С этих пор возникли у гетмана Выговского нескончаемые пререкания с московским правительством. Выговский в разговоре с московскими гонцами упрекал Москву, будто она тайно поджигала против него Пушкаря и снова поддерживает волнение между посполитыми, кричал, вместе со своими полковниками, что ни за что не допустит введения воевод, и прямо выразился, что под польским королем казакам было лучше. Между тем в Киев, вместо Бутурлина, прибыл другой воевода, Василий Борисович Шереметев, человек подозрительный, склонный видеть во всем измену; он начал сажать в тюрьму киевских казаков и мещан. Это подало новый повод к ропоту. Поляки, увидевши, что между казаками неладно, подослали к Выговскому ловкого пана Беневского, который всеми способами вооружал казаков против Москвы и сулил им большие блага, если они соединятся с Польшей. Ему помог тогда живший в Украине человек, приобретший большое влияние и над гетманом Выговским и над старшиной – Юрий Немирич. Он принадлежал к древней русской фамилии и был хорошо образован. В молодости он написал сочинение, за которое его обвинили в арианстве, ушел за границу и лет десять пробыл в Голландии. Возвратившись в отечество во время восстания Хмельницкого, он пристал к казакам, сблизился с Богданом, а теперь, после его смерти, стал руководить Выговским. В бытность свою в Голландии, Немирич усвоил тамошние республиканские понятия, составил себе идеал федеративного союза республик и хотел применить его к своему отечеству. Под его влиянием, у Выговского и у старшин составился план соединить Украину с Польшей на федеративных основаниях, сохранивши для Украины права собственного управления. К этому шагу побуждали тогдашние отношения между Польшей и Московским государством.

Вопрос о соединении Польши с Москвой оставался еще нерешенным. Так или иначе, обе стороны думали покончить соединением. В июле 1658 года собирали в Польше сейм с решительным намерением утвердить дружественную связь с московским народом. Король, призывая чины Речи Посполитой на этот сейм, писал заранее в своем универсале, что предстоит важный вопрос: «Образовать вечный мир, связь и союз непоколебимого единства между поляками и московитянами, двумя соседними народами, происходящими от одного источника славянской крови и мало различными по вере, языку и нравам». В виду такого великого предприятия, Украине предстояла важная задача; так или иначе – для нее близка была возможность быть соединенной с Польшей, а потому всего лучше казалось заранее предупредить грядущее соединение Польши с Московским государством и соединиться с Польшей на правах свободного государства, так что, если Польша устроит свое соединение с Московским государством, Украина войдет в этот союз особым государственным телом. Выговский дал тайно согласие принять королевских комиссаров, которые прибудут в Украину для переговоров; но прежде чем они прибыли, в августе Выговский уже начал неприязненные действия против московских людей. Он послал брата своего, Данила, выгнать Шереметева из Киева. Предприятие это не удалось; казаки были отбиты, Шереметев начал казнить виновных и подозрительных.

Между тем восстание посполитых, поднятое Пушкарем, вспыхнуло против Выговского снова около Гадяча. Выговский отправился усмирять его и здесь, 8 сентября, собрал раду из казацких старшин, полковников, сотников и значных казаков. Явились польские комиссары: Беневский и Евлашевский. Беневский говорил казакам речь, бранил Москву, уверял, что у москалей другая вера, чем у казаков, что москали не дозволят им свободно приготовлять водку, мед и пиво, прикажут надевать московские зипуны и лапти, запретят носить сапоги и впоследствии станут переселять казаков за Белоозеро; а с другой стороны, обещал им счастье в союзе с Польшей. Теперь, – говорил он, – не будет более рабства: строгий закон не допустит панам своевольствовать над подданными. После такой речи, был составлен договор, известный в истории под названием «Гадяцкого». Украина (нынешние губернии: Полтавская, Черниговская, Киевская, восточная часть Волынской и южная – Подольской) добровольно соединялась с Польшей на правах самобытного государства под названием «Великого княжества русского». Верховная исполнительная власть должна была находиться в руках гетмана, избранного пожизненно и утвержденного королем. Великое княжество русское должно было иметь свой верховный трибунал с делопроизводством на русском языке, своих государственных сановников, свое казначейство, свою монету, свое войско, состоящее из 30000 казаков и 10000 регулярных. Унию уничтожить окончательно обещали. Положено было завести две академии с университетскими правами – в Киеве и в другом месте, где окажется удобным; кроме того, в разных местах – училища без ограничения числом; объявлялось совершенно вольное книгопечатание. Наконец, гетман мог представлять ежегодно королю казаков для возведения их в шляхетское достоинство, с тем, чтобы число их из каждого полка не было выше 100 человек. Но относительно прав владельцев насчет тех посполитых, которые будут жить на их землях, не постановлено было никаких правил, кроме того, что владельцам не дозволялось держать дворовой команды.

