Пока Рафаэль с командой трудился в ватиканских станцах, в конце апреля 1512 года французы начали спешно ретироваться из центральных областей Италии из-за угрозы вторжения Испании и Англии на их территорию. Воспользовавшись отходом неприятеля с прежних позиций, Юлий II решил примерно наказать флорентийцев за их пособничество захватчикам. Операцию он поручил, не без умысла, кардиналу Джованни Медичи, который спал и видел, когда ненавистный республиканский режим будет свергнут. Ему в помощь был выделен отряд союзников испанцев, которым была обещана богатая добыча. 30 августа того же года кардинал Медичи с вверенными ему отрядами подошёл к крепостным стенам города Прато под Флоренцией. Сопротивление защитников было подавлено огнём артиллерии, и через брешь в стене Прато был взят штурмом. Довольный успехом кардинал отдал поверженный город на откуп испанской солдатне. Богатый Прато, славящийся своими текстильными мануфактурами, был дочиста разграблен и залит кровью.

В отправленном папе послании Медичи писал об успешном завершении операции и отдельных случаях жестокости, которые не удалось предотвратить. Шесть тысяч убитых и сотни изнасилованных солдатнёй женщин и подростков — таковы «отдельные случаи жестокости», упомянутые вскользь кардиналом. Вслед за Прато пала Флоренция с её республиканским правлением, где после двадцати лет изгнания Медичи восстановили своё господство, и пожизненный гонфалоньер Содерини оказался в эмиграции.

Сюжеты росписей в Станце Илиодора отразили ход дальнейших событий. Первая написанная там большая фреска «Изгнание Илиодора из храма» явилась ярким подтверждением триумфа, одержанного Юлием II на Латеранском соборе. Он-то и стал главным советником художника и идеологом всего цикла Станцы Илиодора, состоящего из настенных фресок, одиннадцати кариатид, четырёх герм и ветхозаветных сюжетов на своде: Неопалимая купина, Лествица Иакова, Чудесное видение Ною и Приношение в жертву Исаака. Каждая сцена полна динамики и, самое главное, написана в стилистике настенных изображений. В центре свода помещён круг с гербом папы Юлия II.

Станца Илиодора должна была стать парадным залом для официальных приёмов и всем своим видом говорить любому входящему в него: «Поднявшего руку на Церковь да постигнет Божья кара». Нетрудно понять, какая пропасть лежит между посылами этих двух соседних залов. Сюжет взят из Второй книги Маккавеев (3:7-29), в которой повествуется о том, как сирийский царь Селевк, прослышав о несметных сокровищах главного храма Иерусалима, приказал своему воину Илиодору проникнуть в хранилище и выкрасть ценности.

На фреске развёртывается почти театральное действо, полное напряжения и зрелищности, чему способствуют в сравнении с соседним залом более сильные контрасты света и тени и тревожно таинственное мерцание тонов. Всё подчинено движению. Храм имеет форму греческой базилики с тремя нефами, чьи мощные арки нарастают из глубины друг над другом, как в «Афинской школе», в сторону зрителя. В глубине центрального нефа на фоне тревожного неба коленопреклонённый первосвященник Ония перед алтарём и зажжённым семисвечником молит о помощи, узнав о грозящей опасности. Позади него правоверные иудеи обсуждают страшную весть.

Молитва услышана, и справа показано изгнание Илиодора, а слева — волнение толпы, возмущённой осквернением храма. Справа акцент делается на жёлтый и синий цвета. Их холодноватая гамма уравновешивается слева преобладанием красного и белого. Из глубины по диагонали вылетают два небесных посланца с розгами в руках, преследующие вора. Если бы первый из них коснулся пола хотя бы носком ноги, исчез бы эффект парения в воздухе, а сцена утратила бы ощущение стремительности полёта. Накануне вышла небольшая размолвка. Джулио Романо, которому было поручено написать каменные ступени, решил подправить мастера и ради правдоподобия заставил первого посланца коснуться пола. Увидев на следующий день его работу, Рафаэль обомлел:

— Что ты натворил?

