Проверочные испытания в Медико-хирургической академии проводились по пяти предметам: устные — математика, физика, немецкий язык и латынь и, кроме того, сочинение на заданную тему. Экзамены принимали главным образом выделенные для этого Конференцией профессоров преподаватели академии; только к участию в проведении экзамена по математике привлекались преподаватели петербургских военных гимназий. Экзаменаторы отнюдь не «зверствовали»: задаваемые ими вопросы, как правило, не выходили за рамки гимназических программ. Сочинение Володе пришлось писать на тему: «Волга и ее значение для Русского государства». При этом ему весьма пригодились и недавние впечатления от поездка по великой русской реке. Володя и его товарищи из Вятки испытания выдержали и приказом по академии были зачислены в «своекоштные» студенты первого курса медицинского отделения (в академии в ту пору, кроме медицинского, существовали еще отделения ветеринарное и фармацевтическое).

Медико-хирургическая академия была весьма своеобразным учебным заведением. Подчинялась она военному министерству и предназначалась «для образования врачей, ветеринаров и фармацевтов военного и морского ведомств». Но на самом деле служить после окончания академии в армии и флоте обязаны были лишь стипендиаты военного министерства. Однако оно выплачивало всего лишь двести стипендий, которых удостаивались студенты третьего и более старших курсов. Общее же число студентов академии доходило до полутора тысяч человек. Стипендии предлагались лишь наиболее успевающим студентам, однако любой из них мог и отказаться от стипендии с тем, чтобы не иметь обязательств перед военным ведомством. Таким образом, большинство выпускников академии в армии не служили и занимали врачебные должности в земствах, городских управах или же посвящали себя частной практике.

В начале 70-х годов возник вопрос о передаче академии в подчинение министерству народного просвещения. Дебатировался он не только в Конференции академии, но и в широкой прессе. Так, в 1873 году, когда студентом академии стал Бехтерев, газета «Гражданин» писала, что «многие из среды серьезных профессоров академии желают присоединить ее к университету ввиду интересов науки, ибо настоящее положение академии в научном отношении, говорят, просто невыносимо». В самом деле, Главное медицинское управление военного ведомства и особенно главный военно-медицинский инспектор, которому академия была непосредственно подчинена, нередко позволяли себе в то время грубо вмешиваться в ее деятельность. Это вело к тому, что, как писала та же газета, «всякий профессор Медико-хирургической академии не может не желать перехода ее в такое ведомство, где, как, например, в университете, никому не дано права приказывать профессорам или Конференции их».

Как проявление произвола большинством профессоров Медико-хирургической академии было воспринято, например, решение военного ведомства о назначении заведующим кафедрой физиологии, которую незадолго до того вынужден был оставить И. М. Сеченов, активного противника его учения о рефлекторной деятельности головного мозга, а также дарвиновского эволюционного учения, реакционера И. Ф. Циона.

Конференция академии после отставки Сеченова на должность заведующего кафедрой физиологии в 1872 году избрала профессора университета Шкляревского. Цион же при голосовании собрал мало голосов. Решение Конференции военное ведомство отвергло. Военно-медицинский инспектор начертал на нем следующую резолюцию: «Военный министр не признал возможным утвердить избранного большинством голосов Конференции доктора Шкляревского в должности профессора физиологии, а как выбор кандидата длится более года, кафедра физиологии без существенного вреда учащимся не может оставаться незамещенной; из сопоставления же разбиравшихся ученых работ, представленных кандидатами, очевидно, что работы доктора Циона несравненно выше, чем те, которые Конференция признала достаточными для получения кафедры физиологии. Потому Его Превосходительство в 14-й день июля изволил утвердить в должности профессора этой науки доктора медицины Циона».

