После нового казацко-крестьянского восстания в 1625 году, после переговоров у Курукова озера, была подписана «ординация», которой реестр казаков был установлен в 6000 воинов в составе 6 полков, делившихся на сотни. Во главе казачества стояла казацкая старшина в составе старшого, обозного, писаря, войскового судьи и есаулов. Не попавшие в реестр казаки назывались «вы-писчиками» и не считались казаками.
В 1630—1638 годах на Украине прошли восстания казаков и крестьян во главе с Тарасом Федоровичем, Сулимой, Павлюком, Гуней, Остряницей. Поляки хотели уничтожить украинское казачество, естественно, не смогли, но восстания подавили.
Очередное католическое наступление на украинское православие послужило мощным толчком к развитию просвещения и культуры на Украине в целях защиты украинского народа от католической агрессии. Большую роль здесь сыграл киевский митрополит восстановленной православной церкви Петр Могила.
Положение украинского крепостного крестьянства постоянно ухудшалось. Польских панов интересовали только доходы, они творили произвол и насилие. Была отменена «ординация» 1625 года, даже реестровых казаков делали крепостными. Городское население беднело. Опять поляки стали отбирать православные церкви, запрещали проводить богослужения. В украинские города ставили польские военные гарнизоны. И доставились.
Началась Освободительная война украинского народа во главе с бывшим сотником реестрового войска Богданом Хмельницким 1648—1654 годов.
Казачество и крестьянство разбили поляков в сражениях у Желтых Вод под Корсунем, Пилявцами, Зборовом. Под Берестечком на Волыни во время сражения крымский хан захватил Б. Хмельницкого и ушел с поля битвы. Через несколько дней Б. Хмельницкий был освобожден. Под Батогом на Подолии Хмельницкий снова разбил поляков. Под Жванцем гетман дрался с королем Польши.
Сил казаков явно не хватало для победы и создания независимой Украины. В январе 1654 года Левобережная Украина на правах автономии вошла в состав Московского царства.
Н. Березин писал: «По выражению польского летописца, «хлопы разложили в приднепровских пустынях огонь, зарево которого охватило небо всей Польши». Да, огонь ненависти тлел, плохо прикрытый золой, но скоро он вырвался на волю и пошел гулять по всему простору украинской земли. Страна, истекая кровью, теряла силы, и не было надежды добиться своего. В этом положении Хмельницкий в отчаянии искал помощи на стороне. Но кто мог помочь Украине! Крымский хан был вероломен, султан турецкий силен, но далеко, единоверная же Москва с политическою изворотливостью вела переговоры
о присоединении, и за посулами ее чувствовалась та же неволя, какую Украина пережила под властью Польши.
Из всех трех соседей союз с единоверной Москвой представлялся малорусскому народу и его вождям наименьшим злом.
Хотя войны, последовавшие за вмешательством Москвы в малорусские дела и внутренние смуты на самой Украине, не прекращались, как не прекращались нашествия татар и турок и борьба с Польшей, тем не менее в это время малорусский народ, избавившись от тяжкого ига панов, быстро оправился от перенесенного разорения. Вскоре по договору с Польшей Левобережная Украина, в которую народ не переставал бежать на «вольные земли» с правой стороны Днепра, вошла в состав Московского государства, в то время как Правобережная явилась предметом раздора между Польшей, Турцией и собственными гетманами. Эти смуты и явились причиной того, что земля пустела. Энергичный гетман той стороны Петр Дорошенко сделал было попытку отдаться под покровительство Турции, но так как Турция не могла дать прочной защиты стране и, кроме того, подданство басурманской державе претило духу народа, то попытка эта окончилась неудачей, и Правобережная Украина в конце концов вновь очутилась во владении Польши. С этого времени судьба обеих половин, правобережной, или собственно Украины, и Левобережной, или Гетманщины, также называемой Слободской Украиной, по имени слобод, основанных там переселившимися с правой стороны казацкими полками, надолго разделилась».
На обоих берегах Днепра были свои гетманы.
