Но обстановка в стране тогда была неопределенная. Давление дворян уравновешивалось давлением Думы и крестьянства. В конце августа 1906 г . Столыпин провел мероприятия по передаче Крестьянскому банку части государственных и удельных земель для продажи крестьянам. Тем самым он приступил к исполнению своего давнего замысла. По существу, выражаясь современным языком, речь шла о приватизации части государственных земель.
Гурко возражал против этих мероприятий. Он считал, что они оживят надежды крестьян на переход в дальнейшем помещичьей земли в их руки. К тому же Гурко подозревал Столыпина в намерении помочь крестьянам в этом деле. Такое мнение разделяли и другие помещики. В действительности Столыпин не допускал и мысли о полной ликвидации помещичьего землевладения. Иное дело — частичное его ограничение. Так, он говорил, что не в крупном землевладении сила России. Большие имения отжили свой век. Их, как бездоходные, сами владельцы начали продавать Крестьянскому банку. Опора России не в них, а в царе.
В обстановке 1906 г . никто из министров не решился бы явиться к царю с предложением сделать отрезки от помещичьих латифундий. Столыпин, как видно, считал, что в таком предложении нет надобности, ибо частичное отчуждение помещичьих земель уже идет. Многие помещики, напуганные революцией, продают имения. Важно, чтобы Крестьянский банк покупал эти земли, разбивал на участки и продавал крестьянам. На банковских землях стали появляться крепкие фермерские хозяйства. До 1911 г . объем продаж ежегодно возрастал, а затем начал снижаться. Это объяснялось тем, что у помещиков прошел вызванный революцией испуг и они сократили продажу своих земель. Всего за 1907—1915 гг. из фонда банка было реализовано 3909 тыс. дес., разделенных примерно на 280 тыс. отдельных участков. Деятельность Крестьянского банка заняла хотя и видное, но все же второстепенное место в аграрной политике правительства. Однако именно это направление было наиболее близко Столыпину.
Главной в аграрной реформе стала реализация проекта Гурко, который лег в основу указа 9 ноября 1906 г . Гурко вскоре ушел в отставку, но Столыпин постепенно проникся его проектом и усвоил его основные идеи. «Надо вбить клин в общину», — говорил он. Указ 9 ноября 1906 г . был одобрен III Думой и Государственным советом, 14 июня 1910 г . его подписал царь. Закон 14 июня 1910 г . заменил указ 9 ноября 1906г.
Пока шла революция, крестьяне почти не выходили из общины. Ходил слух, что тем, кто выйдет, не будет прирезки земли от помещиков. Но затем укрепление общинных земель пошло быстрее, тем более что власти всячески к этому подталкивали. В 1908 г . по сравнению с 1907 г . число укрепившихся домохозяев увеличилось в 10 раз и превысило полмиллиона. В 1909 г . был достигнут рекордный показатель — 579,4 тыс. домохозяев.
Однако с 1910 г . число выходов из общины стало неуклонно снижаться. Власти долго не могли понять причины этого явления. А поняв, не хотели их признать. Дело в том, что основная часть крестьян, в том числе зажиточных, неохотно выходила из общины. Выходили больше всего вдовы, одинокие старики, спившиеся и окончательно разорившиеся домохозяева, многим из них при очередном переделе грозила полная или частичная утрата надела. Укреплялись и городские жители, вспомнившие, что в родной деревне у них есть заброшенный надел, который теперь можно продать. Выходили из общины и те, кто переселялся в Сибирь. Но и численность переселяющихся с 1910 г . пошла на убыль.
Всего к 1 января 1916 г . из общины в чересполосное укрепление вышло около 2 млн. домохозяев (примерно 21% общинного крестьянства в тех губерниях, где проводилась реформа). Правда, многие из них были лишь статистическими единицами, а не реальными хозяевами. Всем им принадлежало 14, 1 млн. дес. земли (15,5% всей площади, владевшейся на общинном праве).
