17 сентября Емельян Пугачёв, он же «Пётр III», обнародовал манифест, в котором пожаловал казаков, татар и калмыков, служивших в Яицком войске, старинными казачьими вольностями. Так на Яике началось новое восстание, которое в скором времени разрослось в настоящую крестьянскую войну, потрясшую Российскую империю.

Первоначально пугачёвский отряд состоял из 80 казаков, участников Яицкого восстания 1772 года. Восставшие дважды подступали к Яицкому городку (Уральску), но штурмовать его не решились из-за отсутствия пушек. Отсюда Пугачёв двинулся к Оренбургу, центру одноимённой губернии. Под его знамёна со всех сторон стали стекаться самые разные люди: казаки и беглые солдаты, казахи и татары, калмыки и работные люди уральских заводов…

По пути брались небольшие крепостицы Оренбургской укреплённой линии с их небольшими гарнизонами. Часть из них сдавалась без боя. Это хорошо описано в пушкинской «Капитанской дочке». Когда в первых числах октября Пугачёв подступил к Оренбургу, в его войске насчитывалось уже около 2,5 тысяч человек с двадцатью пушками.

Взять город восставшие не смогли, и они начали его блокаду. Из Бердской слободы, которая стала пугачёвской ставкой, самозванец стал рассылать петиции к народу, призывая простой люд присоединяться к нему, провозглашая свободу от крепостничества.

Чтобы в корне подавить «бунт», императрица Екатерина II направила карательный отряд под командованием генерал-майора В. А. Кара (около 3,5 тысяч человек с десятью орудиями), но отряды восставших во главе с А. А. Овчинниковым и И. Н. Зарубиным (Чикой) разбили его. Правительственные войска потерпели ещё ряд поражений.

К концу 1773 года под знамёнами Емельяна Пугачёва воевало уже около 25 тысяч человек при 86 пушках. Ядро его армии составляли казаки, прежде всего яицкие. На сторону восставших встали ставропольские калмыки. Однако основная масса пугачёвцев состояла из плохо вооружённых, необученных военному делу и неорганизованных крестьянских отрядов.

В декабре 1773 года Екатерина II отправила новые карательные силы — корпус генерал-аншефа А. И. Бибикова (около 6,5 тысяч человек при тридцати орудиях). Действуя решительно и наступательно, он нанёс поражение пугачёвцам под Самарой, Бузулуком и Кунгуром.

Генеральное сражение состоялось 22 марта 1774 года под Татищевой крепостью, в котором были разгромлены главные силы армии Емельяна Пугачёва: он потерял около двух тысяч человек убитыми, около четырёх тысяч ранеными и пленными, всю артиллерию.

Пугачёв снял осаду Оренбурга. Другой правительственный отряд подполковника И. И. Михельсона разбил «вторую армию» повстанцев Зарубина (Чики). Пугачёвцы отступили к Сакмарскому городку, под которым состоялось новое сражение. Поражение было полным, «царь Пётр III» потерял здесь многих своих ближайших, верных помощников, прежде всего из числа казаков.

…С отрядом всего в 500 человек Е. И. Пугачёв уходит с берегов Яика в горнозаводские районы Южного Урала. Весной 1774 года его армия, пополнившись башкирами и заводскими рабочими, насчитывала в своих рядах пять тысяч человек. Пугачёвцы захватывают крепости Магнитная (ныне город Магнитогорск), Карагайская, Петропавловская, Степная и Троицкая, но вскоре терпят новое поражение.

Пугачёвцев поддержали работные люди 64 уральских горных заводов. Армия восставших получила из них не только пополнение людьми (6200 человек), но ещё и около 120 пушек, свыше 340 ружей, почти 170 тысяч рублей деньгами, продовольствие и фураж.

Однако часть горнозаводских рабочих с оружием в руках защищала… свои заводы от пугачёвцев. Этот ранее неизвестный факт сегодня стал достоянием отечественной истории.

