Существенно важно для понимания общей противоречивости идейной и художественной структуры «Соборян» то обстоятельство, что врагами неистового правдолюбца Туберозова оказываются не только духовные и светские чиновники, представляющие административный аппарат самодержавно-крепостнического государства, но и бывшие «нигилисты». Более того: бывшие «нигилисты» действуют в книге сообща, в союзе с чиновниками в рясах и вицмундирах. Так же как и в романах «Некуда» и особенно «На ножах», Лесков показывает не передовых людей 60-х годов, а своекорыстную и анархиствующую человеческую накипь, которая живет по принципу «все позволено» и которая не стесняется в средствах ради достижения своих мелких целей. Здесь, в изображении козней чиновников Термосесова и Борноволокова, которых Лесков настойчиво стремится выдать за бывших представителей передового общественного движения эпохи, Лесков допускает грубый выпад против прогрессивных общественных кругов.

Ошибка эта связана с общей противоречивостью идейного состава «Соборян». Лесков не считает бунт протопопа Туберозова явлением случайным и частным: в этом бунте, по мысли писателя, отражается общий кризис крепостнического строя и распад старых сословно-классовых связей. В применении к Туберозову не случайно в книге настойчиво употребляется слово «гражданин», сам непокорный церковнослужитель свое неистовое буйство осмысляет как акт гражданского служения, выполнение общественного долга, который возникает перед каждым человеком любой сословной группы в новых исторических условиях. Особая острота борьбы Туберозова с Термосесовыми, Борноволоковыми и Препотенскими, по мысли протопопа и самого автора, состоит в том, что «это уже плод от чресл твоих возрастает», как выражается Туберозов, или, иначе говоря, действия Борноволоковых и Термосесовых представляются Лескову одной из форм общественного кризиса, который выражался и в дореформенной деятельности людей типа самого Туберозова. Туберозов и Борноволоковы борются на одной исторической почве, разный способ их действий имеет одну и ту же общественную предпосылку — исторический кризис крепостничества.

Омертвению и распаду старых общественных форм, крайностям «нигилизма» Туберозов противопоставляет идею духовной самобытности национального развития. Согласно его мысли, особая трудность положения в пореформенную эпоху состоит именно в поисках самобытных путей национального развития: «иносказательная красавица наша, наружная цивилизация, досталась нам просто; но теперь, когда нужно знакомиться с красавицей иною, когда нужна духовная самостоятельность… и сия красавица сидит насупротив у своего окна, как мы ее достанем?» Самобытные пути национального развития, по Лескову, предполагают чувство единства и органичности национальной истории. Одним из центральных эпизодов «Соборян» является эпизод с «плодомасовскими карликами», рассказ дворового человека, карлика Николая Афанасьевича о своей жизни у боярыни Плодомасовой. Боярыня Плодомасова дается Лесковым как оригинальный, цельный характер крепостнической эпохи. Она и умна, и смела, и даже по-своему добра. Она хорошо относилась к своему дворовому карлику, но он никогда не был для нее человеком, личностью. Она готова женить его для своей потехи, приходит в неистовство, когда это не удается, она осыпает его благодеяниями, но ей никогда не приходит в голову то, что карлик — не орудие ее потехи или ее благодеяний, а самостоятельная личность, со своей собственной и довольно сложной душевной жизнью. Оригинальность лесковского построения здесь в том, что карлик бунтует в тот самый момент, когда он, казалось бы, находится на вершине благополучия: боярыня освободила «от крепости» всю его семью и всячески облагодетельствовала его самого. Даже до кроткого, смиренного карлика доходит то, что сами эти благодеяния — форма произвола, своеобразная прихоть, и что сам он как личность, как человек — в соображение не принимается. Плодомасова раздавила, предельно оскорбила карлика благодеяниями, вызванными прихотью, произволом, принявшим форму «добра». Обезумевший карлик кричит в лицо своей благодетельнице: «Ты! Так это все ты, жестокая, стало быть, совсем хочешь раздавить меня благостию своей!» Позднее, уже после смерти Плодомасовой, карлик с умилением вспоминает о своей «благодетельнице», и чем больше он умиляется, тем страшнее читателю. Оскорбленное человеческое достоинство только на минуту прорвалось гневом, дальше пошла идиллия. Умиление карлика — форма обесчеловеченности человека. Далее в идейной концепции книги происходит своеобразный и очень резкий перелом: оказывается, главной проблемой в борьбе с крепостничеством является проблема личности, личного достоинства. Личное достоинство обретается только в осознанном единстве, связи с национальным историческим развитием. Протопоп Туберозов делает следующие выводы из рассказанного карликом: «Да, вот заметьте себе, много, много в этом скудости, а мне от этого пахнуло русским духом. Я вспомнил эту старуху, и стало таково и бодро, и приятно, и это бережи моей отрадная награда. Живите, государи мои, люди русские, в ладу со своею, старой сказкой. Чудная вещь старая сказка! Горе тому, у кого ее не будет под старость!» Чисто личные отношения, чисто личный конфликт между крепостником и рабом — это и есть одна из форм «старой сказки». Конфликт находит разрешение в нравственной сфере. И в современных условиях необходимо опираться в своей борьбе на «старую сказку», на национальную самобытность развития, которая является источником своеобразия личности, источником ее морального совершенства. Протопоп Туберозов в своем бунте против бюрократически оцепенелых форм казенной церкви и омертвевшей государственности опирается на протопопа Аввакума, на «старую сказку», на вырабатываемые в процессе национального развития «вечные» нравственные нормы. Его бунт — это бунт личности, яркой, красочной и самобытной, против омертвевших общественных норм. Проблематику национальную и моральную Лесков противопоставляет проблематике социальной — в этом источник крайней идейной противоречивости «Соборян». Этим же объясняется и наличие реакционных выпадов против передового общественного лагеря на страницах книги.

