Многое в организации и намерениях второго земского ополчения противоречило порядкам и целям первого. Вот почему был выбран кружной маршрут движения: вверх по Волге до Ярославля. Все города и уезды по дороге присоединялись к ополченцам. Упредив действия казаков первого ополчения, отряды второго появились в Ярославле ранней весной уже как общероссийская сила. Несколько месяцев пребывания в этом городе окончательно оформили устройство второго ополчения. Так возник еще один политический центр в стране. Здесь не было ничего принципиально нового. Высшая власть принадлежала Совету ополчения. Но мы точно знаем, что реальные выборы в него происходили. Что депутаты съезжались в Ярославль. Известно, какие сословия были представлены: белое духовенство, служилые дворяне, приборные люди, горожане и, важная новость, — черносошные и дворцовые крестьяне. Понятно почему: в общем деле надо было объединить главных тяглецов и воинов. Добавим, что посошные от крестьян и горожан играли во время Смуты все более заметную роль.
В Ярославле были восстановлены основные приказы: сюда из-под Москвы, из провинции стекались опытные приказные, умевшие поставить дело управления на добротную основу. Руководители ополчения всерьез занялись дипломатией. Несколько месяцев совместной работы доказали взаимодополнение руководителей ополчения: опытный и удачливый воевода, человек твердых убеждений, Пожарский возложил текущее управление на Минина, обеспечившего главный нерв — финансы и снабжение.
Угроза прорыва армии во главе с литовским гетманом К. Ходкевичем к польскому гарнизону в Москве вынудила предводителей ополчения ускорить поход к столице. В свою очередь это вызвало кризис внутри первого ополчения. Заруцкий во главе нескольких тысяч казаков, захватив по дороге из Коломны Марину с сыном, направился в Рязанский край. Оставшиеся станицы и дворянские отряды под предводительством Трубецкого сначала соблюдали нейтралитет. Лишь в критические моменты сражения с отрядом Ходкевича в конце августа они приняли участие в действиях против его сил. Акция последнего в главном не удалась. Гарнизон в Кремле остался без продовольствия, припасов и резервов. Его судьба была предрешена: 27 октября два полка польского гарнизона сдались, Москва была освобождена. Попытка Сигизмунда небольшими силами переломить ход событий оказалась запоздавшей: короля остановили под Волоколамском. Узнав о сдаче гарнизона, он повернул в Польшу.
Еще в сентябре началось постепенное слияние обоих ополчений. Вслед за взятием Москвы в ней сформировались объединенный Совет (с его санкции выдавались значимые жалованные грамоты) и приказы. Требовалась перестройка военной организации и прежде всего перерегистрация казачьих отрядов. Это вызвало недовольство с их стороны. В декабре основная часть дворян разъехалась по имениям, так что в столице численно преобладали казаки. Первые грамоты с призывом избирать депутатов на Земский собор были направлены по городам вскоре после очищения столицы. Сроки работы Собора переносились не один раз. Но в первой декаде января 1613 г ., до подъезда депутатов из ряда городов, заседания Собора открылись в Успенском соборе Кремля. Предварительно были определены нормы представительства от городов и групп населения. По сравнению с Советом второго ополчения особой новизны не было. Полагалось 10 человек от города при сохранении того перечня сословий, по которому призывали в Совет ополчения, включая черносошных крестьян. Традиционные и ведущие курии Собора — Освященный собор, Дума, дворовые московские чины (включая приказных), сохранили свою роль.
