Выйдя на свободу, Боннивар был обрадован тем, что увидел Женеву свободной и преобразованной; республика поспешила высказать ему свою благодарность и вознаградить его за вынесенные им бедствия: в июне 1536 года он был возведен в звание женевского гражданина, республика принесла ему в дар дом, где некогда жил генеральный викарий, и назначила ему пенсион в двести золотых экю на все время его пребывания в Женеве. В 1537 году он был выбран членом Совета Двухсот.
Боннивар продолжал служить на пользу своих сограждан: позднее, после того как он помог Женеве стать свободной, ему удалось также сделать ее веротерпимой. Боннивар убедил Совет предоставить духовенству и крестьянам достаточно времени для обсуждения сделанных им предложений; он достиг цели своей мягкостью; для того чтобы успешно проповедовать христианство, нужно действовать любовью и кротостью.
Боннивар был ученым; его рукописи, сохраняющиеся в Публичной библиотеке, доказывают, что он хорошо знал латинских классиков, а также обладал обширной эрудицией в области богословия и истории. Этот великий человек любил науку и полагал, что она может составить славу Женевы; поэтому он всячески старался насадить ее в городе, начавшем жить самостоятельно, В 1551 году он подарил городу свою библиотеку и положил этим основание нашей Публичной библиотеке; книги Боннивара и составляют часть редких прекрасных изданий XV века, имеющихся в нашем собрании. Наконец, в том же году этот истинный патриот назначил республику своей наследницей, под условием, что она употребит его состояние на содержание коллежа, основание которого проектировалось тогда.
Боннивар умер, по всей вероятности, в 1570 году, но точно установить дату его смерти нельзя, потому что в списках умерших есть пробел от июля 1570 года до 1571-го».
Жан Сенебьер. Histoire Lettèraire de Genève (1786, I, 131–137)