Огромное количество укрепленной земли шло в продажу. Покупателем иногда являлось сельское общество, и тогда земля возвращалась в мирской котел. Чаще же укрепленные участки покупали отдельные крестьяне-общинники, богатые и средние. Иногда и бедняки покупали по одной-две полосы. Нередко в руках одного и того же хозяина оказывались и укрепленные и общественные земли. Не выходя из общины, он в то же время имел и укрепленные участки. Земельные отношения в деревне еще больше запутывались.
Стремясь привлечь на свою сторону крепких домохозяев, тяготившихся общинными порядками, правительство разработало законопроект «О землеустройстве». 29 мая 1911 г . он стал законом. Отныне во главу угла всей реформы было поставлено не чересполосное укрепление, а образование хуторов и отрубов. Предполагалось, что их владельцы станут массовой опорой режима. По просьбе домохозяина его разрозненные земельные полосы могли быть соединены в одно место. Так получался отруб. Если к отрубу присоединялась площадь деревенской усадьбы и на него переносилось жилье, он превращался в хутор. Потребовался большой объем землеустроительных работ. Реформа постепенно стала переходить из рук Министерства внутренних дел в руки Главного управления землеустройства и земледелия.
Землеустроительное ведомство пошло по линии наименьшего сопротивления. Оно предпочитало не заниматься выделами отдельных домохозяев, а разбивать на отруба или хутора надел целого сельского общества. Согласие на такой раздел нередко достигалось путем грубого давления. Началась массовая фабрикация хуторов и отрубов. В общем потоке землеустраивалась и беднота с ее крошечными наделами. Около половины хуторов и отрубов, созданных на втором этапе реформы, было нежизнеспособно.
Со смешанным чувством относился Столыпин к такому развитию. С одной стороны, он понимал, что только полное расселение на хутора окончательно ликвидирует общину. Крестьянам, рассредоточенным по хуторам, труднее бунтовать. С другой стороны, он видел, что вместо крепких, устойчивых хозяйств землеустроители фабрикуют массу мелких и слабых. Такие хозяйства не могли стать опорой режима. Однако Столыпину так и не удалось развернуть громоздкую машину землеустроительного ведомства, чтобы она действовала не так, как ей удобно, а как лучше для дела.
Всего за годы реформы в европейской части России было создано около 200 тыс. хуторов и 1,3 млн. отрубов на надельных землях. На хутора и отруба перешло приблизительно 10% крестьянских хозяйств.
Действия землеустроителей нередко наталкивались на сопротивление крестьян. Иногда дело принимало трагический оборот. В мае 1910г. полицейские стражники расстреляли сход в селе Болотове Лебедянского уезда Тамбовской губернии. Конфликт произошел из-за слишком явного покровительства отрубщикам со стороны властей в ущерб остальным крестьянам.
Мужики сопротивлялись переходу на хутора и отруба не по темноте своей и невежеству, как считали власти, а исходя из здравых соображений. Крестьянское земледелие очень зависело от капризов погоды. Получив надел в одном отрубе, крестьянин оказывался во власти стихии. Он разорялся в первый же засушливый год, если его отруб был на высоком месте. Следующий год был дождливым, и очередь разоряться приходила соседу, оказавшемуся в низине. Только большой отруб, расположенный в разных уровнях, мог гарантировать ежегодный средний урожай.
Вообще во всей этой затее с хуторами и отрубами было много надуманного, доктринерского. Сами по себе хутора и отруба не обеспечивали подъем крестьянской агрикультуры. Необходимость повсеместного их введения, строго говоря, никем не доказана. Между тем Столыпин и его сподвижники утвердились в мысли, что хутора и отруба — единственное универсальное средство, способное поднять уровень крестьянского хозяйства на всем пространстве необъятной России.
Несмотря на все старания правительства, хутора приживались только в белорусских, литовских и северо-западных российских губерниях (Псковской, Смоленской). Здесь сказывалось влияние Прибалтики и Польши. Местный ландшафт, изменчивый, изрезанный речками и ручьями, тоже способствовал расселению по хуторам.
В южных и юго-восточных губерниях широкому распространению хуторов препятствовали трудности с водой. Но здесь (на Северном Кавказе, в Степном Заволжье и Северном Причерноморье) довольно успешно развивалось насаждение отрубов. Плодородная степь, ровная, как стол, словно самой природой была создана для отрубного хозяйства.