Заканчивается Пражский период изданием «Книги Судей». Она издана Скориною для возбуждения у народа надежды на Господа, «к науце нам, Христианом» — когда грешим, то укрепляются наши враги душевные и телесные; когда же каемся и исправляемся, — говорит он в Предисловии, — то Господь посылает нам избавителей для душ и телес наших. Есть предположение (согласно сообщения того же Пылко Полинского), что Скорина в Праге предпринял 1-е издание «Апостола» (в 1519 г.), который им издавался трижды, хотя и дошёл до нас только в последнем издании — издании 1525 года.
В 1520 году в Праге и в Чехии возникла эпидемия смертельной страшной болезни. Без сомнения, Скорина, как Доктор медицины, принял самое деятельное участие в борьбе с этой эпидемией. Когда же эпидемия утихла, то осенью 1520 г. в стране начались гражданские беспорядки, и стало беспокойно там работать и жить.
Поэтому, Скорина перебрался в Вильно под покровительство каштеляна Виленского, князя Константина Остожского, друга и покровителя православных. Он посвящает ему свои труды, как бы отдавая их под его крепкую защиту. А следующие полтора года уходят на подготовку книгоиздательского дела в Вильно.
С 1522 г. с благословения только что вступившего на престол Киевских Митрополитов Иосифа III, бывшего Полоцкого Архиепископа и прежнего его духовного отца и руководителя, Скорина начал в Вильно новый этап своей книгоиздательской деятельности. На этот раз он начал издавать книги, относящиеся к православному Богослужению, чтобы удовлетворить неотложные нужды в этом православных русских людей.
В 1522 г. Скорина издал «Малую Подорожную Книгу». Судя по её названию, она предназначена для домашнего (или дорожного) употребления, для молитв дома и в путешествиях — хотя некоторые её части вполне могут быть употребляемы и в церковном Богослужении. Эта книга — нечто вроде «Следовательной Псалтири» того времени.
В неё входят: Псалтирь, Часословец, Шестодневец (службы на всю седмицу), Акафисты и Каноны (тоже седмичный круг), Месяцеслов и Пасхалия на 20 лет. Возможно, в том же 1522 г. появилось и 2-е издание «Апостола», как сообщает Пылко Полинский5), и др.
В 1525 году появилось третье издание «Апостола», которое и дошло до нашего времени. Апостол был издан в таком порядке, в котором и ныне употребляется в православном Богослужении. В нём имеются: Деяния Св. Апостолов, семь Соборных посланий, 14 посланий Св. Ап. Павла, затем — указания чтений на каждый день годового и помесячного кругов. В этом Указателе указаны не только чтения Апостолов в тот или иной день или праздник, тому или иному Святому, но указаны и прокимны, аллилуарии и даже чтения Евангелий.
«Апостол» издан малым форматом, удобным для домашнего употребления. Но он вполне мог употребляться и в церковном Богослужении. Ибо все тексты, которые в этой книге, разделены на «зачала», соответствующие зачалам в нашем теперешнем Богослужебном «Апостоле». Соответствуют нашему «Апостолу» и указания чтений на разные дни и праздники, прокимны и аллилуарии. Как и в наших Богослужебных «Апостолах», Апокалипсиса в конце книги не имеется, так как он не читается во время Богослужений.
В Святцах (месяцеслове), помещённых при «Апостоле» и при «Малой Подорожной Книжке», отсутствуют упоминания о римо-католических святых. Зато упоминаются все русские святые, прославленные Русской Православной Церковью как на Востоке, так и на Западе. Нет там и имени «Франциск» — хотя в послесловиях к каждой изданной в Вильне книге, в т. ч. и в «Апостоле» и «Малой Подорожной Книге», указывается, что книга издана Доктором в лекарских (и науках «вызволеных») Франциском Скориною из славного города Полоцка. Это написание имени «Франциск», (и непременно всегда в соединении с Докторским званием!), также, как и помещение во всех изданиях «герба» Скорины (солнца и луны в фазе затмения) и прочие особенности, присущие не только Пражским, но и Виленским изданиям — скорее всего, — меры, предпринятые Скориною в охранных целях.
