Такое сравнение для Рафаэля было высшей похвалой. Сегодня трудно судить об этой первой значительной работе Рафаэля, вызвавшей всеобщий восторг, поскольку в 1789 году сильное землетрясение, потрясшее всю Умбрию, почти полностью разрушило город и под рухнувшими перекрытиями церкви оказался расколовшийся на части деревянный алтарный образ. В том же году его обломки были куплены папой Пием VI, побывавшим на месте трагедии с пасторским визитом, но вскоре он был низложен Наполеоном и отправлен в ссылку во Францию. Собранные части расчленённого полиптиха хранились как драгоценные реликвии в ватиканских кладовых до 1849 года, а затем разошлись по разным музеям и частным владельцам.
По сохранившимся фрагментам местный живописец Костантини попытался по горячим следам воспроизвести утерянный алтарный образ. Но выполненная им работа, которую можно увидеть в картинной галерее Читта́ ди Кастелло, не в состоянии повторить Рафаэля и передать своеобразие его письма. Получилась всего лишь жалкая копия, на которой праведник с Распятием и Писанием в руках топчет поверженного крылатого Сатану.
В 1981 году был обнаружен последний недостающий фрагмент доски с головкой четвёртого ангела, попавший в Лувр на реставрацию и вызвавший в мире сенсацию, поскольку каждая картина или фрагмент, принадлежащий кисти Рафаэля, — это всегда большая редкость и удача. Наиболее яркими из сохранившихся фрагментов являются погрудное изображение ангела (Брешия, Пинакотека) и верхняя часть алтарного образа (Неаполь, музей Каподимонте). В каждом из них ощутимо влияние Перуджино, что более чем естественно, поскольку Рафаэль был знаком со многими его работами, но даже во фрагментах угадывается то новое, что семнадцатилетний художник внёс своим искусством.
Пребывание в Читта́ ди Кастелло с частыми наездами в Перуджу и другие умбрийские города оказалось для Рафаэля весьма плодотворным, о чём свидетельствуют несколько его работ в местном музее, пусть даже сильно повреждённых во время упомянутого разрушительного землетрясения. Совместно с Пьяндимелето он написал несколько хоругвей на холсте, на которые вырос спрос в разных приходах в связи с бедами, обрушившимися на Италию. Как правило, такие хоругви писались маслом по влажному холсту, чтобы краски впитались и прочнее закрепились на ткани, что требовало от исполнителя быстроты и сноровки, а Рафаэль был спор в работе.
Особенно выделяется двойная хоругвь с Распятием и сценой сотворения Евы. Несмотря на заметные раны, нанесённые страшным землетрясением и временем, изображение поражает мягким колоритом с отдельными яркими вкраплениями. Например, выделяются красный плащ Всевышнего, фиолетовая набедренная повязка на теле распятого Христа, яркие одеяния двух коленопреклонённых святых и тонко написанный весенний скалистый пейзаж с рекой. Унаследовав от отца филигранную технику, молодой художник прорисовал с почти фламандской тщательностью листву на деревьях и каждый волосок серебристой бороды Всевышнего, склонившегося над мирно спящим на земле обнажённым Адамом и незаметно извлекающего из его груди ребро.
Некоторые ранние работы свидетельствуют о том, что во время своих поездок по столь полюбившейся ему Умбрии Рафаэль посетил Борго Сансеполькро, родной городок Пьеро делла Франческа, где видел знаменитую «Мадонну Милосердия». Возможно, тогда же он написал «Бичевание» (Вашингтон, Национальная галерея) в память о славном учителе покойного отца. Когда-то одноимённая картина великого мастера произвела на него, подростка, сильное впечатление, о чём было сказано выше. Но среди специалистов нет единого мнения относительно принадлежности вашингтонской картины кисти Рафаэля.
Целиком полагаясь на деловитого Пьяндимелето, Рафаэль часто отлучался в соседнюю Перуджу, до которой было не более 50 километров по прямой равнинной дороге, а это всего лишь полдня пути. К тому же у заказчика мессира Барончи была превосходная конюшня, но молодой художник не любил одалживаться, предпочитая пользоваться более надежным и удобным средством передвижения — почтовыми перекладными. Возможно, именно в тот период, когда его имя получило известность, Рафаэль лично познакомился с Перуджино.
