45-см авиаторпеда попала в кормовую часть правого борта над правым внешним гребным винтом примерно в шести метрах под ватерлинией. Взрыв 227-кг боевого зарядного отделения торпеды произвел существенные разрушения: бортовая обшивка имела пробоину размерами примерно 9x3 метра, коридор правого внешнего гребного вала интенсивно затапливался, сам вал имел деформации и был заклинен, как и вспомогательный руль правого борта, продольные и поперечные переборки в районе четвертой электростанции получили многочисленные течи. Положение усугублялось еще и тем, что оказались незадраенными несколько водонепроницаемых люков и горловин в районе повреждения (и это по боевой тревоге!).
К 15.30 линкор потерял ход, принял в кормовую часть 3500 тонн забортной воды, имел дифферент на корму около 3 метров и крен на правый борт около 4,5 градусов. В это время от близких разрывов бомб, сброшенных самолетом «Бленхейм», вышла из строя рулевая машина главного руля и усилилась течь в кормовой части.
Аварийные партии предпринимали интенсивные меры по локализации распространения воды, герметизации и осушению помещений, однако их возможности существенно сокращались затоплением кормового отделения водоотливных насосов и недостатком переносных водоотливных средств. Тем не менее распространение воды к 16 часам было прекращено, контрзатоплением удалось ликвидировать крен и значительно уменьшить дифферент. В 16.42 удалось дать ход 10 узлов турбинами левого борта и к 18.20 довести его до 16 узлов.
Адмирал Якино информировал командование о положении своего соединения, состоянии «Витторио Венето» и запросил прикрытие с воздуха, в котором ему отказали, сообщив, что английское соединение из одного линкора и одного авианосца находится от него в 175 милях. Фактически же английский командующий адмирал А. Каннингхэм с тремя линкорами был уже в 50 милях, сокращая это расстояние на 7 миль за каждый час. В 19.00 «Витторио Венето», окруженный крейсерами и эсминцами, увеличил скорость до 19 узлов. В это время восемь торпедоносцев с «Формидебла» вновь атаковали итальянские корабли, добившись торпедного попадания в тяжелый крейсер «Пола», сразу же лишившего хода. В помощь поврежденному крейсеру Якино выделил еще два: «Зара» и «Фиуме» с двумя эсминцами, а сам с остальными кораблями продолжил отход. Оставшиеся итальянские корабли после захода солнца стали легкой добычей английских линкоров, расстрелявших их из своих 381-мм орудий в упор с дистанций 3 000—4 000 метров по данным своей радиолокации за считанные минуты. Этот бой вошел в морскую историю под названием сражения у мыса Матапан.
На протяжении всего перехода до Таранто на «Витторио Венето» продолжалась борьба с поступлением воды, из-за попадания ее в систему смазки главных упорных подшипников приходилось снижать скорость. Ремонт линкора занял четыре месяца, и лишь в августе он снова был готов к боевым действиям.
23 августа 1941 г. «Витторио Венето», «Литторио», четыре крейсера с эсминцами охранения вышли в море на перехват английского соединения, следовавшего из Гибралтара на Мальту и состоявшего из линкора «Нельсон», авианосца «Арк Ройял» и крейсера в охранении нескольких эсминцев. После того, как английский самолет-разведчик обнаружил итальянскую эскадру, английские корабли возвратились в базу. Вскоре и итальянцы последовали их примеру.
24 сентября конвой, включавший девять британских быстроходных транспортных судов, вышел из Гибралтара на Мальту. Относительно его охранения итальянская разведка не имела точных сведений и считала, что оно состоит из тех же кораблей, что и месяц назад. Однако фактически силы англичан кроме «Нельсона» и «Арк Ройяла» включали еще мощные линейные корабли: «Родней» и «Принс оф Уэлс». Англичане рассчитывали втянуть итальянский флот в решительное сражение и разгромить его. 26 сентября итальянская эскадра под флагом адмирала Якино в составе «Витторио Венето», «Литторио», пяти крейсеров и 14 эсминцев покинула Неаполь и отправилась на перехват английских кораблей. Вечером 27 сентября «Нельсон» получил попадание торпедой с итальянского самолета и остался вместе с конвоем, тогда как остальные боевые корабли проследовали на север для боя с итальянской эскадрой. Ни та, ни другая сторона не смогли обнаружить друг друга, хотя одно время несколько часов шли параллельными курсами на расстоянии около 70 миль. В 14.00 Якино приказал прекратить выполнение боевой задачи и возвращаться в базу.