На Правобережье велась постоянная борьба за власть. В результате турецкие нашествия разорили его и превратили в пустыню. Сейм вынес в 1699 году, после заключения мира с Турцией, решение об уничтожении казачества и с трудом подавил восстания Палия и Искры. Борьба украинцев Правобережья с поляками продолжалась до раздела Польши и присоединения к России.
На Левобережье постепенно пришли московские порядки. Столица из Глухова была перенесена в Батурин — там выбирали казаки гетманов Левобережья.
В 1687 году гетманом был избран Иван Мазепа, перед Полтавской битвой перешедший на сторону шведского короля Карла XII, воевавшего с Петром. Карл XII был разбит, и вместе с ним Мазепа бежал в Турцию. Батурин был стерт с лица земли, Запорожская Сечь, бывшая на стороне Мазепы, уничтожена, к 1725 году ликвидировано и гетманство — Украиной управляла Малороссийская коллегия. После смерти Петра I гетманство восстановили, но ненадолго. В 1750 году последним украинским гетманом стал К. Разумовский.
Казацкое войско на Слободской Украине было уничтожено при Екатерине II, сама территория в 1765 году была переименована в Слободскую Украинскую губернию. Новая Сечь, созданная в 1734 году, также была ликвидирована в 1775 году. Запорожцы ушли в Турцию и создали там Задунайскую Сечь.
В 1764 году указом Екатерины II было уничтожено гетманство. Малороссийская коллегия «из 4-х великороссийских и 4-х малороссийских персон» и прокурора стала управлять Украиной. За 14 лет до этого ликвидировали таможенную границу между Россией и Украиной. Автономия Украины в составе Российской империи была бы ликвидирована — но помешала Русско-турецкая война 1768—1774 годов. Из вернувшихся из Турции и своих казаков было образовано Черноморское казачье иойско, которые по окончании очередной Русско-турецкой войны (1787—1791) переселились на Тамань. Автономия Украины была уничтожена. Она вошла в состав России. В 1783 году на Украине была введена подушная подать, запрещен переход от одного помещика к другому. Из бывшего казачьего войска были созданы регулярные казачьи полки.
«Конец вольной Сечи знаменовал собой и конец украинской самостоятельности, — писал Н. Березин. — Последующая история Малороссии, как Гетманщины, так и Украины, оставшейся во владении Польши, печальна и мрачна. Пока существовала Польша, малорусский народ не переставал делать попытки сбросйть с себя рабское иго, наложенное на него панами, которое становилось все тяжелее.
Особенной свирепостью отличалось крестьянское восстание, известное под именем Колиивщины и поднятое Железняком и сотником Гонтой. Но это были последние вспышки догоравшего огня — стремления к воле и земле.
Когда Польша оказалась поставленной между тремя соседними государствами — Россией, Пруссией и Австрией, большая часть польской Малороссии отошла к России. Гетманы и все старинное собственное управление были упразднены, народ был обращен в крепостное состояние. Громадные пространства плодородных земель, очутившихся в руках русского государства, благодаря присоединению Малороссии и Новороссии, сосредотачивались вскоре в руках вельмож, которым они были пожалованы за разные заслуги, или же эти земли были расхищены и скуплены местными владельцами. Состояние Малороссии, как в отношении внутреннего управления, так в отношениях между сословиями, перестало, начиная с Екатерины II, различаться от того, что существовало в остальной России. Малорусские помещики, потомки войсковой старшины и состоятельных казаков, успели добиться для себя равных прав с русским дворянством и таким образом отделили свою судьбу от народа... Как скоро источником, из которого расточались земные блага, стала не столица гетманов с ее старинным укладом малорусской жизни, со всеми чисто малорусскими воззрениями, нравами и языком, а далекий и чуждый народу Петербург, малорусское дворянство устремилось на новый огонек, спеша расстаться с наследием отцов. С переменой одежды меняли язык, приучаясь к светскому обращению и строю жизни, посылая учиться детей в Москву и Петербург. На месте оставались какие-нибудь мелкопоместные Иваны Ивановичи и Иваны Никифоровичи, Афанасии Ивановичи и Пульхерии Ивановны. Народ, подавленный игом тяжелого рабства, которое он героическими усилиями пытался сбросить с себя на протяжении всей своей многострадальной истории, остался предоставленным себе».