Поступок папы объективно был направлен против итальянского национального движения, однако в решении Пия IX мы должны усматривать отнюдь не простое предательство. Папство не могло взять на себя руководство движением за национальное единство Италии, ибо тогда был бы положен конец вселенскому наднациональному характеру папства. Конфликт между универсализмом и итальянской сущностью папства в эти месяцы завершился. В своем заявлении от 29 апреля 1848 года Пий IX выразил мысль, что папский престол должен относиться с одинаковой любовью ко всем католическим народам; таким образом, папа, обладая духовной верховной властью, никогда не сможет стать во главе федерального итальянского государства. В критической ситуации папа делал одну ошибку за другой. Два года он создавал видимость того, что участие в национальном деле и папство могут быть совмещены. Однако в решающий час действий он стал высказывать противоположные мысли. В числе политических мотивов такого решения немалое значение играло то, что папа испугался буржуазной революции, революционных методов и увидел гарантию порядка в присутствии австрийцев в Италии. Угрозы Меттерниха порвать с церковью Габсбургской империи не могли не оказать воздействия на папу. В этом положении у него не было другого выхода: или отказаться от своего государства и от светской власти (что не входило в его намерения), или же искать защиту у контрреволюционных сил.
Папа — под влиянием Кустоццы — в сентябре 1848 года распустил либеральное министерство и вместо него назначил правое правительство во главе с Пеллегрино Росси, что накалило обстановку и привело к народным волнениям. 15 ноября Росси был убит, а в Риме вновь вспыхнула революция. Папа бежал в Квиринал, но толпа осадила дворец и вынудила его назначить новое, демократическое правительство. Новое правительство разоружило швейцарскую гвардию, но на ход событий папа уже не мог оказать влияния. Теперь он хотел лишь выиграть время. 24 ноября 1848 года ночью он с помощью баварского и французского послов бежал в неаполитанское королевство, где в замке Гаэта в обществе Антонелли, Ламбруччини и других кардиналов в течение 17 месяцев пользовался гостеприимством неаполитанского короля. (Это был последний случай, когда папа был вынужден бежать из Рима, спасаясь от римлян.) Из Гаэты Пий IX осыпал проклятиями революционный Рим. Под угрозой отлучения от церкви папа запретил католикам участвовать в выборах и в политической жизни.
Бегство папы окончательно похоронило альтернативу неогвельфов, и инициатива перешла в руки революционеров, в руки Мадзини и Гарибальди. На парламентских выборах радикалы одержали полную победу. Они объявили о ликвидации светской власти папы и провозгласили республику. Джоберти по возвращении в Италию в декабре 1848 года стал премьер-министром Пьемонта; он предложил папе помощь пьемонтской армии против Римской республики. (Тем самым он хотел упредить намерение папы обратиться за помощью к государствам, находящимся за пределами Италии.) Джоберти направил в Гаэту Росмини, который в 1847 году стал кардиналом, чтобы склонить папу поддержать этот план. Однако Пий IX в эмиграции оказался полностью под влиянием реакционного направления, под влиянием Ламбруччини и Антонелли, которые в свою очередь готовили окончательный разрыв папства с Италией.
В Гаэте консервативные, реакционные силы курии убедили Пия IX в том, что причиной революционных событий была его уступчивость либерализму. Теперь папа от либерализма ждал лишь революций, разрушений и безбожия. Поэтому Пий IX упрямо отклонял попытки либералов (в лице Джоберти) к сближению и принял решение призвать на помощь международную контрреволюцию. Поскольку австрийские вооруженные силы были задействованы в Венгрии, на помощь папе поспешили войска нового президента Франции — Луи Наполеона Бонапарта. Французская армия в марте 1849 года осадила Рим, но республика под руководством Гарибальди оказала героическое сопротивление. Лишь после продолжительных боев французским войскам, обладавшим значительным преимуществом, удалось занять город. В Риме снова была восстановлена папская монархия. Однако Пий IX осмелился возвратиться в Рим лишь 12 апреля 1850 года, после того как революции во всей Европе потерпели поражение и гегемония международной реакции утвердилась.
