Если признать справедливым сказание об избрании Германа на митрополитскую кафедру и особенно о том, за что он удален из митрополичьего дома, то нельзя не подивиться, как мог Иоанн, отвергнув Германа, избрать на митрополию Филиппа, игумена Соловецкого монастыря. А это избрание действительно зависело от самого царя. Он только объявил освященному Собору и синклиту свое желание и, получив от всех совершенное согласие, приказал вызвать Филиппа в Москву будто бы для духовного совета. Чем же известен был Филипп до того времени? Он происходил из знатного рода Колычевых, родился в 1507 г., 11 февраля и назван Феодором. Отец его Стефан принадлежал к числу ближних бояр великого князя Василия Иоанновича и заседал в государевой Думе. Когда подрос Феодор, то взят был ко двору. Здесь узнал его малолетний князь Иоанн, но ненадолго. В 1537 г., когда Иоанну исполнилось только восемь лет, а Филиппу тридцать, последний тайно оставил двор и Москву и удалился в Соловецкую обитель. Там, чрез несколько времени приняв пострижение вместе с именем Филиппа, он в продолжение десяти лет проходил разные, иногда весьма тяжелые, послушания. Возведенный в сан игумена (1548), Филипп в продолжение осьмнадцатилетнего управления Соловецкою обителию совершенно обновил ее. Соорудил в ней две каменные церкви Успения Пресвятой Богородицы и Преображения Господня, завел колокола вместо бил и клепал, воздвиг для братии двух - и трехэтажные кельи и больницу. А вне монастыря умножил и улучшил соляные варницы, устроил водяные мельницы, завел скотный двор и оленей, соединил озера каналами и осушил болота, сделал просеки в лесах и проложил дороги. В сане игумена Филипп снова сделался известным Иоанну, посетив Москву (1550-1551), и заслужил его расположение. Царь пожаловал игумену грамоты на разные волости, села и другие владения, подарил ему богатые ризы, шитые жемчугом, и два покрова на раки угодников Соловецких Зосимы и Савватия, а впоследствии прислал тысячу рублей на построение Преображенского храма, два колокола, два золотых креста с драгоценными камнями и жемчугом и новые жалованные грамоты для подтверждения разных льгот обители. Может быть, Иоанн, оказав Филиппу столько знаков своего царского благоволения, рассчитывал, что Филипп охотно согласится быть в полной его воле, и, занимая митрополитскую кафедру, будет постоянно держать его сторону, и ни в чем не станет ему противоречить. Но такой расчет, если только он существовал, скоро оказался неверным.

Когда Филипп из своей отдаленной обители прибыл в Москву, Иоанн принял его с великою честию, удостоил своей царской трапезы и щедро одарил. Но как только предложил ему в присутствии всего освященного Собора и бояр митрополитскую кафедру, то Филипп сначала смиренно отказывался, ссылаясь на слабость своих сил и уподобляя себя малой ладье, неспособной носить великой тяжести, а потом, будучи "понуждаем" царем и Собором на митрополию, смело "сказал, чтобы царь и великий князь отменил опричину; а не отменит - ему, Филиппу, митрополитом быть невозможно; а если его и поставят в митрополита, он затем оставит митрополию". Царь прогневался; но по челобитью архиепископов и епископов отложил свой гнев и велел сказать Филиппу, чтобы он "в опричину и в царский домовый обиход не вступался, и на митрополию ставился, и после поставления не оставлял ее из-за того, что царь не отменил опричины, и не велел ему вступаться в царский домовый обиход, а советовал бы с царем, как прежние митрополиты советовали с отцом его и дедом". И Филипп "дал свое слово архиепископам и епископам, что он по царскому слову и по их благословлению соглашается стать на митрополию, что в опричину и в царский домовый обиход ему не вступаться, а по поставлении из-за опричины и царского домового обихода митрополии не оставлять". В таких выражениях составлен был приговор и 20 июля подписан нареченным на митрополию соловецким игуменом Филиппом и за ним двумя архиепископами и пятью епископами. Через пять дней совершилось в Успенском соборе поставление митрополита Филиппа при соучастии всех святителей Русской земли (и именно: Пимена Новгородского, Германа Казанского, Никандра Ростовского, Елевферия Суздальского, Филофея Рязанского, Симеона Смоленского, Варлаама Коломенского, Галактиона Сарского и Иоасафа Пермского), кроме двух: Полоцкого, пред тем скончавшегося, и Тверского Акакия, находившегося в тяжкой болезни. Сам Иоанн присутствовал при торжестве с своими детьми и двоюродным братом Владимиром Андреевичем.

