боевую линию. Быстрое построение русских заставило турок растянуть линию, прикрывая поврежденные корабли, что могло вызвать еще большее поражение. В такой ситуации капудан-паша решил не испытывать судьбу и в темноте бежал. Корабли турок благодаря своим корпусам, обшитым медными листами, ушли на большой скорости.
Снова контр-адмирал Ушаков применил новый тактический прием, создав из 6 фрегатов самостоятельную резервную группу. Преследование противника велось без соблюдения установленных мест в строю эскадры и с выходом флагманского корабля «Рождество Христово» в ее голову.
Хотя турецкий флот и не потерял ни одного корабля, но он получил большие разрушения от артиллерийского огня русских. Значительными оказались потери среди турецких экипажей и десантников, которые так и не высадились на берега Крымского полуострова. На русских кораблях убито и ранено оказалось 29 человек. Задача - не допустить турок на берега Тавриды - была выполнена.
Победа у Керченского пролива положила основу славы Ушакова и впервые продемонстрировала его тактику, за что флотоводца наградили орденом Святого Владимира 2-й степени.
28 августа 1790 года произошло морское сражение у острова Тендра, где русская эскадра, вышедшая из Севастополя, обнаружила турецкий флот, стоявший на якоре. Русские корабли двигались в походном порядке в три колонны. Контр-адмирал Ушаков в своей решительной манере приказал начать атаку противника без промедления, выстраиваясь в линию баталии на полном ходу. Он вновь создал резерв из фрегатов и вновь начал сражение с дистанции картечного выстрела.
Через несколько часов морского сражения турецкая эскадра того же самого капудан-паши Хуссейна под мощным огнем русской артиллерии начала уклоняться под ветер и приходить в расстройство. Флагманский корабль Ушакова «Рождество Христово» вел бой одновременно с тремя линейными турецкими кораблями. Когда вражеский флот обратился в бегство, русские преследовали его до наступления темноты и после этого встали на якорь.
Наутро, когда выяснилось, что турецкая эскадра стоит на якорях поблизости, морское сражение возобновилось. В итоге турецкие корабли вновь обратились в спасительное бегство, используя свое преимущество в скорости. 66-пушечный линейный корабль «Мелеки Бахри» спустил свой флаг и сдался, а 74-пушечный «Капудание» - флагманский корабль Сеид-бея - загорелся и взорвался.
За эту очередную победу императрица Екатерина II пожаловала Ушакову орден Святого Георгия сразу 2-й степени и 500 душ крепостных крестьян в Могилевской губернии.
После сражения у Тендры эскадра Ушакова прикрывала устье Дуная от возможных действий турецкого флота, ибо в это время русские войска под командованием генерал-аншефа А.В. Суворова готовились к штурму Измаила. В те дни пришло известие, что по повелению султана казнен бывший капудан-паша Хуссейн, который проиграл Ушак-паше - так турки окрестили Ушакова - морское сражение у Керченского пролива.
Явно проигрывая России войну на суше, Турция все-таки решила взять реванш на море. Со всех концов Оттоманской империи к Стамбулу были стянуты военные корабли. Для командования флотом был приглашен алжирский паша Саид-Али. Вскоре мощный турецкий флот - 18 линейных кораблей, 17 фрегатов и 43 более малых судна - появился у Румелийских (болгарских) берегов и бросил якорь у мыса Калиакрия. В связи с празднованием мусульманского праздника часть турецких экипажей была отпущена на берег.
31 июля 1791 года, когда между воюющими сторонами начались переговоры о перемирии, о чем Ушаков не знал, русская эскадра в составе 16 линейных кораблей, 2 фрегатов, 2 бомбардирских кораблей и 19 вспомогательных судов обнаружила неприятельский флот, стоявший у Калиакрии. Стремясь выиграть время, занять выгодное наветренное положение и захватить турок врасплох, Ушаков и здесь не стал действовать шаблонно - он не стал перестраивать эскадру в принятый тогда боевой порядок - кильватерную колонну. Русские корабли под огнем неприятельских береговых батарей в походном строю из трех колонн прошли между берегом и стоявшим на якоре турецким флотом. Турецкие корабли, обрубая якоря, стали в беспорядке выстраиваться под огнем русской эскадры в боевую линию. Так началось морское сражение у мыса Калиакрия.
Русский флагманский корабль «Рождество Христово» атаковал флагманский корабль паши Саид-Али и заставил его выйти из боя. Вскоре после этого турецкий флот обратился в бегство. Эта трудная победа у Румелийских берегов ускорила заключение Ясского мирного договора 1791 года.