В том же году, 11 мая, в воскресенье пред Вознесением, был у нас еще Собор в крестовой палате патриарха по вопросу о перекрещивании латинян-поляков, находившемуся в тесной связи с общим вопросом о совершавшемся тогда у нас исправлении и печатании церковных книг. Известно, что по "соборному изложению" и указу патриарха Филарета Никитича у нас перекрещивали всех латинян в случае обращения их к православию и всех белорусцев, даже православных, но крещенных через обливание и что эти уложение и указ внесены были при патриархе Иоасафе в печатные Требники; теперь, когда в числе други" книг приступали к пересмотру и Требника, необходимо было решить, оставить ли в нем эти статьи и при новом его издании или опустить. С другой стороны, тогда только что присоединилась к Московской державе Малороссия и присоединялась Белоруссия, где все жители, даже православные, крещены были чрез обливание; тогда приводили в Москву множество пленных поляков, из которых иные изъявляли желание принять православие, и постоянно возникал вопрос, как же смотреть на всех этих обливанцев, справедливо ли крестить их вновь. Потому-то еще на Московском Соборе 1655 г. занимались этим вопросом, и хотя отцы Собора и сам Никон согласились тогда с мнением патриарха Макария, что поляков перекрещивать не должно, но на деле не исполняли своего решения. Признано было нужным заняться вновь обсуждением этого предмета. На новый Собор приглашены были все русские архиереи; в числе других прибыл и митрополит Казанский. Антиохийский патриарх Макарий и теперь настаивал, что латинян не следует крестить вторично при обращении их в православие, и имел жаркий спор с русскими иерархами. Он старался убедить их ссылкою на их собственные книги закона и, кроме того, в подтверждение своей мысли представил выписку из какой-то древней греческой книги, принесенной с Афона, представлявшую подробное изложение предмета, и тем заставил русских архиереев невольно подчиниться истине. Выписка эта, скрепленная подписью патриарха Макария, была подана государю, переведена на русский язык, напечатана и роздана по рукам, а государь издал указ, которым запрещалось крещение поляков и других последователей той же веры. Не довольствуясь всем этим, Макарий, вскоре уехавший из Москвы, прислал еще письмо к Никону о том же предмете из Терговищ (от 25 декабря 1656 г.). Он писал, что как только достиг Угровлахии, то и там всячески старался найти что-либо для решения занимавшего его вопроса, и что Угровлахийский митрополит Стефан указал ему, Макарию, какой-то древний греческий и славянский Номоканон, совершенно разъяснивший ему истину. Кальвинистов и лютеран должно перекрещивать, потому что они истинные еретики, священства не имеют и не признают за таинство, евангельское предание отвергают и крещение их неправильно и несвященно. А латинян не должно перекрещивать: они имеют священство и принимают все седмь таинств и все седмь Вселенских Соборов, поклоняются святым мощам и иконам и все они крещены правильно во имя Отца и Сына и Святого Духа с призыванием Святой Троицы. Перекрещивать их значило бы впадать в ересь второкрещенцев и противоречить Символу веры, где сказано: "Исповедую едино крещение". Мы признаем их священство и никогда не хиротонисаем вновь латинских священников при обращении их в православие, также должны признавать их крещение. Они только схизматики, а схизма не творит человека неверным и некрещеным, а творит только отлученным от Церкви. Сам Марк Ефесский, сопротивник латинян, никогда не требовал перекрещивания их и признавал крещение их правильным и пр.

Между тем после издания первой новоисправленной книги Служебника продолжалось исправление и печатание и других церковных книг. В марте 1656 г. вышла из типографии Триодь постная, и в послесловии книги справщики свидетельствовали, что исправляли ее по благословению патриарха Никона и всего освященного Собора "с греческих, и харатейных славенских, и сербских древних книг, от себе же ничто же совнесоша". В мае того же года напечатан Ирмологий, вновь переведенный с греческого, и переводчики, прося себе прощения в недостатках, какие замечены будут в этой книге, говорили в свое оправдание: "Многия и иныя книги, яже исправляхом во время делания ея, не мало препяша нас добре исправити ю" - значит, работа по исправлению книг велась тогда в больших размерах. В том же году выпущен был из печати новоисправленный Часослов и приготовлен был к печатанию Требник, другая важнейшая богослужебная книга после Служебника. По важности ее она была пересмотрена на Соборе, бывшем в октябре 1656 г., и в соборном акте сказано: "Переведше от греческих древлеписанных книг на хартиях св. книгу Требник, прочтохом ю на Соборе со всяким прилежным вниманием и судивше ю издати во типографию, елицы чины и деяния разумехом правы быти. Егда же сия книга Потребник, Божиею благодатию и нынешним нашим соборным деянием исправленная, из печати издана будет, да не ктому, кто начнет разве сея исправленныя книги действовати церковных таинств". В 1657 г. напечатаны: Псалтирь следованная, после "прилежнаго исправления с греческих книг"; Евангелие напрестольное и Апостол и вновь издан Ирмологий. В 1658 г. напечатан наконец исправленный и рассмотренный на Соборе Требник и вновь изданы исправленные Служебник и следованная Псалтирь.