Прошло около года, и ничто не возмущало мира между царем и митрополитом. Филипп занимался делами Церкви, стараясь, как говорит его древний биограф, подражать благому нраву благолюбивого Макария митрополита и последовать честным стопам его. Царь оказывал Филиппу благоволение и любовь. Православные радовались этому и благодарили Бога. Но в душе царь уже не любил первосвятителя, потому что подозревал в нем орудие бояр, полагая, что по их-то настроению он осмелился требовать уничтожения опричнины пред своим поставлением на митрополию. В июле 1567 г. перехвачены были письма польского короля Сигизмунда и литовского гетмана Хоткевича к главнейшим нашим боярам, которые будто бы еще прежде тайно дали согласие изменить своему государю и переселиться в Литву. Начались страшные казни; опричники неистовствовали в Москве, убивали всенародно на улицах и площадях человек по десяти и по двадцати в день; всех объял ужас. Многие со слезами прибегали к митрополиту и умоляли его заступиться за них пред государем. И добрый пастырь, утешая несчастных словами веры, не мог оставаться безответным на вопли и стоны своих духовных чад. Он помнил, что отказался от мысли просить уничтожения опричины, но что сохранил за собою право "советовать" государю и, следовательно, ходатайствовать, по крайней мере, о том, чтобы он обуздывал своих опричников, наблюдал правду и милость по отношению к своим подданным и, карая злодеев, не дозволял проливать неповинной крови. Одушевленный такими мыслями, святитель отправился к Иоанну, чтобы сначала наедине пастырски побеседовать с ним. В чем состояла эта тайная беседа, как обличал или убеждал царя митрополит - неизвестно, но последствия показали, что убеждения не принесли никакой пользы, а только, быть может, еще более утвердили Иоанна в уверенности, что митрополит держит сторону ненавистных бояр и служит их орудием.

К прискорбию, нашлись и между духовными лицами, по выражению древнего жития святого Филиппа, предатели, старавшиеся только об угождении царю. Это были Пимен, архиепископ Новгородский, Пафнутий, епископ Суздальский, Филофей, епископ Рязанский, и протоиерей Благовещенского собора Евстафий, царский духовник, которого Филипп подверг запрещению за какие-то проступки. Особенно этот последний, т. е. духовник царя, непрестанно доносил ему, тайно и явно, хульные речи на митрополита. Время шло, неистовства опричников не прекращались, царь нимало не исправлялся. И святитель, испытав недостаточность тайных вразумлений царю, решился начать (22 марта 1568 г.) открытые, всенародные обличения ему. Иоанн пришел в соборную церковь; здесь святой Филипп обратился к нему с следующею речью: "О державный царь! Ты облечен самым высоким саном от Бога и должен чтить Его более всего. Тебе дан скипетр власти земной, чтобы ты соблюдал правду в людях и царствовал над ними по закону: правда - самое драгоценное сокровище для того, кто стяжал ее. По естеству ты подобен всякому человеку, а по власти подобен Богу - как смертный, не превозносись, а как образ Божий, не увлекайся гневом. По справедливости, властелином может назваться только тот, кто сам собою обладает и не работает позорным страстям. От века не слыхано, чтобы благочестивые цари волновали свою державу, и при твоих предках не бывало того, что ты творишь, у самих язычников не случалось ничего такого…" Услышав эти обличения, царь в ярости сказал: "Что тебе, чернецу, за дело до наших царских советов? Того ли не знаешь, что меня мои же хотят поглотить?" Филипп: "Я точно чернец, но по благодати Святого Духа, по избранию священного Собора и твоему изволению я пастырь Христовой Церкви и вместе с тобою обязан иметь попечение о благочестии и мире всего православного христианства". Иоанн: "Одно тебе говорю, отче святой: молчи, а нас благослови действовать по нашему изволению". Филипп: "Благочестивый царь, наше молчание умножает грех души твоей и может причинить смерть". Иоанн: "Владыко святой, восстали на меня друзи мои и искренний мои ищут мне зла". Филипп: "Государь, тебе говорят неправду и лукавство; приближь к себе людей, желающих советовать тебе доброе, а не льстить, и прогони говорящих тебе неправду". Иоанн: "Филипп, не прекословь державе нашей, да не постигнет тебя мой гнев, или сложи свой сан". Филипп: "Не употреблял я ни просьб, ни ходатаев, ни мзды, чтобы получить этот сан; зачем лишил ты меня пустыни? Если для тебя ничего не значат каноны, делай как хочешь". Царь пошел в свои палаты в большом раздумье и в гневе на святителя.