Монастырь Сакья контролировался аристократическим кланом Кхон, из числа представителей которого выходили иерархи этого направления буддизма. Школа Сакья-па не требовала обязательного безбрачия у духовных лиц, но существенным ограничением здесь было требование прекратить половую жизнь после рождения наследника. Однако сакьяские иерархи принимали монашеские обеты, что привело к установлению практики передачи сана настоятеля и первоиерарха школы от дяди к племяннику в рамках клана Кхон.
Доктрина школы Сакья-па восходила к учению индийского йогина, махасиддхи Вирупы, провозгласившего принцип «плод—результат», согласно которому цель пути непосредственно реализуется в процессе его прохождения. По философским взглядам последователи Сакья-па придерживались синтеза умеренной мадхьямаки и йогачары.
Несмотря на то, что представители школы Сакья-па отличались ученостью и были авторами многочисленных сочинений, эта школа прославилась прежде всего своей политической активностью в плане достаточно успешных попыток объединения Тибета в единое теократическое государство; в этом отношении иерархи Сакья-па, несомненно, были непосредственными предшественниками гелугпинцев. Сакьяс-цам практически удалось достичь этой цели, чему способствовали их тесные контакты с правителями монгольской императорской династии Юань в Китае.
Помимо основной ветви к школе Сакья-па примыкал еще ряд субтрадиций, наиболее влиятельной из которых было направление Джонанг-па (также по названию центрального монастыря этой субтрадиции), обозначенное известным британским буддологом Дж. С. Руеггом как «школа буддийских онтологов». Уникальностью Джонанг-па является ее исключительная ориентация на сутры, провозглашающие учение о Татхагатагарбхе в качестве высшей и окончательной доктрины, что роднит ее со школами китайского буддизма. Придавали большое значение джонагпинцы и практике йоги, уделяя особое внимание знаменитой «Калачакра тантре» («Тантра Колеса Времени»). Противники обвиняли последователей Джонанг-па в том, что ее учение находится под влиянием небуддийских, брахманистских идей, что вряд ли соответствовало действительности. Тем не менее, в XVII в. гелугпинцы, установившие контроль своей школы над Тибетом, запретили направление Джонанг-па как «еретическое», оно почти прекратило свое существование и возродилось только во второй половине XIX в.; в настоящее время эта школа насчитывает несколько тысяч последователей. Однако гелугпинцы вряд ли были искренни в объяснении мотивов своих репрессий — например, они не предприняли никаких акций против школы Ньингма-па, хотя ряд ее доктрин и форм практики гораздо дальше отходили от общепринятого в Тибете буддийского стандарта. Скорее причиной запрета Джонанг-па стало то обстоятельство, что ее активно поддерживали феодальные кланы, решительно противившиеся установлению в Тибете теократии Далай-лам.
Несмотря на то, что Джонанг-па никогда не была особенно многочисленна, она дала миру одного выдающегося буддийского ученого — Таранатху (Дараната Гунга Ньинбо, 1575—1634). Таранатха был историком, знатоком санскрита, собирателем и восстановителем памятников истории Тибета. Он перевел ряд санскритских грамматических сочинений, но прославил Таранатху его собственный труд — знаменитая «История буддизма в Индии» (1608 г.). «Перерождениями» Таранатхи считались ургинские хутухты — первоиерархи монгольской буддийской «церкви».
Позднее других оформилась в качестве организованной школы Ньингма-па, хотя само это название и означает «старая», или «древняя», поскольку ее последователи считали, что они хранят верность тому буддизму, который принес собой в VIII в. из Индии Падмасамбхава, почитаемый ими как Гуру Римпоче («Драгоценный Учитель»), и отвергают все пришедшие в Тибет позднее доктрины и формы практики как ненужные нововведения. Таким образом, ньингмапинцы являются своеобразными «старообрядцами» Тибета.
Действительно, многие ритуалы и другие ньингмапинские формы практики содержат в себе достаточно много не буддийских, а шаманских (по-видимому, бонских) элементов — показатель того, что своими корнями Ньингма-па уходит в период, когда буддийская традиция в Тибете еще не установилась. Связь Ньингма-па с ранним периодом истории буддизма в Тибете видна и из наличия в ее методах отчетливого китайского (чаньского) субстрата, на что уже указывалось при разговоре о последствиях полемики в Самье. Кроме того, ньингмапинцы имеют свою классификацию тантр и свой канон. Они не признали новые, усовершенствованные переводы санскритских текстов, сделанные в XI—XII вв., оставшись верны архаичным трудам ранних переводчиков. С одной стороны, санскритские оригиналы многих тантр ньингмапинской традиции неизвестны, с другой — ньингмапинцы не признают авторитета иных безусловно аутентичных тантр, не обнаруженных, однако, в Тибете до XI в. (к последним относится, например, «Калачакра тантра», считающаяся другими школами вершиной мистических учений Ваджраяны). Огромную роль (часто большую, нежели собственно переводные санскритские тексты) в школе Ньингма-па играют тексты из так называемых терма, «кладов» (эти тексты называются также терчой): ньингмапинцы утверждают, что часть этих текстов была спрятана самим Падмасамбхавой, поскольку в его время тибетцы еще не могли понять их, а часть — буддистами во время гонений Лангдармы Терма стали активно «открываться» с XI в., но пик этого процесса пришелся наXIV в.: это время и может считаться периодом организационного оформления школы.
