Великий князь Василий Васильевич и митрополит Иона, кроме этого первого посольства в Царьграде, посылали еще два раза к патриарху "о церковном исправлении" игумена Кирилло-Белозерского монастыря Кассиана. И когда Кассиан возвратился из Царьграда, великий князь "почтил его, и дал ему довольная требования монастырю, и (впоследствии, уже при митрополите Феодосии) отпустил его в пострижение свое на Каменной" - знак, что князь был вполне доволен успехом своего посла. В чем же состоял этот успех? В том, что Царьградский патриарх, а с ним и прочие патриархи, принимая во внимание бедственное положение своего отечества под властию турок и трудность или даже невозможность для русских посещать Царьград по делам церковным, раз навсегда предоставили своею грамотою нашим Русским митрополитам право не ходить в Константинополь для поставления, но ставиться дома своими епископами и, кроме того, узаконили, чтобы Русский митрополит считался по чести выше всех прочих митрополитов и занимал место по Иерусалимском патриархе. Таким образом, оказывается, что как первое самостоятельное действие Русской Церкви в поставлении в митрополита Ионы без сношения с патриархом, так и последовавшая вообще затем ее самостоятельность, признанная самими патриархами, были вызваны и обусловлены "нуждою" или, иначе, историческим ходом событий и что эта самостоятельность нашей Церкви соединена была с возвышением ее на степень первой митрополии во всей Восточной православной Церкви.

Митрополит Фотий оставил после себя Русскую Церковь умиренною и объединенною. Избранный на место его Иона, епископ Рязанский, был избран и посылаем в Царьград великим князем московским не иначе как с согласия "господаря земли Литовской" и, следовательно, предназначался в митрополита не только русских, но и литовских православных епархий. Герасим Смоленский, родом москвич, носил имя митрополита и Киевского, и Московского, и всея России. Власть митрополита Исидора до осуждения его была признаваема равно в России и в Литве. Когда наконец великий князь Василий Васильевич решился на действительное поставление Ионы в митрополита, то предварительно снесся с королем и великим князем литовским Казимиром и не прежде, как получив от него согласие и грамоту, созвал епископов для осуществления своего намерения. В 1449 г. (августа 31) Казимир заключил с Василием Васильевичем договор вечного братства и любви и спустя несколько времени прислал к нашему князю своего посла по каким-то земским делам, а чрез посла прислал и митрополиту Ионе свое "жалованье и поминки" и наказывал ему, чтобы он позаботился о поддержании и укреплении братства и любви между ними, великими князьями. В своем ответном послании Казимиру Иона, называя его своим сыном, а себя - общим богомольцем обоих великих князей и посылая ему свое благословение, благодарил его за присланные поминки и жалованье, благодарил и за то, что он пребывает верным договору, заключенному с великим князем московским, и извещал, что и Василий Васильевич весьма желает сохранения этого договора и любви, а он, митрополит, по своему святительскому долгу будет иметь о том всякое попечение. Вероятно, в это самое время, если не прежде, Казимир прислал Ионе вместе с своим жалованием и свой "лист", в котором выражал желание устроить все о Церкви Божией по старине и обещал дать Ионе свой ответ, когда возвратится из Польши в Литву, куда приглашал к тому времени и самого Иону. Святитель поспешил написать о таком обещании короля киевскому князю Александру Владимировичу и просил его, как известного поборника святой Церкви и заступника всего православного христианства, чтобы и он с своей стороны посодействовал полному соединению Русской митрополии. Желание первосвятителя скоро исполнилось. В начале 1451 г. он был уже в Литве, и там король дал ему грамоту на управление литовскими епархиями, написанную в Вильне (31 января) и засвидетельствованную, кроме самого короля, Александром Владимировичем, князем киевским, также Свидригайлом, прежде бывшим князем литовским, многими другими князьями, воеводами и наместниками литовскими и даже латинским епископом Вильны Матфеем. Грамота состояла в следующем: "Всякое дело благое и всякий совершенный дар исходят свыше - от Божественного изволения. Во имя Пресвятой Животворящей и Нераздельной Троицы, желая утвердить по чести и справедливости прежде бывшее, как бывало при отце нашем, короле Владиславе, и дяде нашем, великом князе Витовте, и иных предках наших, мы, Казимир, Божиею милостию король польский и великий князь литовский, по совещанию с братом нашим, великим князем Василием Васильевичем, и с нашими князьями и панами, и с нашею радою полюбили себе отцом митрополитом Иону, прежде бывшего епископа Муромского и Рязанского, и дали ему престол митрополии Киевской и всей Руси, как бывало прежде по установлению и обычаю русского христианства. А он имеет править свою честь и свой