К этому времени кабинет С.Ю. Витте пал и премьером был назначен известный царедворец И.Л. Горемыкин, убедивший царя пригласить на пост министра внутренних дел бывшего Гродненского, а затем Саратовского губернатора П.А. Столыпина. Новому правительству досталось тяжелое наследство. Кабинет С.Ю. Витте, находясь у власти шесть месяцев, не подготовил к открытию Думы законопроектов, которые должны были бы стать предметом рассмотрения народного правительства, считая, что Дума сама должна заняться законотворчеством. И она занялась. Буквально с первых часов своды Таврического дворца стали оглашать призывы и декларации крайне радикального характера: объявить всеобщую амнистию, создать ответственное правительство, ввести всеобщее избирательное право, наделить крестьян землей и т.д. Либеральные газеты, ежедневно публикуя подробные и сочувственные материалы о работе законодательного органа, единодушно назвали его «Думой народного гнева».
Депутаты хотели всего и сразу, и это их желание делало Думу больше похожей на антиправительственный митинг, чем на работу серьезного и ответственного государственного органа. Большинство депутатского корпуса не было заинтересовано в конструктивной работе. Разгоряченные баталиями революционных битв, многие смотрели на думскую трибуну как на новый инструмент социальной борьбы, позволявший делать бесплатную рекламу и конкретным лицам, и определенным политическим течениям. Все это происходило в атмосфере непрекращающегося террора революционеров. По неполным данным, в январе 1906 г . было совершено 80 убийств, в феврале — 64, в марте — 50, в апреле — 56, в мае — 122, в июне — 27. Сотни людей стали жертвами беспощадных «борцов за свободу», и ни один из этих актов не был осужден не только левыми, но и кадетами.
Первое время исполнительные государственные структуры находились в состоянии растерянности. Конечно, зная состав участников думской ассамблеи, правительство не питало особых иллюзий. Однако столь резкий антиправительственный тон думского собрания, беспощадные и оскорбительные выпады по адресу отдельных лиц и государственных учреждений, принятые большинством депутатов, оказались неожиданными. Но правительство не оставляло надежд на сотрудничество и выказывало Думе явные знаки внимания. Перед депутатами выступали глава кабинета, министры. Согласно закону, Дума была наделена правом делать запросы высшим инстанциям о неправомочных действиях лиц и учреждений. Это стало любимым занятием большинства. Достаточно было столичной газете написать о «произволе» властей, привести какие-то «факты» (в большинстве своем сфабрикованные бойкими «мастерами пера»), как тут же следовал запрос, и перед негодующей толпой народных избранников представало высшее должностное лицо. И начиналось своего рода судилище.
Для высших сановников это часто было настоящим потрясением. Но находились и такие, кто смело «шел в бой», спокойно и аргументированно отвечал на выпады и этим поддерживал престиж власти. Первое место в этом ряду занимал новый министр внутренних дел, которому неоднократно пришлось пройти «думское чистилище». Он не оправдывался (как делали многие другие), а излагал факты и свои взгляды по различным вопросам. Выступая 8 июня 1906 г ., П.А. Столыпин говорил с думской трибуны: «Власть не может считаться целью. Власть — это средство для охранения жизни, спокойствия и порядка; поэтому, осуждая всемерно произвол и самовластье, нельзя не считать опасным безволие правительства. Не нужно забывать, что бездействие власти ведет к анархии, что правительство не есть аппарат бессилия и искательства. Правительство — аппарат власти, опирающейся на законы, отсюда ясно, что министр должен будет требовать от чинов министерства не только осмотрительности, осторожности и справедливости, но и твердого исполнения своего долга и закона».
Первая Дума просуществовала чуть больше двух месяцев и основную часть времени уделила обсуждению самого жгучего вопроса социальной жизни — аграрного. Центром обсуждения стало два проекта. Первый внесли кадеты. Он предусматривал дополнительное наделение крестьян землей за счет земель казенных, монастырских, удельных, а также за счет частичного отчуждения частновладельческих земель за выкуп «по справедливой (но не рыночной) оценке». Второй проект внесла фракция трудовиков. Он носил еще более радикальный характер и предусматривал отчуждение помещичьей земли, превышающей «трудовую норму», создание «народного земельного фонда» и введение уравнительного землепользования. Обсуждение этих предложений вылилось в громкое обличение общественного строя. Поднимавшиеся на трибуну ораторы негодовали и произносили эмоциональные монологи о том, что «простой труженик» почти лишен «средств пропитания», в то время как правительство защищает и охраняет интересы и привилегии помещиков.
В этих обвинениях была своя правда. Но правда была и в том, что простым перераспределением земельных наделов аграрный вопрос в России решить было нельзя. Требовалось не просто у одних отнять, а другим дать; необходимо было изменить не столько размер землевладения , сколько качество землепользования , которое отличалось допотопным обликом, чрезвычайно низкой эффективностью, позволявшей крестьянам существовать на уровне минимальной достаточности. Для коренной модернизации требовалось не отнимать землю, а создавать крепкого индивидуального землевладельца, умевшего и желавшего вести современное аграрное производство, стабильно нацеленное на рынок.
Царь был категорическим противником всех форм отчуждения собственности, не без основания считая, что потакание низменным инстинктам толпы безответственно, что какое-либо покушение на незыблемость прав собственности чревато непредсказуемыми социальными потрясениями, что любое «частичное изъятие» создаст сокрушительный прецедент. Противники громогласно обвиняли царскую власть в том, что она стоит на страже «интересов помещиков и капиталистов», но на самом деле монарх стоял на страже принципа неприкосновенности частной собственности и этому убеждению он был верен всегда.
Правительство болезненно реагировало на направление деятельности Государственной думы и 20 июня выступило с заявлением, в котором говорилось о неприкосновенности частной собственности на землю. 9 июля 1906 г . Первая Государственная дума была распущена и объявлены новые выборы. На следующий день группа кадетов и трудовиков собралась в Выборге, где опубликовала так называемое «Выборгское воззвание», в котором в знак протеста «против роспуска народного представительства» население призывалось к пассивному сопротивлению: не платить налоги, избегать рекрутской повинности, а зарубежные правительства призывались не предоставлять России займы. Эта акция никакого успеха не имела.
Выборы во Вторую Государственную думу проходили в начале 1907 г ., и первая сессия ее открылась 20 февраля 1907 г . В общей сложности было избрано 518 депутатов: кадетов — 98, трудовиков — 104, социал-демократов — 68, эсеров — 37, беспартийных — 50, октябристов — 44. Остальные голоса получили правые (националисты), представители регионально-национальных партий, казаки и некоторые мелкие политические объединения. Состав Второй думы отразил поляризацию сил в обществе, и хотя среди депутатов значительную группу составляли правые, перевес был на стороне левых, так как кадеты часто солидаризировались с ними. Аграрный вопрос опять оказался в фокусе внимания, но теперь уже существовала правительственная программа переустройства землевладения и землепользования, ставшая объектом ожесточенных нападок. Довольно быстро власти стало ясно, что ждать конструктивной работы от новой Думы не приходится. К тому же поступали сведения, что левые, прикрываясь депутатским иммунитетом, занялись откровенной антиправительственной деятельностью и вне стен Таврического дворца. Дума отказалась лишить депутатских полномочий социал-демократическую фракцию. В ночь на 3 июня 1907 г . полиция арестовала, а затем предала суду группу думских социалистов. Через несколько часов последовало сообщение о роспуске представительства и был опубликован новый избирательный закон.