Огромный ущерб был нанесён партийному костяку Красной Армии. На 1 апреля 1940 года в РККА насчитывалось 210 784 члена ВКП(б), что в три с половиной раза превышало число армейских коммунистов в 1937 году. При этом коммунисты в возрасте до 30 лет составляли 66,1 %, от 30 до 40 лет — 38,5 % и старше 40 лет — всего лишь 3,4 %. 34,3 % армейских коммунистов стали членами партии в 1938 и 1939 году, 31,5 % — с 1931 по 1937 год, 30 % — с 1921 по 1930 год и лишь 4,4 % (около 10 тыс. человек) — до 1921 года, т. е. в годы подполья и гражданской войны [100].

Огромные потери в ходе массовых репрессий понесла советская военная разведка. С 1937 по 1940 год были арестованы и расстреляны три начальника Главного разведывательного управления Красной Армии — Я. К. Берзин, С. П. Урицкий и И. И. Проскуров, почти все заместители начальника управления, большинство начальников отделов. Если в первой половине 1937 года спецсообщения внешней разведки, направляемые Сталину, Молотову и Ворошилову, подписывались руководителями ГРУ, то уже в конце этого года даже донесения Сталину шли за подписью рядовых сотрудников аппарата разведки — все работники более высокого ранга были арестованы.

В 1937—1938 годах были отозваны в Москву и репрессированы большинство советских разведчиков, в результате чего в 1938 году на протяжении 127 дней подряд в «инстанции» не поступило ни одного разведывательного сообщения [101].

В январе 1939 года после разгрома берлинской резидентуры там остались двое из 16 работников. Они работали без резидента до сентября, когда резидентом был назначен молодой бериевский приспешник А. Кобулов, не имевший никакого опыта разведывательной работы [102].

Аналогичное положение сложилось и в парижской резидентуре, откуда, как указывалось в справке, представленной в ноябре 1939 года руководству военной разведки, «был выброшен домой весь кадровый состав наших работников как „легальных“, так и нелегальных аппаратов» [103].

Описывая погром, учинённый сталинской агентурой в советском посольстве в Болгарии, Ф. Раскольников указывал, что этот погром был инспирирован так называемой «внутренней линией» РОВСа (Российский общевойсковой союз), т. е. спецслужбой военизированной белоэмигрантской организации. Эта организация в лице капитана Фосса, «подсовывая агентам Ежова фальшивые документы, компрометировавшие честных работников миссии… добилась разгрома нашего полномочного представительства в Болгарии — от шофера М. И. Казакова до военного атташе В. Т. Сухорукова» [104].

Особенно тяжкие последствия имела расправа с Сухоруковым, создавшим тайную антифашистскую организацию, в которую входили представители военного командования почти всех балканских государств. Эта организация ставила своей задачей противодействие германской экспансии на Балканах. По прямому заданию германских спецслужб, сотрудничавших с РОВСом, Фосс подбросил советским органам фальшивку о связях Сухорукова с немецкой разведкой. Это сообщение легло на благодатную почву, поскольку ещё в октябре 1936 года начальник Особого отдела НКВД М. И. Гай доносил Ворошилову: «В 1924 году, после выпуска академией слушателей восточного факультета, на котором учился Сухоруков, последний был вызван к Троцкому и имел с ним беседу. Сухоруков в честь Троцкого назвал сына Львом» [105].

Сухоруков был отозван в Советский Союз и репрессирован. Его не освободили из лагеря даже после начала Отечественной войны, когда люди из его организации вступили в активную борьбу с фашизмом. Сухоруков вышел на свободу лишь в 1956 году.

В здании советской военной разведки находится кабинет чекистской славы, в котором установлена мемориальная доска с именами наиболее выдающихся советских разведчиков. Почти всю верхнюю половину списка составляют имена людей, репрессированных в предвоенные годы.

В 1937 году было репрессировано много зарубежных коммунистов, по идейным соображениям руководивших разведывательной работой в своих странах. Так, жертвой великой чистки стал немецкий коммунист Г. Кипенбергер, бывший депутат рейхстага, создавший вместе с В. Кривицким агентурную сеть советской военной разведки в Западной Европе.