13 декабря «Витторио Венето» и «Литторио» с охранением из четырех эсминцев осуществляли дальнее прикрытие важного конвоя. (5 транспортных судов), следовавшего в Триполи. При возвращении в базу 14 декабря в 08.59 у мыса Арми в Мессинском проливе «Витторио Венето» подвергся атаке английской подводной лодки «Урге», выпустившей по нему веером три торпеды. Одна из торпед взорвалась по левому борту в районе кормовой 381-мм башни. Сила взрыва 340 кг тротила была успешно поглощена конструктивной подводной защитой. В наружной обшивке образовалась пробоина размерами 13x6 метров, корабль принял 2 032 тонны забортной воды и получил крен 3,5 градуса на правый борт и дифферент на корму около 2,2 метра. Человеческие потери достигали нескольких десятков убитых и раненых. Контрзатоплением удалось уменьшить крен до 1 градуса, однако полностью устранить дифферент не удалось вплоть до возвращения в базу. Корабль прибыл в Таранто своим ходом, и его ремонт занял примерно четыре месяца.
«Витторио Венето» был снова готов к боевым действиям в июне 1942 г. В середине этого месяца англичане предприняли попытку провода двух конвоев на Мальту: одного (5 транспортов, линкор «Малайя», два авианосца, четыре крейсера и 17 эсминцев) из Гибралтара, а другого (11 транспортов под охраной средиземноморской эскадры) — из Александрии. Оба конвоя должны были подойти к Мальте одновременно. «Витторио Венето» и «Литторио» вышли в море из Таранто в 14.30 14 июня для перехвата западного конвоя, тогда как дивизия крейсеров из Палермо проследовала на перехват восточного.
Планировавшийся на 9.30 перехват восточного конвоя не состоялся вовремя из-за непрекравшихся с 3.40 до 9.30 интенсивных воздушных атак английских и американских самолетов, достигших, несмотря на противодействие немецких истребителей, попадания торпедой в тяжелый крейсер «Тренто» и авиабомбой — в первую 381-мм башню «Литторио». В 15.00 Якино понял, что ему предстоит ночной бой, к которому слабо подготовленные итальянские экипажи были совершенно непригодны, и изменил курс таким образом, чтобы выйти на перехват следующим утром, а затем и вовсе отменил операцию. При отходе итальянские корабли вновь подверглись торпедной атаке английских «Веллингтонов». На этот раз в условиях отсутствия воздушного прикрытия линкор «Литторио» получил попадание авиаторпедой. Поврежденный тяжелый крейсер «Тренто» двумя торпедами добила английская подводная лодка «Амбра». Остальные итальянские корабли благополучно возвратились в свои базы. Следствием операции явилось возвращение в Александрию восточного конвоя и прорыв в Ла Валетту лишь одного транспорта из состава западного конвоя.
Эта боевая операция оказалась последней для «Витторио Венето», так как серьезная нехватка топлива сделала невозможным какое-либо активное использование крупных боевых кораблей. 12 ноября он совместно с «Литторио» перебазировался из Таранто в Неаполь, а затем 6 декабря вместе с присоединившимся к ним линкором «Рома» в Специю. Линейные корабли уже практически не выходили в море и использовались в качестве плавучих зенитных батарей. Заградительный огонь по самолетам противника вели даже 381- и 152-мм орудия, для чего в их боекомплекты включили фугасные снаряды с дистанционными взрывателями.