Занимаясь неустанно делом построения Петербурга, Меншиков не забывал и себя, воздвигал себе в Петербурге красивый дворец, стараясь сделать его удобным для веселой жизни и приема гостей, а в 50 верстах от Петербурга заложил себе дачу, назвав ее «Ораниенбаум». В Москве у него оставался прежний, подаренный ему царем, дом, красиво убранный; при доме было множество прислуги и музыкальная капелла: в этом доме проживала жена Меншикова, не любившая Петербурга.
Наблюдение над постройкой Петербурга и Кронштадта, порученное ингерманландскому губернатору, прерывалось самим царем, который брал с собой Меншикова повсюду, куда сам направлялся в своей подвижной жизни. Меншиков принужден был участвовать и при осадах и штурмах ливонских городов, и в конференциях с польскими панами, и наблюдать над воспитанием царевича, ездившего в походах за царем со своим воспитателем Гюйсеном. В Полоцке, по мановению царя, Меншиков приказывал в его присутствии убивать униатских монахов.
В конце 1705 года он вместе с царем приехал в Москву; там они устроили себе победные празднества и торжественный въезд через триумфальные арки: царский любимец носил тогда титул графа римской империи, губернатора Эстляндии и Ингерманландии, кавалера ордена Св. Андрея Первозванного, кавалера польского ордена Белого Орла, капитана гвардейских бомбардиров, полкового командира двух ингерманландских полков и обер-гофмейстера при царевиче. Поляки удивлялись тесным дружеским отношениям, существовавшим между царем и его подданным. Когда в Гродно Меншиков праздновал свои именины, у него присутствовали царь и король Август; царь хотел еще более возвысить своего любимца и отправил в Вену царевичева наставника, Гюйсена, хлопотать у цезаря для Меншикова титул светлейшего князя Римской империи. Гюйсен исполнил это поручение счастливо для высокомерного временщика, хотя, как говорят, отсутствие Гюйсена вредно отразилось на воспитании царевича, остававшегося тогда без наставника.
В 1706 году Меншиков был командиром целого корпуса войск от 12000 до 15000, посланных на помощь Августу в Польшу и Саксонию, одержал над шведами победу, но был близким свидетелем измены Августа общему с царем делу войны против шведов, когда Август постановил со шведским королем особый Альтранштадтский мир.
Потом Меншиков опять был постоянным спутником царя и был отправлен с важными военными поручениями. В 1708 году он командовал в несчастной битве при Головчине. После того царь узнал, что Карл двинулся с частью войска вперед, а позади себя оставил корпус Левенгаупта. Петр предпринял напасть на последнего. Меншикову поручено было вести передовой отряд. 28 сентября произошло сражение под Лесным. Левенгаупт потерпел совершенное поражение и потерял почти половину своего войска. Царь приписывал Меншикову важное содействие в одержанной победе.
Затем последовало вторжение Карла в Малороссию и измена Мазепы. Меншиков, по царскому приказанию, разорил Батурин, потом находился с царем в Лебедине, съездил с ним в Воронеж и присутствовал там при спуске построенных судов. В Полтавской битве Меншиков, по распоряжению государя, не допустил неприятеля овладеть Полтавой и в самое время сражения сопутствовал царю, а после бегства Карла XII с шведским войском преследовал его до Переволочны и, одержав там другую победу, взял в плен генерала Левенгаупта. Когда после того Меншиков возвратился к Полтаве, царь дал ему чин генерал-фельдмаршала, а сам принял чин генерал-майора. От Полтавы Меншиков сопровождал царя в Киев, а в следующую зиму присутствовал в Москве при торжестве, устроенном Петром в честь Полтавской победы.
В 1710 году Меншиков получил поручение окончить покорение Ливонии и исполнил его счастливо, благодаря печальному положению края, терявшего, по случаю свирепствовавшей заразы, значительнейшую часть своего народонаселения. В ноябре этого года Меншиков был в Петербурге, и там, в его дворце, совершилось бракосочетание царевны Анны Ивановны с герцогом курляндским, удивлявшее современников пышностью обстановки. По этому поводу Меншиков давал бал с разными вычурами: например, подан был большой пирог, из середины которого выскочила карлица и начала танцевать менуэт на столе. Через несколько дней после этого торжества для забавы устраивалась свадьба карликов, и для этой цели с разных сторон привезены были 72 карлика, отличавшихся крайним безобразием. Неожиданная кончина сына Меншикова нарушила веселость этого торжества, а через 12 дней постигла двор новая печаль: курляндский герцог, молодой супруг Анны Ивановны, скончался по дороге в Курляндию, в местечке Дудергоф, от горячки.
