Борьба монахов за реформы была направлена на то, чтобы освободиться от притеснений местных феодальных властей. В этом они нашли великолепных союзников в лице папства и империи. Лотарингская ветвь движения за реформу возникла в монастырях, созданных и руководимых главным образом представителями знати. Их целью было обновление правил Святого Бенедикта, восстановление первоначальной дисциплины, морали и усердия. Бенедиктинский монастырь Клюни (в Бургундии), основателем которого в 910 году был герцог Аквитанский, а возглавил монастырь в качестве первого настоятеля граф, — пошел и того дальше: наряду с восстановлением строгой дисциплины его монахи выдвинули перед собой также цель добиться независимости от светских сюзеренов. Поэтому монастыри объединились в конгрегацию, центральное руководство которой было в руках главного настоятеля аббатства Клюни. Стоявший во главе монастыря-матери главный настоятель (аббат) считал себя сюзереном по отношению к монастырям, объединенным в конгрегацию, а конгрегация непосредственно попадала под защиту папы. Клюнийский аббат властвовал над монашеским воинством как король и военачальник. Причина его успеха таилась в том, что он стал выразителем устремлений эпохи, требований ликвидации феодальной анархии. (В конгрегацию в конце XII века уже входило около 2000 монастырей.)
В монастырском движении за реформы одержала верх идея Григория I спасти весь мир для царства Божьего. Григорий хотел путем углубления религиозности, подавления светскости клира, углубления религиозной жизни мирян обновить не только папство, церковь, но и мирян и все общество.
Идеи монастырского движения за реформы немецкие папы, назначенные императором, принесли с собой в Рим, где вскоре выковали из них идеологическое оружие для вселенского господства пап — как раз против императора. Сторонники реформ, объединившиеся вокруг папы, распространили на всю церковь принцип, согласно которому монастырями может распоряжаться исключительно папа. Это поставило вопрос о так называемой светской инвеституре. Символическое действо по введению в должность епископа (инвестиция), вручение перстня и посоха (что называлось инвеститурой) христианские государи Европы обычно проводили сами под тем предлогом, что церковные владения — это вассальные владения, сюзеренами которых являются они. (Перстень символизировал собой обручение епископа с верующими, а посох — власть над епархией.) Согласно концепции реформаторов, право инвеституры, а также право распоряжаться церковными владениями в высшей инстанции принадлежит папе. Эти устремления совпали с намерениями пап, ибо планируемые реформы, повышая авторитет пап и расширяя сферу их влияния, явились бы серьезным шагом на пути к осуществлению церковного универсализма. Имперская власть, считая, что ей удастся удержать в своих руках папство, выступающее за реформы, также поощряла движение за реформы. Но скоро Генрих III, а тем более его сын Генрих IV поняли, вынуждены были понять, что, поддерживая церковь, они лишаются основ своей власти. Позднее выяснилось, что и немецкая высшая духовная иерархия, ревниво оберегающая свои богатства и свою самостоятельность, вовсе не желает поддерживать реформаторские устремления, ослабляющие и их власть, и в разворачивающейся борьбе с папой они стали сторонниками императора.
На судьбу немецких пап, связанных с движением за реформы, трагический отпечаток наложила их преждевременная и нередко насильственная смерть. Уже упоминавшийся Климент II, понтификат которого длился всего лишь год, пал жертвой горячки; последовавший за ним бывший епископ Бриксенский Дамас II в 1048 году после нескольких недель понтификата был отравлен. Тогда Генрих III решил послать в Рим на папский престол лионского архиепископа Галинара, но тот решительно отклонил предложенную «смертельную» почетную должность. В конце концов на папский престол взошел дальний родственник императора Лев IX (1049–1054). Будучи папой, он решительно поддерживал церковную реформу и императора.