Вместе с исправлением церковных книг Никон старался исправлять и церковные обряды и обычаи и согласовать их с обрядами и обычаями Церкви Греческой: с этою целию он весьма часто приглашал Антиохийского патриарха Макария служить с собою, внимательно присматривался к его службе, замечал ее особенности, расспрашивал о каждой особенности и просил его: "Когда вы что-либо заметите неправильное в наших обрядах, говорите нам, чтобы мы могли соображаться с вами в правильном совершении их". И по указаниям Макария Никон действительно исправил некоторые обряды: например, ввел или восстановил в Русской Церкви обычай раздаяния антидора за каждой литургией; признал справедливым при обряде освящения елея в Великий четверг вливать в елей вино применительно к евангельскому сказанию о милосердом самарянине, возлившем на раны больного масло и вино, и пр. Но еще более, чем указаниям Макария, Никон давал веру древним греческим книгам. В одной из таких книг, привезенных с святой горы Афонской, он нашел свидетельство будто бы Еводия, патриарха Константинопольского, что освящение воды на праздник Крещения Господня должно совершать только однажды, и именно в навечерии праздника, и не в церкви, а на реке. И несмотря на то, что дотоле и у нас и на Востоке было в обычае совершать водоосвящение дважды: в навечерии Крещения в церкви и в самый день Крещения на реке, а также несмотря на все убеждения Макария не отступать от этого обычая, Никон решился отступить. Он созвал 16 декабря 1655 г. с соизволения государя небольшой Собор, на котором присутствовали два митрополита - Ростовский Иона и Крутицкий Питирим, один архиепископ Тверской Лаврентий и один епископ - Коломенский Александр и девятнадцать архимандритов, игуменов и московских протопопов. На Соборе было постановлено: "По древнему преданию св. Восточной Церкви в навечерии Богоявления Господня по совершении Божественной литургии исходить ко крестильнице (на реки или источники) и там совершать водоосвящение по чину, а в самый день Богоявления к крестильнице не исходить и водоосвящения не совершать, ибо едино крещение по апостолу, а не два, да и древний чин Восточной Церкви так повелевает. Если же кто этого древнего предания Церкви не послушает, да будет повинен церковной казни, т. е. проклятию и отлучению". Соборное постановление Никон разослал тотчас же по всем епархиям для надлежащего руководства. Равно и сам в Москве вместе с патриархом Макарием и в присутствии государя совершил водоосвящение только в навечерии Крещения в наступившем 1656 г. Впоследствии Собор 1667 г. отменил это решение патриарха Никона. Очень любопытен рассказ Павла Алеппского о том, как переменил Никон русский монашеский клобук (точнее камилавку вместе с клобуком) на греческий. Последний по своей форме очень нравился Никону, тогда как русский очень не нравился. Но надеть на себя греческий клобук Никон боялся, чтобы не подвергнуться нареканиям народа за отступление, от древнего обычая. И что же придумал? Он велел приготовить себе греческие камилавку и клобук, только белый и с изображением на нем херувима, вышитого золотом и жемчугами, и тайно перенесть в ризницу Успенского собора. Настал большой праздник в честь святителя Петра (21 декабря 1655 г.), всегда совершавшийся в Москве с особенною торжественностию. В Успенском соборе литургию совершали все три патриарха со множеством духовенства в присутствии многочисленного народа и самого государя. Когда литургия окончилась и патриархи, разоблачившись, вышли из алтаря, чтобы приветствовать государя, Макарий Антиохийский, предварительно упрошенный Никоном и держа в руках приготовленный для последнего новый клобук и камилавку, сказал государю: "Нас четыре патриарха в православном мире, и все мы имеем одинаковую одежду; с нашего согласия и соизволения сей брат наш провозглашен патриархом Московским на место папы Римского; особенность же папы состояла в том, что он отличался от нас своею белою одеждою. Если твоему величеству будет благоугодно, то я желал бы, чтобы и ваш патриарх, подобно нам, надел на себя и носил эту камилавку и клобук, которые я изготовил для него". Царь отвечал: "Добро, батюшка" - и, приняв от него камилавку и клобук, поцеловал их и велел Никону снять прежние камилавку и клобук и надеть новые. Никон был в восхищении, потому что новый головной убор как нельзя более пришелся к лицу его и осанке. Бывшие при этом архиереи и прочее духовенство, равно и весь народ, тотчас же начали роптать за такое отступление от старого русского обычая, но роптали тихо, боясь гнева государева. А чрез несколько времени и все владыки, все иноки пожелали также переменить свои камилавки и клобуки на греческие; многие обращались с просьбою к самому патриарху Макарию снабдить их такими клобуками. Скоро пришла весть в Москву, что в Троице-Сергиевом монастыре все монахи числом до пятисот пожелали также переменить с благословения патриарха прежние камилавки и клобуки на новые греческие. А когда патриарх Макарий посетил Новгород (в конце августа и начале сентября 1655 г.), то его просили о том же два архимандрита важнейших новгородских монастырей, Хутынского и Юрьевского, и Макарий разрешил и благословил. Таким-то образом русские, по своей привычке к известным церковным обрядам и обычаям, естественно, с недоверием и ропотом встречавшие всякие перемены в них, производимые Никоном, мало-помалу мирились с последними и принимали их.