Также ученый был удостоен Ленинской премии (1972), Государственной премии СССР (1984) и Государственной премии Российской Федерации (2002).

Жорес Алфёров награжден многими медалями и орденами СССР и Российской Федерации, среди которых орден «Знак Почета» (1958), орден Трудового Красного Знамени (1975), орден Октябрьской Революции (1980), орден Ленина (1986), медаль «За заслуги перед Отечеством» 3-й степени.

Нобелевский лауреат является активным и почетным членом различных научных обществ, академий и университетов, среди которых Национальная инженерная академии США (1990), Национальная академия наук США (1990), Академия науки и технологии Кореи (1995), Франклиновский институт (1971), Академия наук Республики Беларусь (1995), Гаванский университет (1987), Оптическое общество США (1997), Санкт-Петербургский гуманитарный университет профсоюзов (1998).

В 2005 году на территории Санкт-Петербургского гуманитарного университета профсоюзов был установлен бронзовый бюст Жореса Алфёрова. Прижизненное открытие бюста было приурочено к 75-летнему юбилею ученого.

Знаменитый ученый является учредителем Фонда поддержки образования и науки для поддержки талантливой учащейся молодежи, содействия ее профессиональному росту, поощрения творческой активности в проведении научных исследований в приоритетных областях науки. Алфёров первым сделал вклад в Фонд, использовав часть средств своей Нобелевской премии.

В своей автобиографии, подготовленной для нобелевского сайта, ученый вспоминает прекрасную книгу Каверина «Два капитана», которую он прочитал еще 10-летним мальчиком. С того времени он всю жизнь следует жизненным принципам одного из главных героев книги Сани Григорьева: «Бороться и искать, найти и не сдаваться».