С 1059 года папы уже совещались в первую очередь не с местными соборами, а с кардиналами. Таким образом, папское церковное управление наряду с аппаратом курии могло также опираться и на совещательный орган, объединявший кардиналов (Сенат, а затем Консисторию). В начале XII века прекратил свою деятельность институт кардиналов-субдиаконов (низший кардинальский чин). Внутри кардинальского корпуса также сложилась иерархия, которая подразделялась на три части. Высшими по рангу были 7 субурбикарных кардиналов-епископов (субурбикарными епископствами назывались епископства, лежащие в непосредственной близости к Риму: Веллетри, Порто, Албано, Сабина, Фраскати, Палестрина, Остия). За ними следовали в те времена 25, а затем — 28 кардиналов-пресвитеров, которые стояли во главе имеющих определенные названия римских церквей. К самой низшей категории кардинальского корпуса относились кардиналы-диаконы, называемые также палатинскими диаконами; они действовали в церковной администрации и в службе милосердия; во главе их стоял архидиакон. Однако развитие папского абсолютизма в XII–XIII веках оттеснило кардинальский корпус на задний план.
После завершения борьбы за инвеституру папство стало первой властью в Европе. О своем избрании королями Лотарь III Саксонский и Конрад III Швабский (1138–1152) доложили папе и тем самым как бы получили утверждение, узаконение своей власти. Эта власть нуждалась в поддержке папы. Несмотря на то что князья избрали королем члена швабской герцогской семьи Конрада Гогенштауфена, наиболее влиятельным герцогом был вовсе не он, а Генрих Вельф, владевший Саксонией, Баварией и Центральной Италией. Отсюда берет начало борьба между Гогенштауфенами и Вельфами за королевскую власть, вновь давшая хороший повод папам для вмешательства. В Италии членов имперской партии называли гибеллинами, а членов папской партии — гвельфами.
В первой половине XII века положение папства как внутри церкви, так и в Европе того времени упрочилось. Авторитет григорианской реформистской церкви, вышедшей победительницей из борьбы за инвеституру, был высок. О духовной победе церкви свидетельствовало то, что Бернар Клервоский со своим духовным оружием господствовал над культурной жизнью почти всей Европы. Это была наиболее клерикальная эпоха средневековья. Светское владение пап, Церковное государство, также сильно увеличилось. Однако усилению внутригосударственной власти в первой половине века препятствовала партийная борьба между крупными аристократическими родами, которая в середине века перешла в демократическое республиканское движение.
В Италии в середине XII века города в результате своего развития (главным образом в Ломбардии) завоевывали все большую самостоятельность в борьбе с феодалами и их епископами; они создавали самоуправление, городские советы. В Риме из-за папы и латифундистской аристократии это движение вначале не имело возможности развиваться; здесь стремление к городскому самоуправлению, будучи деформированным, проявилось в возрождении аристократической партии. Первые руководители этого движения вышли из дворянского чиновничества Папского государства. Во главе противоборствующих аристократических партий стояли Франгепаны и Пьерлеоны. В партийную борьбу были привнесены противоречия, существовавшие во властных отношениях германского императора, норманнского и французского королей, и это привело к длившимся десятилетиями сражениям между папами и антипапами. Конрад III проявил нейтралитет в отношении пап, однако со злорадством наблюдал, как над Римом одерживали верх норманны, римская аристократия, а затем Арнольд Брешианский.
В Южной Италии политическое положение складывалось неблагоприятно для папства. С целью осуществления своих сюзеренных прав папы стремились воспрепятствовать формированию крупного и единого норманнского государства. Однако в начале XII века норманны, опираясь на прочные позиции в Сицилии, приступили к фактическому захвату папских владений в Южной Италии и к созданию своего государства. Поэтому ставленник Франгепанов папа Гонорий II (1124–1130) начал войну против норманнского герцога Роже II, владевшего Сицилией. В ходе боев папа попал в плен к норманнам, и из-за отсутствия вооруженной силы, а также поддержки со стороны императора он не смог воспрепятствовать созданию единого норманнского государства, опирающегося на Сицилию.
