Многие из братии очень жалели об удалении старца от общежития с ними. С возложением на себя молчания он лишал их своих советов и руководства. Ближайшие к нему даже спрашивали его, зачем он уединяется, когда бы, пребывая в близком общении с братиею, мог назидать их словом и примером, не терпя ущерба и в благоустроении души своей. Старец отвечал, говоря словами св. отцов: «Возлюби праздность безмолвия предпочтительно насыщению алчущих в мире, — сказал св. Исаак Сирин. И св. Григорий Богослов рек: прекрасно богословствовать для Бога, но лучше сего, если человек себя очищает для Бога».
Молчальничество не было, однако же, таким подвигом, на котором старец Серафим решился бы покончить жизнь свою. Чрез него, как бы лестницею, получив большее совершенство, он перешел к высшему подвижничеству, называемому затвором.Поводом к этому послужило следующее обстоятельство. В описываемое время настоятелем был, как уже известно, о. Нифонт, муж богобоязненный, добродетельный, отечески любивший братию, входивший во все потребности и нужды каждого брата, ревнитель устава и порядков церковных. Отец же Серафим, со времени смерти старца Исайи, наложив на себя труд молчания, жил в пустыни своей безвыходно, точно как в затворе. Прежде он хаживал по воскресеньям и праздникам в обитель причащаться Св. Тайн. Теперь, со времени стояния на камнях, у него болели ноги, ходить он не мог. Было неизвестно, кто его причащает Св. Тайн, хотя ни на минуту не сомневались, что он без вкушения Тела и Крови Христовой не оставался. Строитель созвал монастырский собор из старших иеромонахов и вопрос о причащении о. Серафима предложил на рассуждение. Решили же дело так: предложить о. Серафиму, чтобы он или ходил, буде здоров и крепок ногами, по-прежнему в обитель по воскресным и праздничным дням для причащения Св. Тайн, или же, если ноги не служат, перешел бы навсегда жительствовать в монастырскую келью. Общим советом присудили спросить через брата, носившего пищу по воскресеньям, что изберет о. Серафим. Брат в первый же приход к старцу исполнил решение Саровского собора, но о. Серафим, выслушав безмолвно предложение собора, отпустил брата, не сказав ни слова. Брат, как дело было, передал строителю, а строитель велел ему повторить соборное предложение в следующее воскресенье. Принесши пищу на будущую неделю, брат повторил предложение… Тогда старец Серафим, благословив брата, вместе же с ним отправился пешком в обитель. Приняв второе предложение собора, старец показал, что он не в силах был по болезни ходить, как прежде, по воскресным и праздничным дням в обитель. Это было весной 8 мая 181o года. Вступив в монастырские врата после 15-летнего пребывания в пустыни, о. Серафим, не заходя в свою келью, отправился прямо в больницу. Это было днем до наступления всенощной службы. Когда ударили в колокол, о. Серафим явился на всенощное бдение в храм Успения Богородицы. Столько лет уже не бывал старец в обители! Братия удивились, когда мгновенно разнесся слух, что о. Серафим решился жительствовать в обители. Но удивление их возросло еще более, когда произошли следующие обстоятельства. На другой день, 9 мая, в день святителя и чудотворца Николая, о. Серафим пришел, по обычаю, в больничную церковь к ранней литургии и причастился Св. Христовых Тайн. По выходе же из церкви он направил стопы свои в келью строителя Нифонта и, принявши от него благословение, водворился в прежней своей монастырской келье, к себе никого не принимал, сам никуда не выходил и не говорил ни с кем ни слова, то есть он принял на себя новый, труднейший подвиг затворничества. Молчание о. Серафима было, видимо, переходом к затвору. В келье монастырской о. Серафим продолжал то, что уже начато года три тому назад в пустыни, с которою, быть может, он и соединил бы затвор, если бы не повстречались указанные обстоятельства.
