Утром 16 ноября в город вошли части 9-й стрелковой дивизии Красной армии во главе с Н. В. Куйбышевым. Всего они взяли в плен в Феодосии 12 тысяч человек. По приказу комиссара дивизии М. Лисовского на городском железнодорожном вокзале были расстреляны 100 солдат и офицеров, не успевших эвакуироваться. Но это было только начало. Вскоре приступили к планомерной ликвидации «белогвардейцев».
Всего после эвакуации в Крыму остались 2009 офицеров и 52687 солдат Русской армии. Кроме того, в госпиталях находилось около пятнадцати тысяч раненых и больных. Не пожелали или не смогли эвакуироваться также более двухсот тысяч гражданских беженцев. Всех их ждала незавидная участь.
Выступая 6 декабря 1920 года на совещании московского партийного актива, Ленин заявил: «Сейчас в Крыму 300000 буржуазии. Это источник будущей спекуляции, шпионства, всякой помощи капиталистам. Но мы их не боимся. Мы говорим, что возьмем их, распределим, подчиним, переварим». Ильич не уточнил, что многих будут «переваривать» посредством расстрела.
Для Крыма была создана «особая тройка», наделенная практически неограниченной властью карать и миловать. В ее состав вошли: член Реввоенсовета Южного фронта Красной армии, председатель Крымского военно-революционного комитета венгерский эмигрант Бела Кун, секретарь обкома партии Розалия Самойловна Землячка (Залкинд) и председатель Крымской ЧК Михельсон. Контролировать операцию из Москвы был прислан глава Чрезвычайного военного революционного трибунала Ю. Л. Пятаков.
Семнадцатого ноября 1920 года был издан приказ Крымревкома № 4:
«1. Всем иностранно-подданным, находящимся на территории Крыма, приказывается в 3-дневный срок явиться для регистрации. Лица, не зарегистрировавшиеся в указанный срок, будут рассматриваться как шпионы и преданы суду Ревтрибунала по всем строгостям военного времени.
2. Все лица, прибывшие на территорию Крыма после ухода Советской власти в июне 1919 г., обязаны явиться для регистрации в 3-дневный срок. Не явившиеся будут рассматриваться как контрреволюционеры и предаваться суду Ревтрибунала по всем законам военного времени.
3. Все офицеры, чиновники военного времени, солдаты, работники в учреждениях добрармии обязаны явиться для регистрации в 3-дневный срок. Не явившиеся будут рассматриваться как шпионы, подлежащие высшей мере наказания по всем строгостям законов военного времени.
Пред. Крымревкома Бела Кун. Управделами Яковлев». После заполнения анкеты одних отправляли в тюрьму, других отпускали и обязывали повторно явиться через несколько дней.
Повторно прибывших в ЧК еще раз допрашивали. Если полученные ответы удовлетворяли дознавателей, человек получал на руки заверенную копию анкеты и отпускался на волю; других же отправляли в концлагеря или на расстрел.
Насчет общего числа расстрелянных цифры расходятся, но несомненно, что счет шел на десятки тысяч.
По свидетельству генерала Данилова, служившего в штабе советской 4-й армии, в период с ноября 1920 года по апрель 1921-го в Крыму было истреблено более восьмидесяти тысяч человек. Живший в то время в Алуште писатель И. С. Шмелев называл еще более страшную цифру — 120 тысяч. Поэт Максимилиан Волошин писал своему другу К. В. Кандаурову 15 июля 1922 года, что «за первую зиму было расстреляно 96 тысяч — на 800 тысяч всего населения…». Историк и публицист С. П. Мелыунов в работе «Красный террор в России 1918–1923 гг.» писал о 50,120 и 150 тысячах расстрелянных, затрудняясь отдать предпочтение какой-либо из этих цифр. В материалах Особой следственной комиссии по расследованию злодеяний большевиков утверждается, что казненных было 52–53 тысячи. Близкий к Врангелю генерал А. А. фон Лампе, напротив, называл довольно низкую цифру расстрелянных — 15 тысяч человек. Но он был лицом заинтересованным — стремился приуменьшить число жертв, поскольку чувствовал, что частично они и на совести Врангеля, не сумевшего вовремя эвакуировать этих людей. Отметим, что к этой цифре близка оценка, сделанная крымским историком В. П. Петровым, — 20 тысяч расстрелянных. Член Крымревкома Ю. П. Гавен сообщал, что по инициативе Б. Куна и Землячки расстреляли около семи тысяч человек, а из арестованных — более двадцати тысяч. По официальным советским данным в 1920–1921 годах в Симферополе было расстреляно около двадцати тысяч человек, в Севастополе — около двенадцати тысяч, в Феодосии — около восьми тысяч, в Керчи — около восьми тысяч, в Ялте — четыре-пять тысяч, всего до 52 тысяч человек.
