В 1780 году Прохор тяжко заболел, и все тело его распухло. Ни один врач не мог определить вида его болезни, но предполагали, что это сделалась водяная болезнь. Недуг длился в продолжение трех лет, из которых не менее половины Прохор провел в постели. Строитель о. Пахомий и старец о. Исайя попеременно ходили за ним и почти неотлучно находились при нем. Тут-то и открылось, как все, и прежде других начальники, уважали, любили и жалели Прохора, бывшего тогда еще простым послушником. Наконец стали опасаться за жизнь больного, и о. Пахомий настоятельно предлагал пригласить врача или, по крайней мере, открыть кровь. Тогда смиренный Прохор позволил себе сказать игумену: «Я предал себя, отче святый, истинному Врачу душ и телес, Господу нашему Иисусу Христу, и Пречистой Его Матери, если же любовь ваша рассудит, снабдите меня, убогого, Господа ради, небесным врачевством — причастием Св. Тайн». Старец Иосиф по просьбе Прохора и собственному усердию особо отслужил о здравиибольного всенощное бдение и литургию. Прохор был исповедан и причащен. В скором времени он выздоровел, что весьма удивило всех. Никто не понимал, как мог он столь скоро оправиться, и только впоследствии о. Серафим открыл тайну некоторым, и в том числе любимой сестре Дивеевской общины, церковнице Ксении Васильевне (монахине Капитолине). После причащения Св. Тайн ему явилась Пресвятая Дева Мария, в несказанном свете, с апостолами Иоанном Богословом и Петром, и, обратясь к Иоанну лицом и указывая перстом на Прохора, Владычица сказала: «Этот от нашего рода!»«Правую-то ручку, радость моя, — говорил о. Серафим церковнице Ксении, — положила мне на голову, а в левой-то ручке держала жезл, и этим-то жезлом, радость моя, и коснулась убогого Серафима; у меня на том месте, на правом бедре-то, и сделалось углубление, матушка, вода-то вся в него и вытекла, и спасла Царица Небесная убогого Серафима; а рана пребольшая была, и до сих пор яма-то цела, матушка, погляди-ка, дай ручку!» «И батюшка сам, бывало, возьмет да и вложит мою руку в яму, — прибавляла матушка Ксения, ныне Капитолина, — и велика же она была у него, так вот весь кулак и взойдет!» Много душевной пользы принесла Прохору эта болезнь: Дух его окреп в вере, любви и надежде на Бога.
В период послушничества Прохора, при настоятеле о. Пахомий, предприняты были в Саровской пустыни многие нужные постройки. В числе их на месте кельи, в которой болел Прохор, строилась больница для лечения недужных и успокоения престарелых и при больнице церковь о двух этажах с престолами, в нижнем — во имя свв. Зосимы и Савватия, чудотворцев Соловецких, в верхнем — во славу Преображения Спасителя. Прохор, после болезни молодой еще послушник, был посылаем за сбором денег в разные места на сооружение церкви. Благодарный за свое исцеление и попечение начальства, он с охотой понес трудный подвиг сборщика. Странствуя по ближайшим к Сарову городам, Прохор был и в Курске, на месте своей родины, но не застал уже матери своей в живых. Брат Алексей, со своей стороны, оказал Прохору немалую помощь для построения церкви. Вернувшись домой, Прохор, как искусный столяр, построил собственными руками престол из кипарисного дерева для нижней больничной церкви, в честь преподобных Зосимы и Савватия.
В течение восьми лет юный Прохор был послушником. Наружный вид его к этому времени изменился; будучи высокого роста, около 2 аршин и 8 вершков, несмотря на строгое воздержание и подвиги, он имел полное, покрытое приятной белизной лицо, прямой и острый нос, светло-голубые глаза, весьма выразительные и проницательные, густые брови, светло-русые волосы на голове. Лицо его окаймлялось густой окладистой бородой, с которой на оконечностях рта соединялись длинные и густые усы. Он обладал большой физической силой, имел мужественное сложение, увлекательный дар слова и счастливую память. Теперь он прошел уже все степени монастырского искуса и был способен и готов принять монашеские обеты.
