К довершению тягостей в 1698 году постиг Малороссию хлебный недород. Край был так несчастлив, что это явление беспрестанно повторялось в последние лета почти каждый год, то в большей, то в меньшей степени. Отсюда — скудость и дороговизна. В январе 1699 года гетман в своем донесении в приказ резкими чертами изображает это народное бедствие, увеличивавшееся от военных обстоятельств.
Такое печальное положение усиливало у малороссов охоту к шатанию и исканию новых мест жительства. Переселившиеся с правого берега Днепра на левый опять порывались в отечество своих предков. Так, прилуцкий полковник Горленко доносил гетману, что в его полку козаки и поселяне (мужики) распродают свои грунты и поля и спешат переселяться заДнепр. В Черниговщине толпа организовалась самовольно в полк под начальством какого-то бродяги, поляка Кулаковского, и ушла за Днепр в Полесье, собираясь на службу к польскому королю; но Палей не пустил их и заворотил под гетманский регимент. Переяславский полковник Мирович доносил, что в городках, местечках и селах, прилежащих к Днепру, натолпились люди, пришедшие из разных полков гетманского регимента: у всех у них на уме — каким-нибудь способом перебраться на противную сторону Днепра и там поселиться.
Поляки старались тогда заселить и упрочить за собою украинские пустыни и, проведавши о настроении народа левой стороны Днепра, наслали «осадчих», которых должность состояла в том, чтобы зазывать людей в новоосновываемые слободы, определять им именем своих панов льготы на известное число лет от всяких повинностей или подманивать обещаниями всегдашних выгод на новоселье. Таким способом завелись немалые слободы в Корсуне, Богуславе, Драбовце и Мошнах. Из этих слобод осадчие отправляли посыльных на левую сторону Днепра завлекать жителей рассказами о привольном житье-бытье за Днепром. Так, от некоей княгини Анны Вишневецкой (имевшей впоследствии важное значение в жизни Мазепы) и от ее сына был отправлен в Переяславский полк какой-то Могильницкий с двумя товарищами — одним мазуром, другим русином — подущать малороссиян к переселению в слободу Мошны: двое попались стороже, поставленной на берегу Днепра, а Могильницкий едва ушел. Мирович указывал на другого такого же подговорщика, Феофана Воронича, именовавшего себя корсунским игуменом. Некоторые из зажиточных левобережных жителей, не переходя совсем на жительство в правобережные слободы, заводили на правой стороне в пустых лесах и полях пасеки и хутора, сами оставались на прежнем своем жительстве, а в заведенных правобережных поселках держали своих подручных. Земли, на которых основались эти поселки, никому перед тем не принадлежали, и хозяева, живя сами на левой стороне Днепра, считали их своею собственностью по праву займанщины, и притом тянувшею к гетманскому регименту. Там между выселенными людьми и польскими осадчими возникали ссоры. Такие случаи не отбивали, однако, в народе охоты к бегству и к поселениям на правой стороне Днепра под разными видами: не удерживали их ни угрозы, ни кары за побеги, а сторожи, располагаемые по днепровскому побережью, не в силах были останавливать перехожих чересчур длинно это побережье и не было возможности заставить его караулами на всем его протяжении; зимою по льду, а летом на челнах легко было пробираться на правый берег. Гетман жаловался царю, что нет мер удержать народного стремления к переселениям на слободы; он просил царя войти в сношения с польским королем и привести дело так, чтобы гетман мог послать своих вооруженных людей разорить эти слободы и убежавших туда для поселения перевести на прежние места, на том основании, что по мирному договору России с Польшею отнюдь не следовало возобновлять запустелых городов в Правобережной Украине.
На неоднократные донесения о том гетмана царь Петр в марте 1699 года относился к польскому королю с просьбою — не дозволять ни коронному гетману, ни кому-нибудь другому из польских панов заселять оставленную впусте Украину. Тогда же царь поручал гетману удвоить строгость надзора, чтобы жители не бегали в слободы на правую сторону Днепра. Но побеги не прекращались, и спустя почти год после того царский указ всем пограничным воеводам предписывал ловить малороссийских беглецов и отправлять к гетману, который должен чинить им жестокое наказание и потом водворять на прежних местах их жительства.
