Брак московского государя с греческой царевной был важным событием в русской истории. Собственно, как родственный союз с византийскими императорами, это не было новостью: много раз русские князья женились на греческих царевнах и такие браки, кроме первого из них, брака Св. Владимира, не имели важных последствий, не изменяли ничего существенного в русской жизни. Брак Ивана с Софией заключен был при особых условиях. Во-первых, невеста его прибыла не из Греции, а из Италии, и ее брак открыл путь сношениям московской Руси с Западом. Во-вторых – Византийского государства уже не существовало; обычаи, государственные понятия, приемы и обрядность придворной жизни, лишенные прежней почвы, искали себе новой и нашли ее в единоверной Руси. Пока существовала Византия, Русь хотя усваивала всю ее церковность, но в политическом отношении оставалась всегда только Русью, да и у греков не было поползновения переделать Русь в Византию; теперь же, когда Византии не стало, возникла мысль, что Греция должна была воплотиться в Руси и русское государство будет преемственно продолжением византийского настолько, насколько русская церковь преемственно была костью от костей и плотью от плоти греческой церкви. Кстати, восточная Русь освобождалась от порабощения татарского именно в ту эпоху, когда Византия порабощена была турками. Являлась надежда, что молодая русская держава, усилившись и окрепши, послужит главным двигателем освобождения Греции. Брак Софии с русским великим князем имел значение передачи наследственных прав потомства Палеологов русскому великокняжескому дому. Правда, у Софии были братья, которые иначе распорядились своими наследственными правами: один из ее братьев, Мануил, покорился турецкому султану; другой, Андрей, два раза посещал Москву, оба раза не ужился там, уехал в Италию и продавал свое наследственное право то французскому королю Карлу VIII, то испанскому – Фердинанду Католику. В глазах православных людей передача прав византийских православных монархов какому-нибудь королю латиннику не могла казаться законною, и в этом случае гораздо более права представлялось за Софиею, которая оставалась верна православию, была супругой православного государя, должна была сделаться и сделалась матерью и праматерью его преемников, и при своей жизни заслужила укор и порицания папы и его сторонников, которые очень ошиблись в ней, рассчитывая через ее посредство ввести в московскую Русь флорентийскую унию. Первым видимым знаком той преемственности, какая образовалась в отношении московской Руси к Греции, было принятие двуглавого орла, герба восточной Римской империи, сделавшегося с тех пор гербом русским. С этих пор многое на Руси изменяется и принимает подобие византийского. Это делается не вдруг, происходит во все время княжения Ивана Васильевича, продолжается и после смерти его. В придворном обиходе является громкий титул царя, целование монаршей руки, придворные чины: ясельничего, конюшего, постельничего (явившиеся, впрочем, к концу княжения Ивана); значение бояр, как высшего слоя общества, падает перед самодержавным государем; все делались равны, все одинаково были его рабами. Почетное наименование «боярин» становится саном, чином: в бояре жалует великий князь за заслуги; кроме боярина был уже другой, несколько меньший чин – окольничего. Таким образом положено было начало чиновной иерархии. К эпохе Ивана Васильевича, как думать должно, следует отнести начало учреждения приказов с их дьяками. По крайней мере, тогда уже был «разряд», наблюдавший над порядком службы, был и посольский приказ: последнее можно заключать из того, что существовал посольский дьяк. Но всего важнее и существеннее была внутренняя перемена в достоинстве великого князя, сильно ощущаемая и наглядно видимая в поступках медлительного Ивана Васильевича. Великий князь сделался государем самодержцем. Уже в его предшественниках видна достаточная подготовка к этому, но великие князья московские все еще не были вполне самодержавными монархами: первым самодержцем стал Иван Васильевич и стал особенно после брака с Софиею. Вся деятельность его с этих пор была последовательнее и неуклоннее посвящена укреплению единовластия и самодержавия.

И ближайшие к его времени потомки сознавали это. При его сыне Василии, который так последовательно продолжал отцовское дело, русский человек Берсень сказал греку Максиму: «Как пришла сюда мати великого государя, то наша земля замешалася». Грек заметил, что София была особа царского происхождения. Берсень на это сказал: «Максиме господине, какая бы она ни была, да к нашему нестроению пришла; а мы от разумных людей слыхали: которая земля переставляет свои обычаи, и та земля не долго стоит, а у нас князь великий обычаи переменил». Главная сущность таких перемен в обычаях, как показывают слова того же Берсеня, состояла во введении самодержавных приемов, в том, что государь перестал по старине советоваться со старейшими людьми, а запершись у постели, все дела сам – третей делал. Позже Берсеня, спустя столетие после брака Ивана Васильевича с Софиею, Курбский, ненавидевший самовластие внука этой четы, приписывал начало противного ему порядка вещей Софии, называл ее чародейницею, обвинял в злодеяниях, совершенных над членами семьи великого князя. Несомненно, что сама София была женщина сильная волей, хитрая и имела большое влияние как на своего мужа, так и на ход дел в Руси.

