Бор после бесед с Оппенгеймером, очевидно, знавший об утечке информации к советским и шведским ученым, встречался с президентом Рузвельтом и пытался убедить его в необходимости поделиться с русскими секретами Манхэттенского проекта, чтобы ускорить работы по созданию бомбы. Наши источники в Англии сообщили, что Бор не только делал это предложение президенту Рузвельту, но, якобы по его поручению, вернулся в Англию и пытался убедить английское правительство в необходимости такого шага. Черчилль пришел в ужас от этого предложения и распорядился, чтобы были приняты меры для предотвращения контактов Бора с русскими.
Супруги Зарубины, несмотря на достигнутые результаты в работе, недолго прожили в Вашингтоне. И произошло это не по их вине и не из-за активности ФБР. Один из подчиненных Зарубина, сотрудник резидентуры НКВД в посольстве подполковник Миронов, направил письмо Сталину, в котором обвинял Зарубина в сотрудничестве с американскими спецслужбами. Миронов в письме указал - он следил за Зарубиным - даты и часы встреч Зарубина с агентами и источниками информации, назвав их контактами с представителями ФБР. Для проверки выдвинутых обвинений Зарубины были отозваны в Москву. Проверка заняла почти полгода. Было установлено, что все встречи санкционировались Центром и ценная информация, полученная Зарубиным, не бросала на него и тени подозрений в сотрудничестве с ФБР. Миронов был отозван из Вашингтона и арестован по обвинению в клевете. Однако когда он предстал перед судом, выяснилось, что он болен шизофренией. Его уволили со службы и поместили в больницу.
В 1943 году в Центре было принято решение строить контакты с учены ми-атомщиками с использованием нелегальных каналов. Непосредственное руководство действиями нелегалов было возложено на нашего резидента в Мексике Василевского. После отъезда Зарубиных Василевский руководил сетью агентов из Мехико, иногда посещая Вашингтон, но долго там не задерживался, чтобы не привлекать внимания американской контрразведки. Было решено свести к минимуму использование опорных пунктов резидентуры в Вашингтоне.
Я вспоминаю, что Василевский рассказывал мне, как в 1944 году он приехал в Вашингтон и, в частности, должен был передать в Центр материалы, полученные от Ферми, но, к своему ужасу, узнал, что шифровальщик отсутствует. На следующий день американская полиция доставила шифровальщика в посольство, подобрав в одном из баров, где он напился до бесчувствия. Василевский немедленно принял решение не использовать посольство в Вашингтоне для передачи особо важных сообщений. В 1945 году за успешную работу в разработке линии Ферми в США Василевский был назначен моим заместителем по отделу “С”. Почти два года он возглавлял отдел научно- технической разведки в НКВД, а потом в Комитете информации — нашем центральном разведывательном ведомстве, существовавшем с 1947 по 1951 год. Василевский был уволен из органов безопасности в 1948 году - стал одной из первых жертв начавшейся антисемитской кампании. В апреле-июне 1953 года он начал вновь работать в аппарате, но его опять уволили — теперь уже по сокращению штатов как “подозрительного” человека. Умер Василевский в 1979 году.
Описание конструкции первой атомной бомбы стало известно нам в январе 1945 года. Наша резидентура в США сообщила, что американцам потребуется минимум один год и максимум пять лет для создания существенного арсенала атомного оружия. В этом сообщении также говорилось, что взрыв первых двух бомб, возможно, будет произведен через 2—3 месяца.
В это время наша разведка активизировалась, и мы получили значительную информацию о Манхэттенском проекте и о планах использования месторождений урановой руды в Бельгийском Конго, Чехословакии, Австралии и на острове Мадагаскар. Агентам военной разведки удалось проникнуть в канадскую фирму, создавшую специальную корпорацию по разработке урановой руды. Примерно в это же время сотрудничавший с нами начальник разведки чехословацкого правительства в Лондоне Моравец проинформировал нас, что английские и американские спецслужбы проявили большой интерес к разработке урановых месторождений в Судетских горах. Он получил доступ к материалам англо-чешских переговоров по вопросу эксплуатации месторождений урана в послевоенный период.