митрополитский долг по-старому, как правили прежде бывшие митрополиты по добрым обычаям предков наших и своего христианства. Посему, князья наши, и епископы, и бояре, архимандриты и игумены, священники, диаконы, и иноки, и весь причт церковный, и весь народ христианства русского, имейте его, отца нашего Иону, за митрополита, чтите его и будьте ему послушны в делах духовных, как чтили и слушались прежде бывших митрополитов". Чрез несколько дней (9 февраля) митрополит Иона, находясь в Новогродке, поставил себе наместника для Киевской митрополии какого-то старца и протодиакона Михаила и поручил ему заведовать церковными делами в Киеве, Вильне, Гродне и во всех городах и селах, издавна входивших в состав митрополитской епархии и зависевших непосредственно от Киевской кафедры, а равно заведовать отчинами митрополии в том крае и собирать с них доходы. В то же время (в начале февраля 1451 г.) Иона написал послание к королю, который, вероятно, переехал тогда из Вильны в землю Галицкую, бывшую под властию Польши. В послании святитель благодарил и благословлял короля за кафедру митрополии Киевской, но вместе напоминал ему, что он обещался, кроме Киевской митрополии, воссоединить с Русскою Церковию по старине и митрополию Галицкую, находящуюся в другом его "господарьстве", и велел написать ему об этом, когда он там будет. Исполняя теперь волю короля, Иона просил, чтобы он исполнил до конца свое обещание и все церкви и церковные домы митрополии Галицкой причислил к Киевской кафедре. Но есть основание думать, что последняя просьба Ионы не была уважена, хотя лет через семь, еще при жизни его, как увидим, галицкие епархии вошли в состав митрополии Киевской, когда началось отделение ее от Московской. Неизвестно, обозревал ли в этот раз святой Иона литовские епархии, но только он был в Киеве, служил в Софийском соборе, молился за короля, его благоверных князей, бояр и за всех православных христиан Литовской земли. Несомненно также, что епископы литовских епархий просили его, как нового своего первосвятителя, чтобы он преподал на главы их "освящение и благословение", и он своим благословением как бы вновь утвердил их на их кафедрах. А как оказалось, что один из них, именно Владимирский Даниил, был поставлен в Царьграде отступниками от православия - митрополитом Исидором и патриархом Григорием Маммою (следовательно, прежде 1451 г.) и при поставлении своем дал исповедание веры, согласное с их волею, то епископ этот вызван был в Москву, где (28 октября 1451 г.) торжественно пред Собором святителей отрекся от Исидора и латинства, произнес православное исповедание, какое обыкновенно произносили православные епископы пред своим рукоположением, и, получив от митрополита Ионы разрешительную грамоту, возвратился в свою епархию. В последующее время святой Иона неоднократно посещал Киев и по делам литовских епархий, когда находил нужным, обращался с своим ходатайством к королю Казимиру и к литовским православным панам. Епископов Литвы, хотя они находились вдалеке и под властию иноверного государя, старался держать в надлежащем повиновении и не допускал забываться даже в вещах, по-видимому, маловажных. Однажды Полоцкий владыка Симеон в письме к первосвятителю назвал его братом, а не отцом. Иона отвечал (около 1456 г., декабря 7) этому владыке: "Мы удивились, сын мой, что ты отнесся к нашему смирению не так, как изначала относились Полоцкие епископы к прежде бывшим митрополитам, а по-новому… Не знаем, дошел ли ты до глубокой старости и беспамятства или забыл священные правила и вопреки им надмился гордостию. Но знаем, что ты искусен в Божественном Писании и ведаешь, как Бог за гордость и ангелов свергнул с неба… Ну посуди сам: пристало ли бы нам, митрополиту, писаться братом к святому патриарху? Да не будет! Но он волен, хоть и не должен, писаться так к нам, своим сынам, когда пожелает. Равно и мы можем так писать к вам, но не вы к нам, наши дети, разве только увлечетесь гордостию и будете без ума". Были, однако ж, случаи, когда власть митрополита по отношению к литовским епархиям являлась как бы ограниченною в некоторой степени. Например, по смерти того же Полоцкого владыки Симеона на место его избран был какой-то архимандрит Каллист не митрополитом Ионою с Собором епископов, по изволению великого князя, как это совершалось в России, но только самим королем при участии его русских князей, местных бояр, священников и всего православного людства. Избранный только известил потом митрополита о своем избрании и писал, что приехать к нему для поставления не находит удобства. И Иона отвечал (около 1458 г., июля 25) Каллисту, что радуется его избранию, выражал сожаление, что не мог по своей старческой немощи быть в Полоцке, когда в Литве находился король, и обещался приехать туда, если ничто не воспрепятствует, когда король снова посетит те области, и по повелению короля посвятит его, Каллиста, во епископа.