Одним из важнейших событий после брака с Софиею была окончательная расправа с Новгородом. Иван воспользовался давним правом княжеского суда, чтоб лишить Новгород некоторых лиц, в которых видел противников своих самодержавных стремлений. В 1475 году он отправился в Новгород и был принят там с большим почетом. В Новгороде, как всегда бывало, происходили несогласия, и не было недостатка в таких лицах, которые готовы были своими жалобами возбуждать великого князя к производству суда над новгородскими людьми. Явились жалобщики (старосты Славковой и Никитиной улицы и два боярина); случилось, что они жаловались на тех именно лиц, которые были особенно ненавистны великому князю по прежней его ссоре с Новгородом. Великий князь, как будто уважая новгородскую старину, давши на обвиняемых своих великокняжеских приставов, велел дать на них же еще приставов от веча и, назначив день суда на Городище, приказал быть при суде своем новгородскому владыке и посадникам. Иван Васильевич признал тех, которых противная сторона обвиняла, виновными в наездах на дворы, в грабежах и убийствах и приказал своим боярам взять под стражу из числа обвиненных четырех человек (Василья Онаньина, Богдана Есипова, Федора Борецкого и Ивана Лошинского), противников Москвы, какими они показали себя в 1471 году. Великий князь тут же приказал присоединить к ним еще двух человек, не подвергавшихся его суду (Ивана Афанасьева и сына его Елевферия), припомнивши им, что они затевали отдать Новгород польскому королю. Но на этом суде только для вида присутствовали посадники, и только по форме суд этот был, сообразно старине, двойственным, то есть и княжеским и вместе народным; на самом деле суд этот был судом одного только великого князя, как видно из того, что впоследствии и владыка, и посадники несколько раз просили московского великого князя, чтобы он выпустил задержанных новгородцев. Великий князь был неумолим: шестерых взятых под стражу приказал отправить в Москву, а оттуда на заточение в Муром и Коломну; прочих же обвиненных этим судом отдал на поруки, наложивши на них в уплату истцам и себе за их вину большую сумму в полторы тысячи рублей. Затем Иван Васильевич пировал у новгородцев, и эти пирушки тяжело ложились на их карманы: не только те, которые устраивали пиры для великого князя, дарили его деньгами, вином, сукнами, лошадьми, серебряною и золотою посудою, рыбьим зубом; даже те, которые не угощали его пирами, приходили на княжеский двор с подарками, так что из купцов и житых людей не осталось никого, кто бы тогда не принес великому князю от себя даров. По возвращении Ивана Васильевича в Москву, в конце марта 1476 года, приехал к нему новгородский архиепископ с посадниками и житыми людьми бить челом, чтоб он отпустил задержанных новгородцев. Иван Васильевич взял от них дары, но не отпустил взятых в неволю новгородцев, о которых они просили. Великокняжеский суд, произведенный на Городище, естественно понравился тем, которые были оправданы этим судом; это побуждало некоторых новгородцев явиться в Москву и также искать великокняжеского суда на свою братию. Издавна одним из важнейших прав новгородской вольности было то, что великому князю нельзя было вызывать новгородца из его земли и судить не в новгородской земле. Это право теперь нарушалось. Великий князь выслушивал новгородских истцов в Москве и отправлял в Новгород своих московских, а не новгородских приставов за ответчиками. В числе таких челобитчиков и ответчиков было двое чиновников новгородского веча: подвойский (чиновник по поручениям) по имени Назар и дьяк веча (секретарь) Захар Овинов. В Москве их разумели как послов от веча. Вместо того, чтобы по старине назвать великого князя и его сына (которого имя уже ставилось в грамотах как имя соправителя) господами, они назвали их государями. Великий князь ухватился за это, и 24 апреля 1477 года отправил своих послов спросить: какого государства хочет Великий Новгород, так как об этом государстве говорили в Москве приехавшие от всего Великого Новгорода послы.