До сих пор мы не знаем в подробностях, как произошло охлаждение царя Алексея Михайловича, считавшего прежде патриарха своим лучшим другом. В 1656 году Никон был еще в силе, и его влиянию, между прочим, принадлежит несчастная война, предпринятая против Швеции. В 1657 году, по-видимому, также отношения между царем и патриархом еще были хороши. В это время патриарх занимался постройкой нового монастыря. Верстах в сорока от Москвы понравилось ему место, принадлежавшее Роману Боборыкину, на реке Истре. Никон купил у владельца часть его земли с селом и начал основывать там монастырь. Сперва он построил деревянную ограду с башнями, а в середине деревянную церковь и пригласил на освящение церкви царя Алексея Михайловича. «Какое прекрасное место, – сказал царь, – как Иерусалим!» Никону понравилось это замечание, и он задумал создать подобие настоящего Иерусалима: послал Арсения Суханова снова на Восток с целью достать и привезти точный снимок с иерусалимского храма Воскресения. Между тем он дал палестинские названия окрестностям своей начинающейся обители: явился Назарет, явилось село Скудельничье и т.п.; гору, с которой любовался царь, назвал Никон Елеоном, а реку Истру – Иорданом. Но потом, мало-помалу, на Алексея Михайловича начали оказывать влияние враги Никона, бояре: Стрешнев, Никита Одоевский, Трубецкой и другие. Бояре, как видно, задели чувствительную струну в сердце царя; бояре указали ему, что он не один самодержец, что, кроме него, есть еще другой великий государь. Алексей Михайлович был из таких натур, которые не могут жить без друзей и всегда подпадают их влиянию, но когда спохватятся и увидят свою зависимость – им делается стыдно, досадно и прежняя дружба начинает тяготить их. Царь, не ссорясь с Никоном, стал отдаляться от него. Никон понял это и не искал объяснений с царем, но вельможи, заметивши, что патриарх уже не имеет прежней силы, не утерпели, чтобы не дать ему этого почувствовать.

Сам царь развил в этом человеке властолюбие; он приучил его вмешиваться в государственные дела, и патриарху трудно было держаться в стороне от них. Зависимость церкви от государственной власти казалась ему нестерпимою, по мере того, как он терял прежнюю силу и влияние на дела государственные. С этих пор у него естественно, если не в первый раз явилось, то сильнее развилось стремление поставить духовную власть независимо от светской и церковь – выше государства. Это ясно видно из его критики на Уложение, которое подчинило духовных лиц суду приказов: монастырского и дворцового. «Ответ» Никона, хотя написан позже, но в нем отразился тот взгляд патриарха, который неминуемо должен был привести его в столкновение с верховною светскою властью.

Он называл ложью слова Уложения, будто бы бояре, составлявшие его, выписывали статьи из правил Св. апостол, Св. отец, вселенских соборов и законов греческих царей. В Уложении говорится: «Суд государя царя». – «Нет, – возражает Никон, – суд Божий есть, а не царев, не человека суд, а Богом дан человекам. Цари только слуги Божии». В Уложении запрещено судить в приказах, кроме великих царственых дел, в большие праздники и в дни рождения государя и членов его семейства. Никон возмущается сопоставлением царских дней с господскими праздниками: «Что это за праздники? Что это за таинство? Все любострастно и по-человечески! Не только уподобил человеков Богу, но и предпочел Богу!» По поводу денежного бесчестия и телесных наказаний, положенных за оскорбление духовных, Никон восклицает: «Откуда ты, беззаконник, выдумал, в противность божественных заповедей и уставов Св. апостол и Св. отец, возмерять против зла злом, побоями и платою серебра по качеству и количеству!» Его возмущало то, что какое бы то ни было дело, касающееся патриарха и духовенства, может разбираться и судиться светскою властью. 83 и 84 ст. гл. Х Уложения говорят о бесчестии, положенном на духовных лиц, за оскорбление бояр, окольничьих и других лиц: «Не дьявольский ли это закон? – спрашивает Никон. – Ей-ей, самого Антихриста; выдуман для того, чтобы никто не смел от страха проповедывать правды Божией, по написанному: не обличай безумных, да не возненавидят тя. В Х гл. в 1 статье написано: суд один от мала до велика, без различия чина и достояния стало быть, и казни одинаковые, как простым людям, так и священному чину! Хорошо сделал бы всякий человек священного чина от патриарха до последних причетников, если бы не послушал и не пошел на твое беззаконное судище, но наплевал на закон и на судью беззаконного, как поступали отроки по повелению цареву. Вот, в книге Прологе пишется, как святые мученики и исповедники, влекомые на судище, не только не повиновались, но оплевали и прокляли их беззакония. Так и теперь, если кто хочет мужественно подвигнуться за заповеди Христовы и за каноны Св. апостол и Св. отец, тот пусть не только судьи не послушает, но оплюет и проклянет его повеление и закон. И если кто у пристава отнимет наказную или приставную память (за что в 142 ст. Х гл. положено наказание кнутом), и издерет ее, и оплюет ее и потопчет, тот не погрешит, как и первые мученики… О богоборче, князь Никита, что ты это говоришь про слободы патриаршие, владычни и монастырские? Не все ли Божии и мы все Божии, кроме тебя и подобных тебе? Священническая часть – Божья часть и достояние. Не должно рассуждать об управлении епископом церковного имения: он имеет власть управлять им, как перед лицом Бога. Если епископам поручены человеческие души, то тем паче следует им поручить имения, чтобы они установляли в них все власти и через руки честных пресвитеров и дьяконов подавали требуемое убогим… Где написано, чтобы парям и князьям, и боярам, и дьякам судить духовных? Перечти все правила не только христианские, но и мучительские: нигде не найдешь, чтобы можно было судить патриарха! Епископов и митрополита, по 9 правилу четвертого вселенского и карфагенского соборов, могут судить только епископы всей области, если их будет не менее двенадцати. Пресвитера судят шесть епископов, дьяка три причетника вместе с епископом. По каким же ты законам вымыслил судить в монастырском приказе простым людям митрополитов, епископов, архимандритов, игуменов, попов, дьяконов, причетников?» Так относился Никон к Уложению, книге законов государства, которая была утверждена приговором выборных людей всей русской земли. Никон не давал значения этому приговору: «Всем ведомо, – говорил он, – что сбор был не по воле, от боязни междоусобия всех черных людей, а не ради истинной правды». О дьяках и приказных людях, в руках которых было Уложение, Никон отзывался так: «Это – ведомые враги Божии и дневные разбойники: без всякой боязни днем людей Божиих губят!»

Выходки подобного рода, без сомнения, Никон позволял себе и в то время, когда его могущество уже пошатнулось, но еще не доходило до явной размолвки. Никон говорит в письме к константинопольскому патриарху Дионисию: «У его царского величества составлена книга, противная Евангелию и правилам Св. апостолов и Св. отец. По ней судят, ее почитают выше Евангелия Христова. В той книге указано судить духовных архиереев и их стряпчих, детей боярских, крестьян, архимандритов, и игуменов, и монахов, и монастырских слуг, и крестьян, и попов, и церковных причетников в монастырских приказах мирским людям, где духовного чина нет вовсе. Много и других пребеззаконий в этой книге! Мы об этой проклятой книге много раз говорили его царскому величеству, но за это я терпел уничижение и много раз меня хотели убить. Царь был прежде благоговеен и милостив, во всем искал Божиих заповедей, и тогда милостию Божиею и нашим благословением победил Литву. С тех пор он начал гордиться и возвышаться, а мы ему говорили: перестань! Он же в архиерейские дела начал вступаться, судами нашими овладел: сам ли собою он так захотел поступать, или же злые люди его изменили, – он уподобился Ровоаму, царю израильскому, который отложил совет старых мужей и слушал совета тех, которые с ним воспитывались».

Летом 1658 наступила явная размолвка. Приехал в Москву грузинский царевич Теймураз; по этому поводу был во дворце большой обед. Никона не пригласили, хотя прежде в подобных случаях ему оказывали первую честь. Патриарх послал своего боярина, князя, по имени Димитрий, за каким-то церковным делом, как он сам говорил, или для того, чтобы высмотреть, что там делалось, как говорили другие. Окольничий Богдан Матвеевич Хитрово, расчищавший в толпе путь для грузинского царевича, ударил по голове палкой патриаршего боярина.