Прежде, недавно еще, обетованною страною для переселенцев была Слободская Украина. В настоящее время она не привлекала беглецов в прежней степени. Теперь малороссияне, там поселившиеся, узнали на опыте великороссийские приемы воеводского управления; они часто им приходились не по вкусу и некоторых даже заставляли убегать с новоселья. Кроме того, Слободская Украина в последние годы стала часто подвергаться разорениям от татар. Так и в 1698 году, когда гетман и князь Долгорукий ходили походом на низовье, сильная орда с двумя салтанами ворвалась в Слободскую Украину, разделилась загонами, разорила многие слободы по Донцу, городок Салтов, и едва успели спасти от них полковой город Харьков.
Тем не менее переселения на восток из Гетманщины не прекращались, и в это время многие водворялись не только в Слободской Украине, где все сплошное народонаселение тогда состояло из малороссиян, но и в чисто великорусском крае на землях великорусских владельцев Рыльского и Путивльского уездов, где малороссийским новопоселенцам приходилось жить вперемешку с великороссиянами. На переселение отваживались малороссияне в надежде избавиться от тягостей, которые несли в своем прежнем крае, не думая, что на новоселье придется им испытывать своего рода тягости и бедствия. Так, бежавшие на правую сторону Днепра соблазнялись приманками польских панов, обещавших им всякие блага и льготы, забывали о том, что некогда творилось от поляков с их отцами и дедами и что могло и должно было случиться с ними самими. Так и поселившиеся в великорусском порубежном крае у тамошних помещиков скоро изведали совсем иную судьбу, чем та, какую им обещали. Мазепа сам накупил себе имений в Рыльском уезде, и малороссияне, приставшие прежде к тамошним великорусским помещикам, стали переселяться на земли малороссийского гетмана. Но помещики этого края — Полянские, Тургеневы, Стремоуховы, Дуровы, Ширковы — были такие потатчики своему нраву, что фамильные имена их до сих пор остались в местных преданиях с памятью об их бесчинствах. Они. собравши своих великороссийских крестьян, стали преследовать ушедших от них малороссиян, разоряли деревни, заводимые последними на гетманских землях, нападали на них по дорогам, ловили их где могли, били, увечили и до смерти убивали, не щадя ни женщин, ни детей, и таким способом погибло тогда до сотни душ. Когда по жалобам на такие неистовства производился розыск, то великорусские люди, не только прикосновенные к делу, но и посторонние, били и бесчестили малороссиян, присылаемых гетманом к розыску: местные подьячие держали сторону помещиков, а люди и крестьяне, которых помещики посылали и водили на разбой, по наущению своих помещиков не говорили на допросах правды. Таким образом, имя гетмана Мазепы, в то время царского любимца, не было столько сильно, чтоб охранить малороссиян, его земляков, перед великорусским правосудием.
Некоторые посполитые, не переселяясь ни в польские, ни в великорусские владения, находили уловку избавиться от тягостей, падавших исключительно на поспольство: они продавали — часто фиктивно — свои дворцы и грунты козакам, а сами оставались с теми же дворами и грунтами, числясь козацкими «подсуседками», а тем самым уже подчинялись козацкому управлению и не несли повинностей, лежавших на посполитых. «Подсуседки», из которых скорее, чем из поспольства, записывали в козаки, считались не имевшими собственных грунтов и полей, освобождались вообще от повинностей наравне с козаками, при которых записывались. Но гетман, узнавши об увеличении числа таких «подсуседков», в 1701 году своим универсалом поворачивал их снова в разряд посполитых, так как в тех городах и селах, где происходили такие самовольные перехождения, посполитые, умаленные в своем числе выбывшими из их разряда «подсуседками», не в силах уже были содержать охотных Козаков.