Вторжение чужеземных полчищ и не прекращающаяся междоусобная борьба итальянских государств никак не сказались на юноше Рафаэле. Но самые первые его шаги вызывают определённые трудности с атрибуцией и датировкой работ. Немаловажен вопрос о школе, которую прошёл начинающий художник. Здесь уместно внести некоторые принципиальные уточнения и поспорить с самим Вазари, который утверждает, что первым и единственным учителем Рафаэля был Пьетро Ваннуччи по прозвищу Перуджино (около 1445 — 1523), прошедший, как и Леонардо да Винчи, школу флорентийца Верроккьо. Это мнение Вазари прочно утвердилось в литературе и считается бесспорным, что привело к определённой путанице. Вся беда в том, что знаменитый биограф не работал с архивами, а пользовался в основном многочисленными источниками, которые ныне утрачены, или устными свидетельствами и догадками современников.
Вазари пишет, что Перуджино в те годы, когда Рафаэль делал первые шаги, находился на пике славы. Его искусство было всюду востребовано. Знаменитый мастер был вечно в разъездах, не имея ни постоянного местожительства, ни постоянной мастерской. Но сколь бы ни был велик авторитет биографа, невозможно согласиться с его категоричным утверждением, что Рафаэль попал на обучение к Перуджино мальчиком в возрасте восьми-десяти лет. В своё время в том же возрасте Перуджино покинул родной умбрийский городок Читта́ делла Пьеве и оказался в школе Верроккьо во Флоренции, где обучался бок о бок с Леонардо да Винчи. Но прежде чем к нему пришла широкая известность, он познал нужду и лишения. Вазари красочно повествует, как будущему мастеру, жившему впроголодь и ходившему чуть ли не в отрепьях, часто приходилось словно бездомному бродяге устраиваться на ночлег в телеге или в ящике на городском рынке. Лишения закалили Перуджино, сказавшись и на его грубоватом характере.
Как не бесспорно мнение Вазари, разделяемое многими исследователями, неопровержимым фактом является то, что юный Рафаэль повстречался с Перуджино, уже будучи вполне сложившимся художником с собственным видением мира и неукротимым желанием постоянно совершенствовать мастерство, не гнушаясь брать и переосмысливать всё лучшее, достигнутое к тому времени другими. Уж если говорить об «ученичестве», то уместно прежде всего вспомнить об отце Рафаэля, сыгравшем первостепенную роль в становлении сына как художника.
Настал день, когда Джованни Санти понял, что не может дать больше того, что было вложено им в подрастающего Рафаэля. Отец видел, как сын схватывает всё новое на лету и уже не довольствуется достигнутым. Набиравшему силу и страстно влюблённому в искусство подростку требовалось нечто большее. Нужен был более сильный и знающий наставник. В своей стихотворной хронике он на первое место среди известных мастеров поставил рядом Леонардо и Перуджино: pard’etade е par d’amori— равных по положению и обожанию людей. Но к Леонардо он не смог тогда обратиться, так как тот работал в Милане при дворе Лодовико Моро. Поэтому Санти решил пристроить Рафаэля к другу Перуджино, с которым, видимо, последний раз встретился и поговорил о сыне во время своей злополучной поездки в Мантую летом 1494 года. Выбор Санти был более чем закономерен. Слава друга была очень велика, и из его мастерской вышло немало даровитых художников. У самого Санти учеников как таковых не было, ибо всё его внимание было безраздельно посвящено сыну. Судьба Джованни Санти в какой-то мере напоминает судьбу Леопольда Моцарта, угадавшего в сыне гения.
Перуджино успел поработать в Риме, где его выделил папа Сикст IV, поручив ему руководство группой флорентийских и умбрийских художников, расписывавших фресками стены построенной им Сикстинской капеллы. Среди них были Боттичелли, Гирландайо, Пинтуриккьо, Росселли, Синьорелли и другие мастера. Бесспорным шедевром Перуджино является фреска «Вручение ключей». На ней изображена широкая городская площадь, заполненная множеством людей, с возвышающимся храмом Соломона, а по бокам триумфальные римские арки Тита и Константина. На переднем плане Христос вручает ключи коленопреклонённому Петру. Картина залита ярким светом, обволакивающим фигуры главных персонажей, и среди них узнаваем сам Перуджино. Глядя на его волевое лицо, становится понятно, почему Сикст IV остановил свой выбор именно на нём, а не на задумчивом поэтичном Боттичелли или на грубоватом увальне Гирландайо. Склонность Перуджино к диктату и навязыванию своей воли с годами стала проявляться сильнее, а работа в Сикстинской капелле принесла ему громкую славу.