Школа Ньингма-па дала нескольких крупных мыслителей — это, прежде всего, Лонгчэнпа, или Лонгчэн Рабджампа (Нацог Рандол, 1308—1363), писавший в основном по вопросам Дзог-чэна и доксограф Ми-пхам Гьямцо/Джамцо (1846—1912), которому принадлежат также сочинения по философии Махаяны.
Для ньингмапинской традиции характерно отсутствие больших монастырей и предпочтение практики в затворничестве (ритод) — индивидуальной или в составе небольшой группы.
В XIX в. на базе Ньингма-па возникает новое, «внешкольное» движение тибетского буддизма, известное как Риме (Рис-мед). Оно возникло в местности Кхам благодаря деятельности таких лам, как Шеванг Норбу и Ситу Панчэн. Важную роль в новом движении сыграли также Джамгон Конгтул (1813—1899), Джамъян Кхьенце Ванг-бо (1820—1892) и упомянутый выше Ми-пхам Гьямцо. Последователи Риме утверждали, что помимо изучения и практики традиции собственной школы необходимо также приобщаться к другим традициям буддизма, независимо от их школьной принадлежности. В настоящее время небольшие общины Риме имеются и в России (Москва, Санкт-Петербург).
Хотя Ньингма-па не получила значительного распространения за пределами Тибета и гималайского региона (особенно, Сикким), тем не менее отдельные последователи этой школы встречались и в Монголии, и в Бурятии; есть данные о значительной роли ньингмапинских лам в распространении буддизма в Туве. В настоящее время в России существует несколько русскоязычных ньингмапинских общин и групп, практикующих Дзог-чэн (например, в Москве и Санкт-Петербурге). Важную роль в знакомстве российской публики и верующих-буддистов с Дзог-чэн (а также — с маха-мудрой) сыграла деятельность бурятского буддийского йогина и ученого-буддолога и тибетолога Бидии Дандаровича Дандарона (1914—1974), репрессированного за проповедь буддизма и создание неофициальной религиозной группы в 1972 г. и вскоре умершего в заключении.
XI—XIV вв. — период активной переводческой деятельности, начатой Атишей и его учениками. Именно в это время не только делаются новые адекватные переводы санскритских текстов, но и формируется тибетская Трипитака — Ганджур (Кангь-юр) и «второканоние» (Данджур/Тангьюр). Уже первые переводчики (лоцзавы) санскритских текстов на тибетский столкнулись со сложнейшей проблемой: в языке незатейливых горцев просто не было слов для передачи изощренной религиозно-философской терминологии буддизма. В результате сложнейшей филологической работы тибетские монахи и их индийские помощники фактически создали новый, в значительной степени искусственный, тибетский язык, изобретя огромное количество неологизмов, калькирующих санскритский термин. При этом тщательно соблюдался принцип единообразия: один и тот же санскритский корень или аффикс всегда передавался одним и тем же тибетским корнем (в отличие от флективного санскрита тибетский язык является изолирующим и, следовательно, корневым). Калькирование велось таким образом: сложное слово «бодхисаттва», например, состоит из двух простых слов: бодхи — «пробуждение» и саттва — «существо»; тибетцы перевели его как чан-чуб сем-па, где чан и чуб почти синонимичны и означают «светлый», «ясный», «чистый», а сем-па — «существо». Соответственно, сочетание чан-чуб передавало и само слово бодхи (правда, слово «Будда» передавалось другими корнями — сан-гъе, а Шакьямуни звучало как Шакьятуб-па, что, строго говоря, должно было бы передавать несуществующее санскритское слово «Шакьясиддха»; но это скорее исключение из правила). В результате тибетские переводы оказались фантастически точными, и, как правило, они достаточно удобны для реконструкции исходного санскритского текста. Сказанное выше касается именно «новых» переводов XI—XIV вв., ранние же (до периода правления Лангдармы) достаточно аморфны и описательны, хотя общие принципы перевода существовали уже в то время. Кроме того, ранние переводы иногда делались с китайского, а не с санскритского оригинала. Теперь переводятся только санскритские тексты; практика двойного перевода отброшена.