Вслед за тем Выговский готовился нападать снова на Шереметева, но вместе с тем посылал в Москву письма, в которых уверял царя в своей верности.

Но ему более не верили. В ноябре Ромодановский вступил в Малороссию с войском. Посполитые, хотевшие быть казаками, ополчились и приставали к нему. Ромодановский выбрал другого гетмана, Безпалого. На левой стороне Днепра началось междоусобие, продолжалось все лето и весну следующего 1659 года. На помощь Ромодановскому весною прибыло новое войско под начальством Трубецкого и целых два месяца осаждало в Конотопском замке нежинского полковника, Гуляницкого. Тем временем Выговский пригласил крымского хана, с его помощью напал 28 июня на Трубецкого и разбил его наголову. Трубецкой ушел, а другой воевода, Семен Пожарский, потерявши все свое войско, был взят в плен, приведен к хану, бесстрашно обругал хана по-московски и плюнул ему в глаза. Хан приказал изрубить его. Таким образом, Выговский выгнал великороссиян из Малороссии; остался только Шереметев, который, в отомщение, приказал варварски истреблять местечки и села около Киева, не щадя ни старого, ни малого. Трубецкой несколько времени после своего поражения не мог двинуться в Малороссию: в войске его сделался бунт, насилу укрощенный при содействии Артамона Матвеева.

Дело Выговского оказалось непрочным не от московских войск, а от народного несочувствия.

Еще в мае 1659 года, в Варшаве на сейме, король и все чины Речи Посполитой утвердили присягою Гадяцкий договор, а казацкие посланники, приехавшие для этого дела, были возведены в шляхетское достоинство. В какой степени тогдашние чины Речи Посполитой, под влиянием иезуитского учения, не стеснялись произнесением ложной присяги, – показывает то, что, по известию польских историков, Беневский, заключивший Гадяцкий договор, уговорил сенаторов согласиться, в видах крайней необходимости, с намерением его нарушить, как только Польша оправится от понесенных ударов и приберет Украину к рукам. Украинский народ не прельстился этим договором: всякое соединение с Польшею, под каким бы то ни было видом, стало для него омерзительным. Вспыхнуло восстание в Нежине под руководством протопопа Филимонова и полковника Золотаренка, потом – в Переяславле под начальством полковника Тимофея Цыпуры и Сомка, затем – в Остре, в Чернигове и в других городах. Юрий Немирич принял было начальство над регулярным войском, состоявшим из поляков, немцев и казаков: взволнованный народ перебил все его войско; Немирича догнали и изрубили в куски. В Сечи атаман Сирко поднял всех запорожцев и провозгласил атаманом Юрия Хмельницкого. В самом Чигирине, где находился Выговский, вспыхнуло восстание; Выговский едва убежал оттуда.

Выговский назначил генеральную раду под местечком Германовкою; туда же его противники привели Юрия Хмельницкого. Выговский приказал было на этой раде читать гадяцкий договор, но казаки подняли шум, крик; старшины увидели, что им несдобровать, и пристали к большинству; чтецов договора изрубили в куски; Выговский бежал, а потом, по требованию казаков, прислал свою булаву. Казаки выбрали гетманом Юрия Хмельницкого. В октябре собрана была новая рада в Переяславле, и прибывший туда с царским наказом князь Трубецкой утвердил Юрия в сане гетмана, но с некоторыми важными ограничениями против прежнего договора с Богданом Хмельницким: гетман не имел права принимать иноземных послов, вступать с кем-либо в войну без воли государя, не мог назначать в полковники иначе, как с совета всей казацкой черни. Казацкие старшины всеми силами старались избегнуть этих прибавок, но не могли преодолеть настойчивости московского военачальника и его товарищей. Казацкие старшины сильно домогались, чтобы никому из малороссиян не позволять сноситься с Москвою помимо гетмана; и на это не согласились; право же сноситься прямо с Москвою давало возможность недругам гетмана и старшин прямо посылать доносы в московские приказы, а московское правительство чрез то могло иметь тайный надзор за делами Малороссии. Московские воеводы были посажены в нескольких малорусских городах: Киеве, Переяславле, Нежине, Чернигове, Брацлавле и Умани. Для посполитого народа, который так усердно противодействовал козням Выговского в пользу Москвы, не сделали ничего; напротив, освободивши казаков от постоя и подвод, наложили эти повинности на посполитых и лишали их права производства напитков, которое предоставлялось казакам.