— Я всего лишь подправил, иначе бы он упал, — стал оправдываться ученик.

— Неужели ты не видишь, что исчез эффект полёта?

Пришлось самому восстанавливать написанное, проявив высочайшее мастерство. Первым догоняет осквернителя храма грозный небесный воин верхом на вздыбленном белом коне, чьи передние копыта почти настигают Илиодора. Всадник готов уже поразить булавой врага, но тот падает, выронив украденный сосуд с золотыми монетами, собранными на пожертвования для вдов и сирот народа израильского. Чтобы движению всадника по диагонали вперёд придать больше стремительности, художник показывает, как слева два парня торопятся подняться повыше, цепляясь за колонну, чтобы сверху увидеть наказание поверженного Илиодора и его сообщников, выходящих из правого нефа с награбленным. Итак, стремительному движению книзу соответствует не менее стремительный рывок вверх. Здесь налицо отражение закона механики — действие равно противодействию, хотя вряд ли о нём слышал художник, для которого было важно уравновесить композицию и чётко расставить все акценты.

Рафаэль показывает на фреске не только суд Божий, но и земной, изобразив в профиль главную политическую фигуру и грозного судью папу Юлия II сидящим в кресле на паланкине, который несут носильщики, среди коих узнаваем друг Рафаэля известный гравер Маркантонио Раймонди. Высказывается мнение, что в образе одного из носильщиков папского паланкина запечатлён Альбрехт Дюрер с копной вьющихся волос, но с ним Рафаэль встретился позже, когда работал в третьем зале Ватиканского дворца. Себя Рафаэль написал сбоку. Следует признать, что эта написанная по прямому указанию папы статичная сцена несколько проигрывает в сравнении со стоящей перед ней колоритной группой возмущённых женщин с детьми, которые негодуют и осуждают грабителей.

Таким образом, библейский сюжет обрёл на фреске современное звучание, отразив войну Юлия II против французского короля Людовика XII под боевым кличем «Варвары, вон из Италии!». Однако война обрела затяжной характер и шла с переменным успехом. Вот отчего динамичное действие на фреске со стремительной погоней на лошади и полётом юных посланцев свыше выглядит как незаконченное событие, чьё завершение подразумевается за пределами самой картины, чем нарушаются композиционное равновесие и ритм, что столь несвойственно классическому стилю. У Рафаэля здесь, как и на фреске «Парнас», проявились первые признаки барокко.

Изображённый на фреске гравёр Раймонди сыграл немаловажную роль в жизни Рафаэля. Ученик, как и Тимотео Вити, болонского мастера Франчи, он предпочёл живописи искусство графики, благодаря чему до нас дошли многие утраченные работы Рафаэля, равно как и памятники Античности. Так, на одной гравюре, выполненной во время работ в ватиканских станцах, Раймонди изобразил друга сидящим на ступеньке во время короткой передышки в широком плаще со складками и неизменном берете. Автору удалось на гравюре раскрыть внутреннее состояние задумавшегося Рафаэля в момент физической усталости. Взгляд его полон серьёзности и ответственности за порученное дело. Известно, что Рафаэль иногда передавал Раймонди свои оригинальные рисунки для их графического воспроизведения, что способствовало их широкому распространению, а сами гравюры в те времена ценились не меньше, чем оригиналы, особенно работы немцев Шонгауэра и Дюрера.

В своё время Раймонди познакомился с Дюрером в Венеции и перенял настолько верно его стиль и манеру, что это привело к размолвке с немецким мастером. Но главная роль в распространении оттисков с гравюр Раймонди принадлежала новому помощнику Рафаэля по имени Баверио Кароцци из Пармы, которого все звали Бавьера. Происхождение этого прозвища неизвестно. Возможно, оно связано со словом bava— слюна, и парня за глаза звали «слюнтяем».

Рафаэль повстречал его на одной из площадей, обратив внимание на красивого белокурого юношу с протянутой за подаянием рукой. Он сунул ему в руку золотой скудо, а затем, обхватив его лицо ладонями и поворачивая влево и вправо в профиль, промолвил: