Приведение в единообразие православного богослужения, надлежащее отправление священниками их обязанностей и улучшение их нравственности сильно и постоянно занимали Петра Могилу. С этими целями в 1640 году Могила назначил собор в Киеве и на этот собор приглашал не только духовных, но и светских особ, записанных в братствах; по его взгляду на состав церкви, светские люди, будучи членами церкви, как христианского общества, имели право подавать свой голос в церковных делах. «Наша церковь, – писал Могила в своем окружном послании, – оставаясь ненарушимою в догматах веры, сильно искажена в том, что касается обычаев, молитв и благочестивого жития. Многие православные, от частого посещения богослужения иноверцев и слушания их поучений, заразились ересью, так что трудно распознать: истинно ли они православные или одним только именем? Другие же, не только светские, но и духовные, прямо покинули православие и перешли к разным богомерзким сектам. Духовный и монашеский сан пришел в нестроение; нерадивые настоятели не заботятся о порядке и совсем уклонились от примера древних отцов церкви. В братствах отвергнута ревность и нравы предков; каждый делает что хочет». Могила заявлял, что он желает возвратить русскую церковь к древнему благочестию и находил, что цель эта может быть достигнута посредством собора духовных и светских людей. Деяния этого собора не дошли до нас, но, вероятно, плодом его совещаний явилось новое издание «Требника» в 1646 году. Этот «Евхологион», или «Требник», – подробнейший сборник богослужений, относящихся к священным требам и долгое время служивший руководством во всей России, известен под именем «Требника Петра Могилы».[41] При составлении его руководствовались требниками греческими, древнеславянскими, великорусскими и отчасти римскими. Могила, защищая православие от католичества, не стеснялся, однако, заимствовать из западной церкви то, что не противно было духу православия и согласовалось с практикою первобытной церкви.[42] В своем «Требнике» Могила не ограничился одним изложением молитв и обрядов, а прибавил к нему объяснения и наставления, как поступать в отдельных случаях, так что этот требник не только служил руководством для машинального отправления треб, но имел значение научной книги для духовенства. Тем не менее, к досаде Могилы, не все довольствовались этим однообразным руководством и помимо его издавались другие требники частными лицами. Пока образовалось новое поколение пастырей из преобразованной Могилою коллегии, он обращал внимание, чтобы ставленники, по крайней мере, не были круглыми невеждами, и постановил, чтобы искатели священнических мест, до своего посвящения, оставались некоторое время в Киеве и учились у сведущих лиц. Подготовка эта продолжалась иногда и до года. Сам Могила экзаменовал их и содержал во время обучения на свой счет. Могила вскоре увидел необходимость составить полную систему православного вероучения и под своим руководством приказал составить ученому Исаии Трофимовичу православный катехизис. По составлении его, Могила созвал сведущих духовных лиц из всей южной и западной Руси, дал им на рассмотрение новую книгу, а потом снесся с патриархами. С целью окончательно рассмотреть и утвердить катехизис, созван был в Яссах ученый собор в 1643 году, куда Могила послал Трофимовича вместе с братским игуменом Иосифом Кононовичем и проповедником Игнатием Старушичем. Со стороны константинопольского патриарха послано было два ученых грека. Греки долго спорили с русскими, истребовали отмены кое-каких мест и наконец утвердили катехизис, затем книга была отправлена на утверждение всех патриархов; она хотя и была утверждена, но слишком долго рассматривалась, и Могила не успел ее напечатать.[43] Вместо нее Могила приказал напечатать в 1645 году краткий катехизис. Цель его выражена в предисловии, где говорится: «Книга эта публикуется не только для того, чтобы священники в своих приходах каждый день, в особенности в воскресные и праздничные дни, читали и объясняли его своим прихожанам; но также, чтобы мирские люди, умеющие читать, преподавали одинаковым способом христианское учение, преимущественно, чтобы родители учили по ней своих детей, а владельцы подвластных себе людей, а также, чтобы в школах все учителя заставляли своих учеников учить наизусть по этой книжечке». Катехизис этот, по способу своего изложения, послужил первообразом всех кaтexизиcoв последующего времени. Оно изложено в вопросах и ответах и состоит из трех частей: в первой рассматривается символ веры по членам, во второй – молитва Господня, в третьей – заповеди.

