Вскоре в Семиречье основаны Атбасарская и Алатауская казачьи станицы, затем Копальское укрепление, на р. Копалке у западного отрога Алатауского хребта.

В 1851 г. по пути в Кашгар, на российско-китайские переговоры, Ковалевский снова исследовал Семиреченскую область: район озера Балхаш, долины рр. Аягуз, Лепсы, Аксу, Карпатал. Заключенный с китайцами Кульджинский трактат по сути легализовал русскую колонизацию Семиреченской области и Заилийского края.[229]

Возникает Семиреченское казачье войско, растут как грибы русские поселения в Заилийском крае. В 1854 г., для защиты киргизов-кайсаков Большой орды от нападения каракиргизов и кокандцев, создано укрепление Верное у подножия Заилийского Алатау, на р. Алматы. В это время в предгорьях Тянь-Шаня уже существует около 60 русских поселений, половина крестьянских, половина казачьих.

Императорским указом от 19 мая 1854 г. в южносибирской степи образовано две области: Семипалатинская с центром в Семипалатинске и область Сибирских киргизов с центром в Омске, в которую включались округа Кокчетавский, Кушмурунский. Акмолинский, Барнаульский и Каркалинский.

Система управления киргиз-кайсаками в западно-сибирском генерал-губернаторстве оказалась настолько успешна, что киргиз-кайсаки Каратау, подвластные Кокандскому ханству, стали обращаться к генерал-губернатору с просьбой прислать к ним войско для защиты от кокандцев и принять их в российское подданство.

Уважение, оказанное русскими властями к вере и обычаям киргиз-кайсаков, подтолкнуло каракиргизские роды с Тянь-Шаня (совр. Киргизия) к добровольному присоединению к империи. Первым это сделал род Богу, кочующий к востоку и югу от Иссык-Куля.