Православный же характер изданий Скорины говорит сам за себя. Это: разделение Псалтири на кафизмы и славы, соответствующие нашему разделению; помещение в ней текстов Священного Писания, соответствующих песням канона; язык Псалтири, который Скорина оставил почти без изменений церковно-славянским, «не рушаючи»; характер его месяцесловов; порядок «Апостола» с зачалами и указаниями чтений и прокимнов, соответствующим нашим современным; отсутствие упоминаний римо-католических святых в Святцах — и упоминание всех русских Святых Православной Церкви; неоднократное упоминание слова «Православных» (напр.: «Утверди, Боже, Святую православную веру православных христиан во век века» и т. п.); в молитвенных оборотах, помещённых в «Малой Подорожной Книжке»; упоминание того, что чинопоследование молитвословий составлены по уставу всех Восточных Церквей или «Ерусалимской Церкви»; характер текста канонов, акафистов, стихир и прочих молитвословий, текст которых не отличается от текстов, принятых в Православной Церкви в настоящее время, (за исключением, разве, некоторых слов); отсутствии в Символе Веры, который помещён Скориною в Часословце «Филиокве» — («и в Духа святаго... от Отца и Сына исходящего» — римо-католические прибавки) — всё это говорит о православном характере его Виленских изданий.
А так как Виленские его издания — это продолжение Пражских, (среди которых имеется Псалтирь), с ясно выраженным православным характером (как и в Виленкой Псалтири), а, возможно, и «Апостол» 1519 г. (первый его выпуск), то можно ручаться за православный характер и его Пражских изданий.
Отсутствие «Филиокве» в Символе веры у Скорины говорит за то, что его издания были не только не католическими, но и не униатскими. Ибо, униаты, принявшие Флорентийскую унию, приняли и «Филиокве» и помещали в Символ Веры.
Про протестантство и гусизм и говорить нечего. Ибо эти конфессии тоже имели в своих Символах Веры «Филиокве». Я уже не говорю о других отличиях их от Православия, — в духе, в учении и в Богослужебной практике.
После 1525 г., по некоторым неблагоприятным обстоятельствам, прекратилась издательская деятельность Скорины6). Хотя, надо сказать, попытки возобновить её были и позже.
Женитьба Скорины на вдове виленского радцы Юрия Адверника принесла Скорине много неприятностей. Родня его жены и покойного её мужа затеяла с молодой супружеской парой судебный процесс за дом и имущество жены. Можно предположить, что мать его жены (Дорота Станиславовна) была католичкой. Она отказала дом и имущество не Маргарите (возможно, как принявшей Православие, или, во всяком случае, как вышедшей замуж за Скорину, поборника Православия), а второй дочери своей Анне.
Процесс шёл с переменным успехом. Сначала имущество присудили Маргарите и её мужу Скорине, а потом, путём судебных придирок, их имущество было у них конфисковано.
Возможно, между 1525 и 1529 годами Скорина посетил единоверную Москву с целью распространения там своих изданий и налаживания там книгопечатания. Но он был там не понят из-за особенностей языка своих изданий, гравюр, оформления книг, которые показались в то время чуждыми духу московских людей, а тем более — из-за имени «Франциск».
В 1529 г. Скорина едет в г. Познань для участия в деле раздела наследства умершего брата Ивана, и получает на свою долю часть товара, который заключался в некотором количестве шкур и мехов.
В 1530 году Скорина вынужден был уехать в Кенигсберг по приглашению герцога (в некоторых документах — короля) Альбрехта, и устроился у него на работу. Но весть о тяжёлом положении его семьи заставила его вскоре возвратиться в Вильно.
Однако и тогда он ещё не оставил мысли продолжить свою книгоиздательскую деятельность. Это видно из того, что он тайно увёз из Кенигсберга королевского книгопечатника. Но по жалобе Альбрехта Старшего Гаштольду, воеводе Виленскому, этот печатник, очевидно, снова был возвращён в Кенигсберг. А пожар в Вильно 1530 года, уничтоживший три четверти города, наверное, не пощадил и уничтожил всю или часть его виленской типографии. Таким образом, его книгоиздательская деятельность в Вильно было окончательно прекращена.