В 1711 году, когда Петр отправился в Молдавию, Меншиков оставался в Петербурге, занимаясь постройками города и делами по управлению своей губернии. В это время (в мае) сгорел великолепный его дворец в Москве. Когда Петр после этого ездил за границу, где совершил бракосочетание сына своего Алексея с принцессой Шарлоттой, Меншиков оставался в Петербурге, и в честь сочетавшегося браком за границей царевича устроил великолепное празднество, пригласив на него всех высокочиновных лиц, живших в Петербурге. Но, вслед за тем, Дания и Саксония открыли военные действия в Померании; Меншиков получил команду над русскими войсками, назначенными в тот край для вспоможения союзникам. В апреле 1712 года Меншиков явился к войску и на дороге чуть было не потерял свою, сопровождавшую его, жену: она едва было не попалась в плен шведам близ Штетина и была спасена ловкостью генерала Бауера. В июле Меншиков съехался с государем, который сам принял команду над войском. В начале 1713 года Петр оставил войну, поручивши Меншикову добывать шведского генерала Штейнбока в Шлезвиге, вместе с датчанами. Осада Штейнбока продолжалась почти год, после чего Штейнбок сдался датчанам. Летом 1714 года Меншиков занят был осадою Штетина, вместе с саксонцами, и не ранее сентября принудил шведского коменданта к капитуляции. Меншиков воротился в Петербург, и с этих пор приостановилась его военная карьера.
Он занимался управлением своей огромной губернии. Но в это время на Меншикова начали наступать тучи, грозившие затмить его необыкновенное счастье, и только чрезвычайной привязанности к нему царя должен был он тем, что избежал судьбы, постигшей многих государственных деятелей в царствование Петра, навлекших на себя гнев и нерасположение царя. По делу вице-губернатора Курбатова открылись за Меншиковым злоупотребления в управлении губернией. В январе 1715 года царь назначил розыск. Меншиков, Апраксин и Брюс были обвиняемы в произвольном обращении с казенным интересом. Дело тянулось несколько лет; на Меншикове оказалось большое взыскание; но государь, неумолимо строгий ко всяким преступлениям подобного рода, был так милостив к свежему любимцу, что велел счесть с него большие казенные суммы. Меншиков, со своей стороны, нашел удобный случай понравиться царю и расположить его к снисходительности. Русское войско в Финляндии терпело большой недостаток, а провиант, следуемый к доставке из Казани и прилегавшего к ней восточного края, не поспел; у Меншикова в его имениях был большой запас муки, крупы: Меншиков поспешил все это в пору пожертвовать для нуждавшегося войска и заслужил от царя благодарность. Но главным образом розыск над Меншиковым приостановился через возникшее дело о царевиче Алексее. В какой степени и какую роль занимал Меншиков в трагической судьбе Алексея, можно видеть из жизнеописания царевича. После смерти царевича, Меншиков был у государя в милости, и в 1719 году, с чином контр-адмирала белого флага, был назначен президентом военной коллегии. Доверие государя к нему было так велико, что в том же году он поручил ему находиться в верховном суде для открытия и преследования всякого рода злоупотреблений по управлению. Председателем суда был генерал Вейде, находившийся по коллегиальному управлению товарищем Меншикова. Виновными в злоупотреблениях снова оказались важнейшие государственные люди, и в их числе сам Меншиков. Меншиков испросил прощение у государя, и царь ограничился только наложением на него большого штрафа, 100000 червонцев, а потом пригласил его по-прежнему к дружеской попойке. Много помогало Меншикову заступничество перед царем Екатерины, сохранявшей уважение и привязанность к человеку, бывшему некогда, во времена ее ничтожества, ее господином. 