Повстанцы вскоре доводят свою численность до двадцати тысяч человек и начинают движение на берега Волги, на Казань 12 июля город был взят яростным штурмом, но гарнизон укрылся в местном каменном кремле. 15 июля под Казанью состоялось большое сражение, в котором восставшие вновь оказались разбитыми. На Арском поле корпус правительственных войск И. И. Михельсона праздновал полную победу. Его противник потерял около двух тысяч человек убитыми и пять тысяч пленными.

…Спасаясь от преследования, Емельян Пугачёв с небольшим отрядом у Кокшайска переправляется на правый берег Волги. На Волжском Правобережье начался последний всплеск Крестьянской войны. В армию восставших влились татары, чуваши, мордва. Пугачёв, покинув районы наибольшего размаха восстания, пошёл на Дон в надежде поднять местное казачество. Он намеревался после этого идти на Москву.

Императрица Екатерина Великая отправила на подавление новые воинские силы — до двадцати пехотных и кавалерийских полков, казачьи части и корпуса дворянского ополчения под общим командованием опытного генерал-аншефа П. И. Панина. Война с Турцией закончилась подписанием мира, и у Санкт-Петербурга оказались высвобождены значительные армейские силы. Отряды повстанцев, неорганизованные и плохо вооружённые, стали повсеместно терпеть поражения.

Емельяну Пугачёву так и не удалось пробиться на Дон. В 75-ти километрах южнее Царицына произошло последнее крупное сражение Крестьянской войны. Лишившись из-за измены яицких казачьих старшин всей артиллерии уже в начале столкновения, повстанцы потерпели разгромное поражение под Чёрным Яром от войск И. И. Михельсона.

Самому Емельяну Пугачёву удалось бежать на левый берег Волги с отрядом всего из 164-х казаков. В Заволжье он был схвачен казачьими старшинами и передан правительственным властям.

Пугачёв был доставлен в Москву, где 10 января 1775 года был казнён на Болотной площади. Тысячи участников восстания были казнены, наказаны плетьми или сосланы в Сибирь.

Екатерина II приказала наказать и мятежное Яицкое казачье войско, которое было переименовано в Уральское. Река Яик стала Уралом. Станица Зимовейская — Потёмкинской. Волжское казачество в своём большинстве переселили на Терек…

Родился в семье сотника Черниговского казачьего полка. Отец сделал всё, чтобы дать сыну хорошую подготовку, которая позволила бы тому получить университетское образование за границей. С детства Афанасий Шафонский отличался любознательностью и тягой к знаниям.

Он оказался среди тех российских юношей, которые посылались для обучения за границу. Обучение продолжалось с 1756 по 1763 год. За эти восемь лет он получил три докторских диплома. В Галле — доктора права, в Лейдене — доктора философии, в Страсбурге — доктора медицины. Врачебное дело в конечном итоге стало для него главной профессией в жизни.

Вернувшись в Отечество, он пробовал себя на многих поприщах: был экономистом, этнографом, врачом… С 1769 года А. Ф. Шафонский становится старшим доктором Московского генерального госпиталя.

Афанасий Филимонович стремился проникнуть в тайны происхождения, развития эпидемий и разработать методы борьбы с ними. В скором времени он стал, благодаря своей неутомимости в исследовательских трудах, одним из основоположников российской эпидемиологии, признанным в Европе специалистом в этой области.

Для той эпохи его исследования в области эпидемиологии имели неоценимое значение. Шафонский первым обнаружил чуму в Москве и стал настаивать на немедленных карантинных мероприятиях с «моровой язвой», которая в средневековой Европе опустошала не только обширные области, но и целые государства.

Однако московские власти не желали прислушиваться к голосу разума, считая открытия старшего доктора Московского генерального госпиталя несостоятельными. Все высказываемые им предупреждения должного понимания не находили. Современник писал:

«Голос Шафонского — это был первый голос, предостерегающий Москву от грозящей опасности, и если бы лень и упрямство… не заглушали этого голоса, Москва, без сомнения, была бы спасена».

К концу февраля 1771 года выяснилось, что эпидемия в городском госпитале, унёсшая 22 человеческих жизни, отступила. Чумной карантин вокруг Москвы был снят. А само здание Московского генерального госпиталя, как хранилище заразы, по высочайшему указу императрицы Екатерины II было сожжено.