Могила, как человек ученый, принял деятельное участие в тогдашней горячей полемике, происходившей между православными и католиками. Некто Кассиан Сакович, прежде православный учитель киевской школы и написавший вирши по-русски на смерть Сагайдачного, отступил от православия сначала в унию, а потом в католичество и сделался ненавистником отцовской веры. Когда Могила в 1642 году собирал собор, Сакович написал против этого собора по-польски едкую сатиру, а вслед за тем разразился обширным сочинением на польском же языке, под названием «Перспектива заблуждений, ересей и предрассудков русской церкви». Сакович в этом сочинении держится способа, введенного иезуитами и долгое время сохранявшегося в Польше во всех спорах и нападках католиков на русскую церковь. Способ этот состоял в том, что подмечались и собирались случаи всевозможнейших злоупотреблений, зависевших как от невежества, так и oт дурных качеств тех или других личностей, занимавших священнические места, и такие случаи принимались как бы за нормальные признаки, присущие православной церкви. Все сочинение Саковича наполнено подобного рода обличениями. Кроме того, Сакович, как ревностный последователь римской церкви, старается осуждать все, что в православии несходно с нею. В ответ на это Могила написал обширное сочинение, явившееся в 1644 году под названием: «Λιθος; (Лифос) альбо камень». Сочинение Могилы под псевдонимом Евсевия Пимена (т.е. благочестивого пастыря), было написано по-польски, так как главною целью автора было представить в глазах поляков несправедливость нападок их духовных против православия; но в то же время существовала и его русская редакция, до сих пор остающаяся в рукописи.[44] Лифос, кроме посвящения Максимилиану Бржозовскому и предисловия к читателям, состоит из трех отделов: в первом рассуждается о таинствах и обрядах; во втором – о церковном уставе; в третьем – о двух главнейших догматических различиях восточной церкви от западной: об исхождении Св. Духа и о главенстве папы. Автор в некоторых местах относится с бранью и резкими остротами к своему противнику, называет его прямо лжецом; или, напр., по поводу желания Саковича ввести в русскую церковь латинские обряды, выражается так: «Неудивительно, что тебе, новообращенному рачителю римского костела, хочется весь римский чин перенести в восточную церковь! Как сам ты с одним ухом, так хочешь, чтобы все люди были одноухие и порезали бы себе уши!» Но с совершенным беспристрастием автор Лифоса признает справедливость многих злоупотреблений, указанных его противником; только он объясняет их печальным положением церкви, не имевшей долгое время пастырей и умышленно угнетаемой униею, а также невежеством и рабским положением приходских священников под властью панов. Сакович, например, обвиняет православных священников в том, что они совершали насильные и противозаконные браки. На это автор Лифоса говорит: «Это бывает; но что же делать священнику, когда пан ему говорит: или обручай, поп, или голову подставляй; поневоле поп будет все делать, когда господин города, либо села, или управляющий господина начнет устрашать бедного священника дубиною, а иногда прикажет бросить в тюрьму». Многие нападки Саковича Могила называет ложью и клеветою и прямо свидетельствует, что приводимых Саковичем признаков нет и не было в православной церкви. Вообще во взгляде на значение обрядов Могила отличает существенные главные признаки от прибавочных. Существенными он называет те, которые при всяких видоизменениях должны оставаться непоколебимо; они, по толкованиям Могилы, заключаются: а) в материи, б) форме или слове и в) интенции (намерении) совершающего священнодействие. Таким образом в таинстве крещения вода составляет материю; произнесение слов: «крещается во имя Отца, Сына и Св. Духа» – форму; наконец, внутреннее намерение или желание совершающего таинство низвести благодать Св. Духа – интенцию. Точно так же в литургии существенную часть ее составляют, кроме внутреннего намерения священнослужителя: материя, т.е. хлеб и вино, и форма, т.е. освящающие ее слова Спасителя: «Приимите, ядите и пейте от нее вси». Весь чин богослужения, в который облечены или заключены существенные признаки, может видоизменяться в разных церквах. Смотря по местностям, древним обычаям и преданиям, могут существовать различные обряды, – но это не мешает вселенскому единству христовой церкви, если только при этом нет уклонения от признаваемой церковью догматики. Таким образом, к римскому обрядному чину следует относиться с равным уважением, как и к восточному, несмотря на его различие, насколько этот чин не уклоняется от учения вселенской церкви. Обряды могут в одной и в той же церкви, смотря по временным потребностям, изменяться, дополняться и сокращаться, но не иначе как на основании соборов. Каждый из священников в отдельности должен строго исполнять все постановленное принятыми в данное время богослужебными книгами. Таков был взгляд знаменитого митрополита на весь строй внешнего богослужения; он относится непримиримо к римской церкви, но никак не по причине различия богослужебного чина, а за ее догматические заблуждения, из которых признание абсолютного главы в особе римского папы занимает первое место. Замечательно, что противник Могилы, Сакович, между прочим, ставит в упрек православной русской церкви и то, что она лишена «великородных господ». Могила говорит: «Православные роксоляны (т.е. русские), уверовавши в Христа Господа, не сомневаются в том, что Христос, как мысленный глава, управляет восточною церковью по своему обещанию: „се аз с вами до скончания века“. Русь имеет всесильное предстательство своего благочестия в лице Христа Господа, правящего сердцами великих государей. Так и в псалме 145 псалмопевец написал: „Не надейтесь на князей, сынов человеских. А что у Руси нет великородных господ, то что в этом дурного! Ведь и первоначальная церковь начала созидаться не великородными господами, а убогими рыбарями, однако Бог через них преклонил к вере во Христа и монархов, и великородных властителей. Души самых незнатных правоверных христиан также искуплены многоценною кровью Христовою, как и души великородных властителей, а потому и те и другие должны быть равноценны“. Наконец, автор Лифоса совсем не враг соединения с римскою церковью: „Восточная церковь, – говорит он Саковичу, – всегда просит Бога о соединении церквей, но не о таком соединении, какова нынешняя уния, которая гонит людей к соединению дубинами, тюрьмами, несправедливыми процессами и всякого рода насилиями. Такая уния производит не соединение, а разделение…“ Появление Лифоса вызвало в польской литературе ряд полемических сочинений, в которых авторы почти уже не касались вопроса об обрядности, а главным образом доказывали правильность признания папы главою церкви. Из них иезуит Рутка, давая произвольный смысл разным выражениям Лифоса, делал выводы, что автор его принадлежит скорее к какой-нибудь протестантской, чем восточной церкви.