Самые впечатляющие страницы «Соборян» — это рассказ о трагической гибели буйного протопопа, естественно оказавшегося бессильным в своей одинокой борьбе с церковной и полицейской бюрократией. Соратником Туберозова в этой борьбе становится дьякон Ахилла Десницын, которому оказалось «тяжело нашу сонную дрему весть, когда в нем в одном тысяча жизней горит». Дьякон Ахилла не случайно поставлен в книге рядом с трагически сосредоточенным в себе «праведником» Туберозовым. Дьякон Ахилла только по недоразумению носит рясу и имеет в ней необыкновенно комический вид. Превыше всего он ценит дикую верховую езду в степи и даже пытается завести себе шпоры. Но этот человек, живущий непосредственной, бездумной жизнью, при всей своей простодушной красочности, тоже «уязвлен» поисками «праведности» и «правды» и, как сам протопоп, не остановится ни перед чем в служении этой правде. Дьякон Ахилла всем своим обликом и поведением в не меньшей степени, чем Туберозов, свидетельствует о разрушении старых сословных бытовых и нравственных норм в новую эпоху. Комическая эпопея поездки Ахиллы в Петербург отнюдь не комична по своему смыслу: это эпопея поисков правды. Ахилла и Туберозов, по замыслу Лескова, представляют собой разные грани единого в своих основах национального русского характера. Трагедия протопопа — в его непримиримости. Даже после антицерковной проповеди в храме дело могло легко уладиться. Церковная и светская бюрократия настолько прогнили в самом своем существе, что им важнее всего декорум порядка. Протопопу достаточно было принести покаяние, и дело было бы прекращено. Но «выломившийся» из своей среды протопоп покаяния не приносит, и даже гибель протопопицы не вынуждает его к раскаянию. Ходатайства карлика Николая Афанасьевича приводят к тому, что Туберозова отпустили домой, но он все-таки, вплоть до смертного мига не кается. В финале не случайно столкнулись фигуры плодомасовского карлика и неистового протопопа — они представляют, по Лескову, разные этапы русской жизни. При выходе из своей среды в мир межсословных отношений Настя и Катерина Измайлова оказались жертвами обрушившегося на них строя. Туберозов до конца держит свою судьбу в своих руках и ни с чем не примиряется. Композиционно книга построена иначе, чем ранние вещи Лескова. Больше всего разработана тема бунта Туберозова, тема межсословных отношений, в пределах которой наиболее отчетливо выступает яркий, непреклонный, непримиримый характер героя. После смерти Туберозова яростный бой за его память ведет дьякон Ахилла способами, свойственными его личности, ведет как достойный наследник удалой Запорожской сечи, и в этом бою тоже наиболее рельефно выявляется его национально-своеобразный характер, как характер «праведника» и «правдоискателя». В своих итогах «великолепная книга» оказывается книгой раздумья над особенностями и своеобычностью национального характера.