Руководители разведки неоднократно пытались обратить внимание Сталина на тяжёлые последствия, которые несёт разгром советской резидентуры за рубежом. В 1938 году начальник I отдела ГРУ докладывал, что «Красная Армия оказалась фактически без разведки. Накануне крупнейших событий мы не имеем „ни глаз, ни ушей“». Незадолго до своего ареста Проскуров сообщал, что «репрессировано более половины личного состава разведки» [106].

Аналогичное положение сложилось и с резидентурой, курируемой Иностранным отделом НКВД (с 1940 года — НКГБ). В отчёте о работе I Управления НКГБ за период с 1939 по апрель 1941 года говорилось: «К началу 1939 года в результате разоблачения вражеского руководства в то время Иностранного отдела почти все резиденты за кордоном были отозваны и отстранены от работы. Большинство из них затем было арестовано, а остальная часть подлежала проверке. Ни о какой разведывательной работе за кордоном при этом положении не могло быть и речи. Задача состояла в том, чтобы, наряду с созданием аппарата самого Отдела, создать и аппарат резидентур за кордоном» [107].

В 1937—1939 годах было ликвидировано всё, подготовленное в предшествующие годы в западных военных округах для развёртывания крупных операций партизанских сил. Были уничтожены скрытые базы, созданные для ведения партизанской борьбы. Из тысяч хорошо подготовленных партизанских командиров и специалистов по ведению войны в тылу врага уцелели в ходе массовых репрессий лишь единицы. В результате всего этого в первые годы войны на оккупированную территорию перебрасывались почти не подготовленные и слабо вооружённые партизанские группы, часто не обладавшие даже средствами связи. Не удивительно, что основная часть этих групп была уничтожена немцами.

Массовые репрессии, обрушившиеся на основную часть руководителей и инженерно-технических работников заводов и научно-исследовательских институтов, занимавшихся разработкой военной техники, существенно замедлили создание новых видов вооружений. Так, был расстрелян начальник реактивного института Клеймёнов и репрессированы многие сотрудники этого института. Среди них был С. П. Королев, приговорённый 27 сентября 1938 года к 10 годам тюремного заключения. В 1939—1940 годах Герои Советского Союза, депутаты Верховного Совета СССР В. С. Гризодубова и М. М. Громов обратились к Берии и Ульриху с ходатайствами о пересмотре дела Королева. 13 апреля 1940 года дело Королева было направлено на новое рассмотрение. 16 июня того же года Королев был приговорён к заключению в лагеря сроком на 8 лет, однако вскоре был переведён в Особое техническое бюро при НКВД для использования по специальности. За выдающиеся заслуги в создании новой техники он был досрочно освобождён со снятием судимости. Реабилитация Королева, к тому времени ставшего главным конструктором космической техники, произошла только в 1957 году [108].

В результате фактического разрушения реактивного института немцам удалось значительно опередить Советский Союз в деле создания ракетного оружия (успешно ведущиеся в СССР научно-конструкторские разработки в этой области были прерваны в 1937—1938 годах). В 1944 году на вооружение германской армии поступили беспилотные самолёты ФАУ и баллистические ракеты ФАУ-2, тогда как аналоги этих боевых средств отсутствовали в Красной Армии вплоть до конца войны. В 1963 году Королев в беседе с корреспондентом ТАСС говорил: «Мы потеряли значительное время (а потому не успели к началу войны построить реактивный самолёт и ракеты дальнего действия) и нескольких замечательных людей по совместной работе. Это были страшные, тяжёлые годы» [109].

Теоретические и практические работы по радиолокации были начаты в СССР раньше, чем в США и Англии. Однако в 1937 году были арестованы создатель первых радиолокационных устройств Ощепков, руководитель работ в этой области И. Смирнов и многие их сотрудники. В результате Красная Армия встретила войну без некоторых важных видов радиолокаторов, которые пришлось потом закупать в Англии и США [110].