Укреплению норманнского государства в значительной степени способствовало то, что в Риме григорианское папство оказалось во временном кризисе. Город стал ареной новых партийных боев. После смерти Гонория II партия Франгепанов избрала папой Иннокентия II (1130–1143), а другая, противостоящая ей аристократическая партия Пьерлеонов — выходца из своей семьи Анаклета II (1130–1138). Норманны поняли, что из этого раскола они могут извлечь выгоду. В обмен на вооруженную поддержку Анаклет II в Беневентском соглашении сделал герцога Роже II королем Сицилии, Калабрии и Апулии, а норманнское королевство признало сюзеренные права папы. В то же время Иннокентий II получил поддержку со стороны германского короля Лотаря III, за что папа в 1133 году короновал его в императоры. Затем в течение десяти лет шла борьба между императором и норманнским королем, в которой североитальянские торговые города принимали участие на стороне папы и императора (так как южные торговые города являлись их конкурентами). В 1137 году скончался поддерживавший папу император Лотарь III, и Роже вновь одержал верх. Иннокентий же попал в плен к норманнам; после смерти антипапы он был вынужден признать норманнское королевство и благодаря этому смог вернуться в Рим.
Для преодоления раскола Иннокентий II в 1139 году созвал II Латеранский (10-й вселенский) собор. На соборе норманны и их ставленник — папа были преданы анафеме, и, таким образом, было восстановлено единство и осуществлен возврат к григорианским идеям. Однако покой был недолгим, Рим вновь и вновь восставал против правления пап.
Во время понтификата ученика Абеляра Целестина II (1143–1144), взошедшего на папский престол после Иннокентия II, возникло так называемое «Предсказание о папах», характеризующее будущих пап одним-двумя предложениями. Согласно преданию, эти предсказания принадлежат некоему Маол-Маодхогу, по другим сведениям — О'Моргайру, архиепископу Армайскому (1129–1148). Ирландский архиепископ отказался от своего поста и под влиянием своего друга Бернара Клервоского вступил в монашеский орден. Под его именем и увидело свет произведение под названием «Prophetia de Romanis Pontificibus» («Предсказание о папах»), содержащее 111 кратких характеристик типа сентенций о будущих папах с 1143 года и до конца света. Согласно этому труду после Целестина II последуют еще 110 пап, и при последнем, Петре II, наступит Страшный суд. Целестин II в соответствии с каталогом был 166-м папой. Если к этому числу прибавить предсказанное число 110, то всего будет 276 пап. В настоящее время правит 265-й папа.
Поддерживавший тесные отношения с норманнами папа Луций II (1144–1145) был из партии Франгепанов. Во время его понтификата римская аристократия и народ реставрировали республику, вновь избрали Сенат и поставили во главе города консула в звании патриция. Они изгнали папского правителя и объявили город независимым. Папство временно вновь очутилось в условиях, в которых оно пребывало в эпоху раннего средневековья. Папа Луций бежал в Капитолий, спасаясь от Пьерлеонов, напавших на Франгепанов, и был убит брошенным в голову камнем. Цистерцианский монах, ставший папой Евгением III (1145–1153), ученик Бернара Клервоского, бежал от римлян в Витербо и сделал его своей резиденцией. Организованные в XII веке коммуны, объединившись с еретическим движением, освободили большинство итальянских городов от непосредственной власти феодалов. Демократические движения вскоре привели к созданию коммуны и в Риме. Во главе антипапского движения обедневших дворян и горожан встал ученик Абеляра, монах ордена августинцев Арнольд Брешианский, который сочетал идеи городского самоуправления с древними еретическими учениями, требовавшими восстановления первоначальной бедности церкви. Арнольд провозгласил, что церковь должна отказаться от своих владений и политической власти.