В отчете, подписанном Р. Землячкой в начале декабря 1920 года, отмечалось: «Путем регистрации, облав и т. п. было произведено изъятие служивших в войсках Врангеля офицеров и солдат. Большое количество врангелевцев и буржуазии было расстреляно (напр., в Севастополе из задержанных при обыске 6000 человек отпущено 700, расстреляно 2000 человек), остальные находятся в концентрационных лагерях. Действия Особых отделов вызвали массу ходатайств со стороны местных коммунистов — благодаря связи их с мелкой буржуазией — за тех или иных арестованных. Областкомом было указано на недопустимость массовых ходатайств и предложено партийным бюро ни в коем случае не давать своей санкции подобным ходатайствам, а наоборот, оказать действительную помощь Особым отделам в их работе по окончательному искоренению контрреволюции».
Расстрелы продолжались вплоть до 1 мая 1921 года, потом волна террора пошла на убыль.
У красного террора в Крыму были свои «герои». По инициативе Куна и Землячки была создана Крымская ЧК во главе с секретарем Президиума ВЧК и Ф. Э. Дзержинского С. Ф. Реденсом.
С октября 1920-го по март 1921 года начальником отряда ВЧК по борьбе с бандитизмом в Крыму был 26-летний Иван Дмитриевич Папанин — будущий советский полярник, дважды Герой Советского Союза, доктор географических наук, контр-адмирал. А 27 ноября начальником ударной группы Особого отдела Южного фронта был назначен Е. Г. Евдокимов. Как и Папанин, он был в закрытом порядке удостоен ордена Боевого Красного Знамени за то, что «во время разгрома армии ген. Врангеля в Крыму… с экспедицией очистил Крымский полуостров от оставшихся там для подполья белых офицеров и контрразведчиков, изъяв до 30 губернаторов, 50 генералов, более 300 полковников, столько же контрразведчиков и в общем до 12 000 белого элемента, чем предупредил возможность появления в Крыму белых банд».
На представлении Евдокимова к ордену командующий Южным фронтом М. В. Фрунзе оставил резолюцию: «Считаю деятельность т. Евдокимова заслуживающей поощрения. Ввиду особого характера этой деятельности проведение награждения в обычном порядке не совсем удобно».
По Крыму ходили слухи, что людей не только расстреливали, но и топили. Будто бы несколько месяцев на дне севастопольских бухт можно было видеть толпы утопленников, привязанных за ноги к большим камням. Якобы среди этих трупов был священник с крестом и в рясе и течение поднимало его руки, будто он произносил проповедь. Это конечно же легенда, аналогичная той, что возникла после большевистских расстрелов в Крыму в 1918 году, жертвой которых чуть было не стал Врангель.
Не только население, но и крымские коммунисты были возмущены массовыми расстрелами без суда и следствия. Здесь было определенное противоречие между присланными из центра и местными руководителями. Московские товарищи стремились побыстрее отчитаться количеством «нейтрализованных контрреволюционеров». Крымские же большевики должны были как-то ладить с местным населением, которое расстрелы не одобряло. Ведь жертвами становились не только пришлые беженцы и офицеры-добровольцы, но и коренные крымчане, многие из которых служили у Врангеля в военных и гражданских учреждениях.
Характеризуя состав погибших, официальный представитель Народного комиссариата по делам национальностей в Крыму М. Султан-Галиев писал: «…среди расстрелянных попадало очень много рабочих элементов и лиц, оставшихся от Врангеля с искренним и твердым решением честно служить Советской власти. Особенно большую неразборчивость в этом отношении проявили чрезвычайные органы на местах. Почти нет семейства, где бы кто-нибудь не пострадал от этих расстрелов: у того расстрелян отец, у этого брат, у третьего сын и т. д…Такой бесшабашный и жестокий террор оставил неизгладимо тяжелую реакцию в сознании крымского населения. У всех чувствуется какой-то сильный, чисто животный страх перед советскими работниками, какое-то недоверие и глубоко скрытая злоба». Таким образом, расстреливались не только офицеры и «буржуазия», но даже рабочие военных предприятий или портов.