1 февраля 1873 года Главный военно-медицинский инспектор Н. И. Козлов в письме начальнику Медико-хирургической академии сообщал: «Озабочиваясь устранением условий, вызывающих и поддерживающих невыгодные стороны внутренних порядков в академии, Военный министр остановился… на мысли освежить и пополнить личный состав Конференции назначением в члены ее нескольких лиц, по ученым и учебным заслугам имеющих на это право…» Через три дня после этого послания последовал «высочайший приказ», по которому в состав Конференции вводились назначенные экстраординарными профессорами академии Эйхвальд, Гепнер, Тарновский и Брандт. Такое распоряжение способствовало укреплению немецкой группировки в Конференции и усилению раздоров в ее среде.

Форму студенты Медико-хирургической академии могли носить начиная с третьего курса, но она не была обязательной, да к тому же приобретать ее надо было на собственные средства. В результате одевались студенты кто как мог. На младших курсах часто донашивали форму, которую носили в семинарии или гимназии, иные ходили в свободных блузах или же пестрых, часто красных, рубахах навыпуск и в высоких сапогах. Щеголи среди студентов были не в чести.

Большая часть студентов происходила из разночинцев, многие из них нуждались. Приходилось изыскивать средства для оплаты обучения. По «Положению», утвержденному в 1869 году, «своекоштные студенты и пользующиеся частными стипендиями, замещение коих не представлено академии, вносят 50 рублей в год за слушание лекций и пользование учебно-вспомогательными учреждениями при практических академических заданиях». Деньги вносились двумя частями: по 25 рублей в начале каждого полугодия. Если плата задерживалась более чем на два месяца, студента из академии отчисляли, при этом он мог быть принят вновь при условии погашения долга. Но в «Положении» был еще один пункт: «лица, заявившие соглашение» проработать после окончания академии два года в военном ведомстве, освобождались от платы за обучение в течение всего периода обучения. Этим правилом пользовались многие студенты из тех, кто победней. Воспользовался им и Володя Бехтерев.

Но, даже освободившись таким образом от платы за обучение, студент должен был оплачивать частную квартиру — обычно 4–6 рублей в месяц, — да к тому же заботиться о собственном пропитании. Питались многие скудно. Обычно пользовались дешевыми кухмистерскими. Особо же популярной была расположенная неподалеку от академии столовая, находившаяся под покровительством великой княгини Елены Павловны. Обед в этой столовой стоил 19 копеек, при этом хлеб и квас отпускались в неограниченном количестве. Однако завтраком и ужином столовая не обеспечивала. Нуждающиеся студенты утром и вечером ели главным образом черный хлеб с тресковым жиром и солью (жир они получали бесплатно через академическую аптеку).

Студентам, которым семьи не могли помочь, приходилось искать какой-либо заработок. Обычно они работали в качестве переводчиков, репетиторов, а иногда и переписчиков, а после окончания второго курса стремились к занятию фельдшерских должностей. Руководство академии старалось по возможности помогать бедствующим студентам. По инициативе профессора А. Я. Чистовича в 1869 году было образовано «Общество для вспомоществования нуждающимся студентам Медико-хирургической академии». В соответствии с третьим параграфом устава этого общества студентам выдавалось «вспомоществование единовременное или постоянное не иначе как в виде ссуд, которые должны быть возвращены». Иными словами, «Общество» выполняло функции кассы взаимопомощи, обеспечивая выдачу ссуд без процентов. Но и это было весьма существенно, так как оберегало студентов от необходимости связываться с ростовщиками и давало им возможность хоть как-то выходить из трудного положения.

Вместе с тем студенческая общественность имела и некоторые фонды для оказания особо нуждающимся безвозмездной помощи. Фонды эти складывались из разовых пожертвований и средств, которые удалось выручить, проводя концерты, довольно регулярно устраиваемые в академии для широкой публики. В благотворительных концертах участвовали студенты (пели, музицировали, читали стихи), а также актеры императорских и частных театров Петербурга. Иногда выступали и некоторые из преподавателей и профессоров академии. Безвозмездные пособия распределялись инспекцией на основании предложений избираемых студентами курсовых старост. В некоторые годы общая сумма безвозмездных пособий доходила до 10 тысяч рублей в год.