5 сентября 1721 года Меншиков в своем петербургском дворце отпраздновал обручение молодого польского пана, Петра Сапеги, со своей девятилетней дочерью Марией, которой судьба, как увидим, предназначила другой жребий. Скоро после того праздновала вся Россия Ништадтский мир и окончание тяжелой Северной войны; несколько дней ликовал Петербург: Меншиков не пощадил издержек, чтобы принять в этом празднестве блестящее участие. Когда Петр, по окончании празднеств в Петербурге, отправился праздновать тот же мир в Москву, Меншиков сопровождал государя и, во время торжественного въезда в столицу, шествовал о бок государя по правую руку. В феврале 1722 года государь издал закон о новом способе престолонаследия, предоставляя воле всякого царствующего государя назначать себе преемника. Меншиков был первый, присягнувший этому закону, и тем показал пример всем гражданским и военным чиновникам. Издание этого закона сопровождалось большим праздником в Москве; оно состояло в катанье на санях с поставленными на них фигурами морских судов. В том же году Петр отправился с государыней в персидский поход, а Меншиков оставлен был в Петербурге во главе правительства, вместе с другими вельможами. По возвращении из похода, Петр застал соблазнительный спор Скорнякова-Писарева с Шафировым, спор, возникший из такого дела, которое близко касалось Меншикова: Шафиров был давний враг Меншикова и теперь очень нерассудительно пошел против царского любимца. До какой степени силен был этот любимец показывает то, что голова Шафирова уже лежала на плахе и чуть было не слетела: он обязан был жизнью только влиянию Екатерины, испросившей ему помилование государя. Вскоре, однако, Меншиков опять навлек на себя немилость государя. В продолжение многих лет он до крайности бесцеремонно употреблял казенное достояние в свою пользу, покупал за казенный счет в свой Васильевско-Островский дворец мебель, всякую домашнюю рухлядь, содержал за казенный счет своих лошадей и прислугу и позволял своим клевретам разные злоупотребления, прикрываемые его покровительством. Открылись за ним какие-то противозаконные поступки по управлению Кроншлотом. Петр отнял у него выгодный табачный откуп, звание псковского наместника, подаренные ему в Малороссии имения Мазепы, и, кроме того, Меншиков заплатил 200000 рублей штрафу. Современники говорят, что Петр, вдобавок, отколотил его собственноручно палкой и несколько времени после того не допускал к себе на глаза; но влияние Екатерины опять пособило временщику, и в сентябре того же 1723 года Меншиков был снова в приближении у царя. Говорят, что Петр, приехавши к нему, увидал в доме на стенах, вместо прежних великолепных обоев плохие и дешевые. На вопрос царя о такой перемене Меншиков сказал: «Я должен был продать свои богатые обои, чтоб расплатиться с казной». Но Петр, зная, что у Меншикова еще осталось большое состояние, взглянул на него строго и сказал: «Мне здесь не нравится; если я приеду к тебе на первую ассамблею и не найду твой дом убранным прилично твоему сану, ты у меня заплатишь еще больший штраф». Когда Петр, по своему обещанию, приехал снова к Меншикову, нашел в его доме все по-прежнему, был очень весел и ласков и не вспоминал уже о прошлом. Так возобновились между ними добрые отношения. Меншиков участвовал на пире, данном государем персидскому послу, прибывшему для заключения мира. В марте 1724 г. Меншиков отправился с царем в Москву, где в мае государь совершил коронацию своей жены в сан императрицы. Во время церемонии Меншиков шел по правую руку царя и, по старому русскому обычаю, раскидывал народу золотые и серебряные монеты. По возвращении в Петербург, Меншиков опять подвергся царской немилости: Петр лишил его губернаторской должности, передавши ее Апраксину. С точностью неизвестно, что было причиной такой перемены, но Петр, постоянно болевший и приближавшийся к смерти, сделался тогда чрезвычайно раздражителен и вспыльчив: он нередко собственноручно бивал палкой приближенных и всякого встречного, на кого имел причину рассердиться; в Петергофе, например, разводился у него сад, и Петр то и дело бил палкой офицеров, надзиравших над рабочими. Перед смертью, в начале 1725 года, Петр опять помирился с Меншиковым и допустил своего старого друга к своей смертной постели.