Несомненно, Александру следовало бы прислушаться к совету друга, потому что уже через несколько дней гипасписты совершили еще одно массовое злодеяние. Случилось так, что один из командиров армии Александра женился на дочери знатного согдийского вельможи Спитамена. К негодованию соплеменников юной жены, ее муж продолжал гомосексуальную связь со своим слугой. Эллины не считали подобные отношения чем-то предосудительным, однако для согдийцев подобное рассматривалось как серьезное оскорбление. Согласно их обычаям, не было большой проблемы в том, что мужчина до свадьбы встречался с другими женщинами, но македонянин предпочел продолжать гомосексуальную связь, которая, по мнению местных жителей, означала, что девушка оказалась плохой женой. Даже невзирая на ее высокое положение, ей грозило презрение всего местного общества. Словом, согдийцы схватили македонянина, оскорбившего девушку, и без долгих разговоров повесили. Александр, узнав об этом, в свою очередь, приказал найти участников самосуда и тоже казнить их. Как представляется, на этом дело могло бы и закончиться, если бы не поведение гипаспистов. Гвардейцы устроили массовую резню, перебив ни в чем не повинных людей. В итоге вспыхнуло полномасштабное восстание в Согдиане, возглавил которое сам Спитамен. Теперь, если бы даже самому Александру и захотелось ослабить влияние гипаспистов — время ушло. Их услуги требовались царю как никогда раньше. Этот новый конфликт с местным населением, которого, кстати, можно было с легкостью избежать, оказался на руку Селевку. Ясно же, что, если бы война закончилась, надобность в элитных войсках могла исчезнуть, а варварские преступления, совершенные гипаспистами, послужили к его пользе. Отсюда поневоле напрашивается предположение, уж не сам ли Селевк их спровоцировал для того, чтобы добиться собственных целей?
И вновь Александру пришлось столкнуться с новым и абсолютно незнакомым видом военных действий. В первые месяцы войны в Согдиане его войскам пришлось сражаться в песчаных полупустынях, где было совершенно бесполезно использовать фалангу, поскольку противник мог с легкостью обойти ее с флангов. Прикрыть же ее кавалерией не представлялось возможным, так как Спитамен располагал исключительными по своим качествам конными лучниками, в данной местности наголову превосходившими македонскую конницу. Александр оказался лицом к лицу с перспективой потерпеть первое военное поражение с тех пор, как он покинул пределы Европы. К концу года ему удалось захватить несколько согдийских крепостей, но на зимние квартиры пришлось оттянуть все войска назад в Бактру, причем греческий арьергард численностью около трех тысяч человек был практически полностью уничтожен.
К концу 329 г. до н. э. армия Александра к северу от Гиндукуша насчитывала почти 25 000 воинов. Она пока еще превосходила восставших количественно и качественно, но Спитамен предпочитал тактику внезапных беспокоящих нападений, более характерную для партизанских действий, к тому же численность его сторонников постоянно росла за счет персов, присоединявшихся к нему после первых известий об отступлении Александра. В этих условиях Клит настоятельно советовал царю вывести войска еще дальше и забыть о Согдиане, поскольку эта небольшая слабо развитая страна не имела никакого стратегического либо экономического значения. Если недовольным из числа персов и других народов хочется там укрываться, то следует оставить их там в покое. Границу по Оксу можно будет легко контролировать, а согдийская армия никогда не сможет переправиться через эту пограничную реку. Однако для Александра Великого в данном случае на карту была поставлена вся его репутация непобедимого полководца. Если ему не удастся справиться с такой крохотной и отсталой провинцией, как Согдиана, тогда и его противники на всех остальных территориях обширной империи могут попытаться выступить открыто.
Александр немедленно приказал набрать в Европе и Малой Азии 10 000 пополнения из числа греков, которых вскоре и привел к нему Неарх. Последний до недавнего времени командовал македонским флотом, однако сейчас Александр не нуждался во флоте. Собираясь во что бы то ни стало покончить с восставшими, царь затеял серьезную реорганизацию армии. Он понимал, что на этом театре военных действий наибольшее значение приобретает конница, поэтому две трети своей пехоты оставил в Бактрии под командованием Неарха для поддержания там порядка, а остальную пехоту передал в подчинение Коену, которому приказал выдвинуться на равнины Согдианы и устроить там систему укрепленных лагерей. Сам же Александр во главе конницы решил направиться в Согдийские горы, чтобы уничтожить укрепленные базы восставших. При этом поддержку коннице оказывали пехотные подразделения, специально приспособленные для действий в горах, которыми командовал Селевк.
Новая тактика принесла успех, и примерно через год таких боев движение сопротивления в Согдиане пошло на убыль. При этом сама кампания была крайне жестокой и кровопролитной. Гипасписты македонского царя беспощадно уничтожали горные деревушки, справедливо считая, что все они могут служить пристанищем для восставших. Теперь уже никогда не удастся установить с точностью, сколько именно невинных женщин, детей, стариков было уничтожено и сколько деревень было сожжено дотла, но известно, что к концу 328 г. до н. э. восстание в Согдиане было подавлено. В декабре погиб и предводитель восстания Спитамен, а его голову доставили Александру.
После успешного подавления восстания в Согдиане слухи о зверствах гипаспистов разлетелись по всем окраинам империи Александра Македонского. Было время, когда их бесчинства ужасали даже самого Александра, но эти дни давно и безвозвратно миновали. Прежде он мог проявлять жестокость, когда, по его мнению, того требовали обстоятельства, но в целом старался придерживаться того, что мы бы назвали «кодексом воинской чести». Однако, похоже, после войны в Согдиане Александр сам превратился в настоящего мясника. Во всяком случае известно, что он хладнокровно убил одного из своих ближайших друзей только потому, что тот осмелился перечить ему. Незадолго до того как Александру принесли голову убитого Спитамена, командовавший конницей Клит снова позволил себе выступить с критикой в адрес царя, причем сделал это во время пира в честь победы над согдийцами. Как сообщает Юстин, Клит в состоянии изрядного подпития начал обвинять Александра в том, что тот позорит память своего отца Филиппа, который никогда не позволил бы себе вести войну столь варварскими методами.
Клит — один из самых старших военачальников среди гостей, — будучи уверен в своей дружбе с царем, который всегда ее ценил, стал защищать память Филиппа и осудил действия его сына. Этим он привел Александра в такой гнев, что тот выхватил оружие у одного из стражей и ударил друга прямо на глазах всех гостей. Нисколько не расстроившись из-за убийства, он насмехался над убитым, за то что тот защищал Филиппа и порицал его способы ведения войны.
Плутарх описывает то же самое происшествие, лишь добавляя, что оружие, которым был убит Клит, оказалось копьем.
На тот момент все уже знали, насколько опасно подвергать сомнению действия царя, но мало кто ожидал, что тот решится убить одного из своих лучших полководцев, да к тому же еще одного из ближайших друзей с юных лет. Но Александр совершил это, и всего лишь из-за того, что Клит открыто высказал свое мнение. Филоту и его родных казнили по приказу царя, но там была хотя бы видимость заговора. А Клита Александр убил всего лишь из-за вспышки гнева и сделал это на глазах у всего двора! Отныне стало ясно, что воинская справедливость, если таковая вообще существует, больше не имела отношения к Александру. Он поставил себя над законом. Можно сделать вывод, что со смертью Клита в среде высших военачальников македонской армии умолк последний голос разума. Среди них остались только те, кто обладал лишь холодным рассудком и циничным пренебрежением к людским жизням. И самым ярким представителем этой новой плеяды македонян оказался Селевк.