13 августа 1786 года с соизволения Св. Синода о. Пахомий постриг послушника Прохора в сан инока. Восприемными отцами его при пострижении были о. Иосиф и о. Исайя. При посвящении ему было дано имя Серафима(пламенный), и в братских ведомостях сказано, что он был пострижен в монахи на вакантное место в Гороховский Николаевский монастырь, в котором и числился значительное время, хотя никогда в нем не жил. В октябре 1786 года монах Серафим по ходатайству о. Пахомия был посвящен преосвященным Виктором, епископом Владимирским и Муромским, в сан иеродиакона. Он вполне предался новому своему, поистине уже ангельскому служению. Со дня возведения в сан иеродиакона он, храня чистоту души и тела, в течение пяти лет и девяти месяцев почти беспрерывно находился в служении. Все ночи на воскресные и праздничные дни проводил в бодрствовании и молитве, неподвижно стоя до самой литургии. По окончании же каждой Божественной службы, оставаясь еще надолго в храме, он по обязанности священнодиакона приводил в порядок утварь и заботился о чистоте алтаря Господня. Господь, видя ревность и усердие к подвигам, даровал о. Серафиму силу и крепость, так что он не чувствовал утомления, не нуждался в отдыхе, часто забывал о пище и питии и, ложась спать, жалел, что человек, подобно ангелам, не может беспрерывно служить Богу. Строитель о. Пахомий теперь еще более прежнего привязался сердцем к о. Серафиму и без него не совершал почти ни одной службы. Когда он выезжал по делам монастыря или для служения один или с другими старцами, то часто брал с собой о. Серафима. Так, в 1789 году в первой половине июня месяца о. Пахомий с казначеем о. Исайей и иеродиаконом о. Серафимом отправился по приглашению в село Леметь, находящееся в 6 верстах от нынешнего города Ардатова Нижегородской губернии, на похороны богатого благодетеля своего помещика Александра Соловцева и заехали по дороге в Дивеево навестить Агафью Семеновну Мельгунову, высокочтимую всеми старицу и также благодетельницу свою. Мать Александра была больна и, получив от Господа извещение о скорой кончине своей, просила отцов-подвижников, ради любви Христовой, особоровать ее. Отец Пахомий сперва предлагал отложить елеосвящение до возвращения их из Лемети, но святая старица повторила свою просьбу и сказала, что они ее не застанут уже в живых на обратном пути. Великие старцы с любовью совершили над ней таинство елеосвящения. Затем, прощаясь с ними, мать Александра отдала о. Пахомию последнее, что имела и накопила за годы подвижнической жизни в Дивееве. По свидетельству жившей с ней Девицы Евдокии Мартыновой своему духовнику протоиерею о. Василию Садовскому, матушка Агафья Семеновна передала строителю о. Пахомию мешочек золотом, мешочек серебром и два мешка меди, суммой в 40 тысяч, прося выдавать ее сестрам все потребное в жизни, так как они сами не сумеют распорядиться. Матушка Александра умоляла о. Пахомия поминать ее в Сарове за упокой, не оставлять и не покидать неопытных послушниц ее, а также попещись в свое время об обители, обетованной ей Царицей Небесной. На это старец о. Пахомий ответил: «Матушка! Послужить по силе моей и по твоему завещанию Царице Небесной и попечением о твоих послушницах не отрекаюсь, также и молиться за тебя не только я до смерти моей буду, но и обитель вся наша никогда благодеяний твоих не забудет, а в прочем не даю тебе слово, ибо я стар и слаб, но как же и браться за то, не зная, доживу ли до этого времени. А вот иеродиакон Серафим, духовность его тебе известна, и он молод, доживет до этого, ему и поручи это великое дело».
Матушка Агафья Семеновна начала просить о. Серафима не оставлять ее обители, как Царица Небесная Сама тогда наставить его на то изволит.
Старцы простились, уехали, а дивная старица Агафья Семеновна скончалась 13 июня, в день св. мученицы Акилины. Отец Пахомий с братией на обратном пути как раз поспели к погребению матушки Александры. Отслужив литургию и отпевание соборно, великие старцы похоронили первоначальницу Дивеевской общины против алтаря Казанской церкви. Весь день 13 июня шел такой проливной дождь, что ни на ком не осталось сухой нитки, но о. Серафим по своему целомудрию не остался даже обедать в женской обители и тотчас после погребения ушел пешком в Саров.