По мере приближения окончания войны в Советском Союзе начали предпринимать первые шаги по геологическому поиску урановой руды.
В феврале 1945 года нами была получена информация и захвачены немецкие документы о высококачественных запасах урана в районе Бухово — в Родопских горах. Мы обратились к Димитрову, в то время уже главе болгарского правительства, и болгарские власти оказали нам содействие в разработке месторождений урана. Было создано советско-болгарское горное общество, видную роль в котором играл Щорс — сотрудник нашей разведки, горный инженер по образованию.
Урановая руда из Бухово была нами использована при пуске первого атомного реактора. В Судетских горах в Чехословакии урановая руда оказалась более низкого качества, но тоже использовалась нами. Мы скрывали эти работы от американцев и англичан. Для координации наших разведывательных и контрразведывательных мероприятий в Чехословакию был направлен опытный работник разведки, бывший резидент в Италии Рогатнев.
Поставкам болгарского урана, ввиду более высокого его качества, уделялось исключительное внимание. Димитров лично следил за урановыми разработками. Мы направили в Болгарию более трехсот горных инженеров, срочно отозвав их из армии; район Бухово охранялся внутренними войсками НКВД. Однако вскоре через агентуру нам стало известно, что американские спецслужбы готовят диверсионные акты с целью сорвать поставки урана в Советский Союз и одновременно выявить подлинный размах работ, чтобы определить сроки создания ядерного оружия в СССР. Американцы даже пытались организовать похищение Щорса. Мы приняли контрмеры: Эйтингон занялся перевербовкой американских разведчиков и их жен, задержанных при содействии нашей агентуры из местных турок вблизи урановых месторождений, но успеха не достиг.
Из Бухово поступало примерно полторы тонны урановой руды в неделю. Наша разведка обеспечила работавших на урановых рудниках американскими инструкциями и методикой по технике добычи урана и его учету.
В 1946 году в СССР были открыты и сразу же стали разрабатываться крупные месторождения урана более высокого качества. Однако интенсивные работы в Бухово продолжались: мы хотели создать у американцев впечатление, что болгарский уран нам крайне необходим. Подписанное Завенягиным, заместителем Берии, соглашение с правительством Болгарии о разработках и поставках урана, дезинформационные мероприятия, организованные Эйтингоном и группой офицеров, подтверждали важность для нас этих урановых разработок.
В марте 1945 года мы направили на имя Берии обобщенный доклад об успешном развитии работ в США по созданию атомной бомбы. В этом докладе детально описывались американские центры, в частности лаборатория в Лос-Аламосе, заводы в Ок-Ридже, давалась подробная характеристика деятельности американской фирмы “Келекс”, дочерней компании “Келлок” в Нью-Йорке, отмечались работы по атомной бомбе, проводимые крупнейшими фирмами США “Джоунс констракшн”, “Дюпон”, “Юнион карбайт”, “Кемикл кампани” и другими. В докладе указывалось, что американское правительство затратило 2 миллиарда долларов на разработку и производство атомного оружия и что в общей сложности в проекте занято более ста тридцати тысяч человек.
Кроме того, агентура сообщала о строго ограниченном круге лиц, которым было известно назначение проводимых работ; о допуске к таким данным правительственных чиновников только по личному разрешению президента США; о создании в рамках проекта собственной контрразведки, полиции и иных служб; об изъятии из библиотек США всех ранее открытых публикаций по исследованиям в области атомной энергии; о замене настоящих фамилий ученых и специалистов, имевших непосредственное отношение к работам в таких атомных центрах, как Лос-Аламос, Ок-Ридж, Хэнфорд, псевдонимами; о физической охране ответственных лиц, а также о других подобных мероприятиях.