Реставрированное папское абсолютистское правительство проводило еще более жесткий курс, чем прежде, что еще в большей степени усилило ненависть итальянских патриотов к Риму. Реакция была возведена в принцип, и конституционность посчитали несовместимой с папством. Либерализм — независимо от вероисповедания его приверженцев — преследовался и искоренялся. Под влиянием событий уже и Джоберти признавал, что Церковное государство, как главнейшее препятствие на пути национального единства, именно в интересах церкви и папства должно исчезнуть. Папа же объявлял каждого, кто осмеливался критиковать отношения, сложившиеся в его государстве, врагом церкви. Эта близорукая политика была связана с именем нового статс-секретаря папы — распутного, властолюбивого и алчного кардинала Джакомо Антонелли.
Курия поддерживала папу в его становящемся все более закоснелым консерватизме. Папа, который всего лишь несколько лет тому назад с молодым воодушевлением приступил к решению внутренних проблем своего государства, именно в этой области потерпел наибольшее фиаско.
Подобно проводившейся Пием VII в посленаполеоновский период политике реставрации папа вслед за подавлением европейских и итальянской революций 1848–1849 годов вновь попытался с помощью конкордатов сохранить свое влияние и даже распространить его на всю вселенскую церковь. Еще в 1847 году он заключил тайное соглашение с Россией по польскому вопросу, которое в 1856 году было предано гласности, однако в 1866 году русский царь это соглашение денонсировал. В 1850 году в Англии и Уэльсе, которые до того считались миссионерской территорией, была восстановлена католическая иерархия во главе с архиепископом Вестминстерским. Английскую католическую церковь вскоре возглавил известный своими крайними ультрамонтанскими взглядами кардинал-архиепископ Мэннинг. В Голландии, где с 1848 года католики получили свободу вероисповедания, папа реорганизовал иерархию, во главе которой стал архиепископ Утрехтский. Подобным же образом католическая церковь развивалась и в Соединенных Штатах, о чем свидетельствует тот факт, что в 1875 году Пий IX впервые назначил американского кардинала.
В 1851 году был заключен новый конкордат с Испанией и Тосканой. В 1855 году Пию IX удалось склонить к соглашению и абсолютиста Франца-Иосифа I, который, отказавшись от автономии имперских церквей и иозефистских традиций в области церковной политики, вступил в союз с папской реакцией. (Австрийский конкордат никогда не признавался венгерским епископатом и политическими руководителями страны, ибо он был заключен без конституционного обоснования. В то же время Ватикан распространил его и на Венгрию.) Соглашение между Францем-Иосифом и Пием IX имело большое значение для обеих сторон, ибо на громадной территории центрально-европейской империи, простиравшейся от Тибра до Вислы, это соглашение обеспечивало реализацию папской верховной власти, что укрепляло также позиции реакционной империи династии Габсбургов.
В 1857 году папа заключил конкордат с Португалией, а затем в начале 1860-х годов — с шестью латиноамериканскими странами. Конкордаты, на заключении которых столь усиленно настаивал Пий IX, играли чрезвычайно важную роль еще и потому, что государства — в соответствии с соглашениями — возлагали на церковь идеологическое и нравственное воспитание масс, передавали в руки духовенства образование, прежде всего народное образование. Таким образом, вновь осуществилось разделение труда между властью и церковью.
В то время как политический авторитет и светская власть папства рухнули, папское верховенство внутри католической церкви стало полным. В период его долгого правления Рим все более и более становился центром католицизма. Сложился такой новый церковный централизм, благодаря которому папство оказалось на вершине своего влияния внутри церкви. Поскольку папство потеряло всю земную (властную) опору, ему не оставалось ничего другого, кроме моральной и духовной власти. Условия для этого были созданы в результате буржуазных преобразований, секуляризации, религиозного индифферентизма со стороны гражданского государства. Во Франции место когда-то могущественной галликанской церкви заняла ультрамонтанская иерархия высшего духовенства, которая враждебно смотрела на государство. Также и епископы германской имперской церкви, хранившей гибеллинские традиции, потеряли свои политические и государственные функции. И здесь вместо просветительства и государственной церковности появилось ультрамонтанское католическое направление. Католическая иерархия Англии возникла сразу же как ультрамонтанская, воспитанная в духе верности папе, не говоря уже о церквах, находящихся на территориях за пределами Европы.