О подвигах о. Серафима в затворе известно еще менее, чем о его пустынножительстве. В келье своей он не хотел иметь, для отсечения своеволия, ничего, даже самых общих вещей. Икона, пред которой горела лампада, и отрубок пня, служивший взамен стула, составляли все. Для себя же он не употреблял даже огня. По словам Саровских старцев, в это время для умерщвления плоти, да дух спасется,он носил на плечах своих под рубашкой на веревках большой пятивершковый железный крест, который, вероятно, и назван веригами в прежних его жизнеописаниях. Но собственно вериг и власяницы о. Серафим не носил и другим не советовал надевать их. «Кто нас оскорбит словом или делом, и если мы переносим обиды по-евангельски — вот и вериги наши, вот и власяница! Эти духовные вериги и власяница выше железных, которые надевают на себя нынешние люди». В Дивеевском жизнеописании о. Серафима, наоборот, говорится о веригах и поясе, которые и доныне хранятся в церкви Преображения.
Послушник Иван Тихонов рассказывает (Сказание о подвигах и событиях жизни старца Серафима, с. 37), что, поступив в Саровскую пустынь 18 лет и читая жития св. отцов, решился он непременно, Господа ради, возложить на себя что-нибудь для умерщвления тела. Он в течение трех лет домогался получить чрез каких-либо духовных особ желаемые вериги или власяницу, и когда он добыл вериги, то «восхитился тщеславной мыслью, которая неприметно закралась в глубину его сердца». Когда он пришел к о. Серафиму, то великий старец сказал ему улыбаясь: «Вот что я скажу тебе: приходят ко мне Дивеевские младенцы и просят моего совета и благословения, один носить вериги, а другие — власяницы, то как ты думаешь: по дороге ли их дорога-то? Скажи мне». Ничего не понимая, Иван Тихонов ответил: «Я, батюшка, не знаю». Когда же батюшка Серафим повторил вопрос, то Иван Тихонов, как уверяет, вдруг вспомнил, что ведь и он пришел к старцу за благословением носить вериги, а потому высказал о. Серафиму свою просьбу. «Как же ты не понимаешь? Ведь я тебе об этом-то и говорю!» — сказал о. Серафим. Затем старец начал объяснять ему все безумие его подвига. «Многие из св. отцов носили вериги и власяницу, — говорил о. Серафим, — но они были мужи мудрые и совершенные; и все это делали из любви Божией, для совершенного умерщвления плоти и страстей и покорения их духу [1]. Но младенцы, у которых царствуют в теле страсти, противящиеся воле и закону Божию, не могут этого делать. Что в том, что наденем и вериги, власяницу, а будем спать, и пить, и есть столько, сколько нам хочется?» Затем, намекая на недостатки Ивана Тихонова, о. Серафим продолжал: «Мы не можем и самомалейшего оскорбления от брата перенести великодушно. От начальнического же слова и выговора впадаем в совершенное уныние и отчаяние, так что и в другой монастырь выходим мыслью и, с завистью указывая на других из своих собратий, которые в милости и доверенности у начальника, принимаем все его распоряжения за обиду, за невнимание и недоброжелательство к себе. Из этого рассуди сам, как мало или вовсе нет в нас никакого фундамента к монашеской жизни; и это все оттого, что мы мало о ней рассуждаем и внимаем ей».
Одежда о. Серафима теперь была та же самая, что и в пустыни. Питием его была одна вода, а в пище он употреблял только толокно да белую рубленую капусту. Воду и пищу доставлял ему брат, отец Павел, вблизи живущий, подошедши к келье, сотворив молитву, ставил пищу у дверей. Затворник, чтобы никто не видал его, накрывал себя большим полотном и, взявши блюдо, стоя на коленях, как бы принимал пищу из рук Божиих, уносил ее в келью. Там, подкрепивши себя пищею, посуду ставил на прежнее место, опять скрывая лицо свое под полотном. Покров, набрасываемый на лицо, объясняется примерами древнейших пустынножителей, которые куколем скрывали вид свой, во еже не видети суеты.Случалось и так, что старец вовсе не являлся брату, и носивший пищу опять уносил все, что было предложено: старец оставлял себя без вкушения пищи.
Молитвенные труды его в затворе, по свидетельству Саровских иноков, были велики и разнообразны. Как и в пустыни, он совершал теперь своеправило и все ежедневные службы, кроме божественной литургии. Сверх того, он предавался подвигу умной молитвы, читая в сердце попеременно то молитву Иисусову, то Богородичну. Иногда, стоя на молитве, старец погружался в продолжительное умное созерцание Бога: он стоял пред св. иконой, не читая никакой молитвы и не кладя поклонов.