Понадобилось (и не раз) специальное решение о том, что кандидатуры иностранного происхождения не будут рассматриваться, равно как и кандидатура сына Марины. Всего на январских обсуждениях фигурировало около десятка имен, представлявших цвет российской титулованной аристократии. Наиболее серьезными казались шансы князя Д.Т. Трубецкого. По утверждениям современников, он потратил огромные суммы на прямой и косвенный подкуп казачьих станиц. Тем не менее его претензии были блокированы, а расчеты на активные неформальные действия казаков оказались ложными. Когда отбор кандидата зашел в тупик, вновь возникло имя шведского королевича Карла-Филиппа (его старший брат Густав-Адольф уже правил Швецией после смерти отца). Как будто такой маневр предпринял Пожарский. Его имя также фигурировало среди претендентов, но не пользовалось большой популярностью. Не сложно понять, почему. В качестве компромисса возникли фигура 16-летнего Михаила Романова, сына митрополита Филарета (он находился в Польше в заключении). Под сильным давлением казаков кандидатура Михаила была специально обсуждена на ряде соборных совещаний и получила предварительное одобрение 7 февраля. В его пользу было родство с последней династией (царь Федор Иванович по матери, Анастасии Романовне, приходился двоюродным братом Филарету), юный возраст (что предполагало его безгрешность перед Богом и незамазанность в событиях Смуты), слабость родственного клана (после опалы 1600 г . он так и не поднялся высоко в годы Смуты), широкие связи его отца (в среде московского боярства, высшего духовенства, разных кругов тушинцев). В плюс пошло и заключение Филарета: он страдал за правое дело, отстаивая национальные интересы. Все названное по-разному учитывалось различными лицами. Но в итоге почти все сложилось в пользу Михаила, которого к тому же активно проталкивали казаки. Хотя и был взят перерыв в две недели для того, чтобы лучше разузнать приемлемость кандидатуры Михаила на местах. Специально посланные лица удостоверили согласие с этим решением. 21 февраля торжественный акт окончательно подтвердил выбор нового российского царя.
Впереди еще были уговоры матери Михаила, впереди еще был переезд из Костромы (где состоялось наречение на царство Михаила в присутствии и при участии делегации Собора) в столицу по дорогам, полным опасностей «нормальной» Смуты. Но главное уже состоялось — страна обрела законного монарха. Или, как выражались казаки, «кому мочно служити и кто будет нас жаловать».
Часто в описании Смуты на факте избрания Михаила ставят точку. Это неверно. Хотя бы уже потому, что без международного урегулирования нельзя было считать гражданскую войну законченной.
Это подтверждают и иные факты. Начнем с обычно незамечаемого. Чисто крестьянские движения и выступления скорее свойственны началу и финальному периоду Смуты, чем ее апогею. На излете противоборства Тушина и Москвы летом—осенью 1609 г . движение дворцовых крестьян на Рязани и в Подмосковье чуть не перекрыли единственный канал поступления зерна в столицу. В 1610—1611 гг. заметны факты партизанской борьбы крестьян против любых воинских станиц, склонных пополнять свои запасы за счет крестьянского добра. Функция самообороны, в том числе порой против представителей любой власти, стала одной из важнейших в заботах волостных общин черносошных крестьян. После 1614 г . эта черта ярко проявилась в большинстве уездов и волостей Севера. «Выбивали из волости» они не только непрошеных гостей типа казаков, литовских воинских людей, но и правительственных сборщиков налогов, в том числе экстраординарных (с 1613 по 1619 гг. прошло семь сборов пятой деньги — масштаб и тяжесть обложения трудно вообразить). Антиналоговые выступления в регионах, где хотя бы отчасти поддерживалось хозяйствование на пашне, были достаточно обычным делом.
Еще важнее движения и восстания казачества. В 1612— 1618 гг. только крупных выступления казаков насчитывается около десятка. Заруцкий попытался в 1612 г . на окраинах Рязанщины повторить уже привычную комбинацию антиправительственных сил из мелких дворян, приборных служилых, вольного казачества и некоторых групп крестьянства. Что важно — в его распоряжении был реальный и вполне законный претендент на российский трон (сын Марины от Лжедмитрия И). И тем не менее его затея в основном не удалась. Уже к весне 1613 г . стало ясным, что он не найдет поддержки у этих групп местного населения. Дальнейшее было агонией. После поражения под Воронежом летом 1613 г . от правительственной армии он бежит в Астрахань. Попытки создать здесь очаг казачьего движения или же отдаться под покровительство персидского шаха оказались безрезультатны. Летом 1614г. его, Марину с сыном арестовывают на Яике. Той же осенью Заруцкий и малолетний Иван были казнены в Москве, а Марина Мнишек (она пожертвовала всем, включая сына, ради честолюбивой мечты стать российской царицей) умерла в следующем году в заключении.