Папа Лев IX происходил из семьи эльзасских графов и принес в Рим дух лотарингских реформ. Из его лотарингского окружения вышел генеральный штаб будущей григорианской церкви. Папа Лев ликвидировал локальный характер Римской курии. Он собрал вокруг себя духовных руководителей движения за церковную реформу в Европе и использовал их в коллегии кардиналов как противовес местной аристократии. Так, в частности, он сделал кардиналом Фридриха Лотарингского, бывшего прежде каноником в Лувене (он стал преемником папы под именем Стефана IX); монах Гильдебранд стал кардиналом; будучи секретарем изгнанного Григория VI, он в Кельне познакомился с лотарингской идеей. Впоследствии Гильдебранд был избран папой под именем Григория VII. Одним из главных теоретиков церковной реформы, правой рукой папы Льва был кардинал Гумберт де Сильва Кандида; и, наконец, Удо, начальник папской канцелярии, также попал в Рим, будучи членом лотарингского окружения. Лев IX окончательно включил в состав Папского государства герцогство Беневенто, а затем его преемник Виктор II (1055–1057) присоединил к Церковному государству и герцогство Сполето.
Во время понтификата Льва IX произошел окончательный разрыв Рима с восточногреческой церковью. Предшествующие события, непосредственно связанные с расколом, развивались следующим образом: с целью изучения причин некоторых взаимных обид по поручению папы в Византию направился Гумберт де Сильва Кандида для ведения переговоров с патриархом Кируларием. Однако они не смогли достичь соглашения по формальным спорным вопросам, поэтому 16 июля 1054 года папский легат кардинал Гумберт положил на главный алтарь Айя Софии декрет, содержащий анафему византийцам. Патриарх в ответ на это на соборе отлучил папу от церкви. Церковно-политической причиной окончательного разрыва являлось то, что патриарх считал себя вселенским патриархом и не признавал верховенства папы над греческой церковью. За окончательным отделением кроются более глубокие исторические причины: различие путей феодального развития Византии и Западной Европы, их отдаление друг от друга. Со времен раскола пограничная линия между римско-католической и восточногреческой церквами протянулась в Европе по восточным окраинам Польши и Венгрии.
Пока папство не порвало окончательно с восточногреческим христианством, внутри вселенской христианской церкви — хотя в довольно узких пределах — существовало два центра: в западной латинской (католической) церкви носителем верховной власти был римский папа; в восточной церкви греческого обряда — Константинопольский патриарх. После разделения церквей это состояние также прекратилось, хотя в принципе римские папы никогда не отказывались от своей юрисдикции над восточной церковью. Единство католической церкви на основе единых догматов и форм управления в то время упрочилось. Хранителем и представителем единства был папа римский.
Император Генрих III скончался в 1056 году, новым германским императором стал малолетний Генрих IV. Ослабление императорской власти при регентстве императрицы Агнесс позволило папам окончательно сбросить опеку светской власти. Когда в 1057 году папой избрали кардинала Фридриха под именем Стефана IX (1057–1058), то имперский дом был поставлен в известность об этом лишь позже. В канонических выборах императору предоставлялось лишь право последующего согласия.
Папа Стефан IX назначил кардиналом-епископом Остии Петра Дамиани, одного из идейных вождей романской эпохи. Духовность романской эпохи усвоила мировоззрение Григория I, который хотел оставаться «знающим, но незнающим». Герой романской эпохи — монах, мастер формирования душ. Перед приматом теологии должна преклоняться любая наука. Вождями практических теологов типа Григория были Петр Дамиани и сам Гильдебранд.
Наряду с теологическим обоснованием церковного движения за реформы и политики реформированного папства в первую очередь были нужны правовые аргументы. Для всех руководителей клюнийского движения политической доктриной являлась теория двух властей, выдвинутая папой Геласием. До середины XI века папы придерживались того мнения, что это движение может начаться при поддержке светской власти. До сего времени церковная концепция считала совместимым каноническое избрание с правом короля или какой-либо другой светской власти на инвеституру. Ведь в раннем средневековье под каноническим избранием понимали ритуал, когда назначенного королем или другим патроном епископа (или аббата) в последующем утверждал клир и народ; в современном понимании слова епископа (аббата) не избирали (eligere), а утверждали (probare). Светский патрон преступал каноны лишь в том случае, если, несмотря на протест народа и духовенства, назначал своего кандидата епископом. (Практически так же было и при избрании папы.) Преобразование этого принципа под воздействием клюнийской реформы началось в середине XI века. Идеалом вдохновителей клюнийской реформы было духовенство монашеского типа, не вступающее в брак (поэтому они боролись за целибат), они также выступали за избрание высших духовных лиц, не допуская влияния со стороны светской власти (поэтому они выступали против симонии и светской инвеституры). Реорганизация церкви в монастырском духе была возможна лишь сверху, при поддержке, оказываемой из Рима.