Он включал в сферу науки некоторые теологические положения, такие как то, что Бог существует, что Он един, и даже достаточно спорное положение о том, что Он создал мир из ничего. Тем не менее, он отказался от стремления схоластов превратить веру в знание. Но прорыв был совершен, и следующему поколению философов уже легко было выделить теологию из науки. Но и для Скота теология перестала быть наукой, которая обладает какими бы то ни было достоинствами, поскольку ее принципы не выводились с достаточной очевидностью. В конечном счете, он не стремился принизить ценность теологии: сверхъестественная истина, которая выходит за пределы разума, является незыблемой и обладает даже таким уровнем истинности, который недоступен естественному разуму. Анализ Скота не подвергал сомнению теологические истины, но ставил под сомнение способности разума и поэтому, хотя и не имел скептических намерений, вел к скептицизму. Своей скорее критической, чем конструктивной позицией Скот явился предвестником новой эпохи, которая началась в XIV в. Его творчество стоит на грани между двумя типами средневековой философии — созидательной и критической, верящей в разум и той, которая сомневается в нем и сдается на милость веры.
2. Преимущество интуиции перед абстракцией. В принципе, Скот воспринял теорию познания Фомы и трактовал познание, не обращаясь к сверхъестественному просвещению. Но, однако, в важных моментах — в силу своей интроверсной ориентации — его взгляды отличались от воззрений Фомы. Первичными, наряду с актами внешнего восприятия, он считал акты разума, обращенного к самому себе и ориентированного на внутреннее переживание в равной мере. Скот отличался также взглядами на психологическое познание.
Он поиному понимал познание внешнего мира. Фома, верный универсальному взгляду греков, полагал, что разум познает только виды, Скот же приписывал разуму еще и способность познания единичного. Он также иначе понимал функции разума: Скот отрицал, что разумное познание имеет исключительно абстрактный характер. Абстрактное познание объектов всегда должно предваряться интуитивным; только с помощью интуиции, а не через абстрактное понимание можно подтвердить существование и наличие вещи. Он не трактовал интуицию мистически, но понимал ее как акт непосредственного познания наличного объекта.
Интуиция дает индивидуальное и экзистенциальное познание, но оно носит случайный характер, поскольку существование не относится к сущности конечных вещей. Абстрактное знание, напротив, отвлекаясь от наличных вещей и их индивидуальных характеристик, познает вместо этого их всеобщие и существенные особенности. Это различение двух родов познания, введенное Скотом, стало, начиная с того времени, всеобщей особенностью схоластики.
3. Преобладание единичного над общим. Скот не мог не сделать акцента на единичном, интуитивном познании, будучи уверен, что природа бытия единична. Он порвал с античным универсализмом, для которого бытие, а в еще большей степени сущность бытия была общей. Скот становится глашатаем метафизического индивидуализма: для него единичность была не вторичной, а первичной чертой бытия. Возможно, что к этому взгляду его подвела метафизически-религиозная природа христианства (основой христианства является не человечество вообще, а отдельная душа и ее спасение), а возможно и просто здравый рассудок.
Эту простую позицию Скот не выразил достаточно прямо, а изложил ее на традиционном аристотелевско-схоластическом языке. Этот язык указывал на «форму» как на существенный элемент вещи. Скот также утверждал, что видовая форма не может быть единственной, но что кроме нее в каждой вещи имеется индивидуальная форма, — это была схоластическая формула индивидуализма. Индивидуальные черты не являются содержанием материи, как это хотел представить Фома, а являются характеристикой формы. На языке схоластики форма — это индивидуальная особенность.
Однако индивидуализм Скота все-таки не был радикальным. Он утверждал, что существуют только конкретные сущности, но не считал, что всеобщее — это лишь заблуждение разума. Это утверждение стало основой позиции следующего поколения философов. Для Скота всеобщее содержалось в вещах, поскольку он принял реалистическую позицию Фомы, но он пошел дальше. Скот допустил, что все, что скрыто в понятии, содержится также и в объекте. Любой модус разумности он понимал как существенный модус. Геометрические величины, точки и прямые он считал реально существующими в объектах. Он множил отличительные особенности понятий и все их приписывал вещам. Скот соединил индивидуализм с понятийным реализмом.
Так, он пришел к признанию наличия в вещи множества форм, которое Фома считал невозможным, поскольку был убежден, что одна вещь может обладать только одной сущностью. Множественность форм нужна была Скоту, главным образом, в психологии. Он считал необходимым отделение духовного элемента от биологического. Если душа является формой органического тела, то должна существовать удвоенная форма, как духовная, так и телесная. Их соединение было наследием античности, христианские же философы давно боролись за их разделение, но в XIII в., после изучения Аристотеля, угрожало то, что они разделили, опять будет отождествлено.
4. Преобладание воли над мыслью. Теорию о том, что познание выступает результатом деятельности абстрактного разума, Скот ограничил с двух сторон. Во-первых, он говорил, что в познании принимает участие интуиция. Во-вторых, отмечал, что в нем принимает участие и воля. Фома утверждал, что разум управляет волей, Скот этому противоречил. Действия воли никто не может предопределить, так как она по своей природе свободна, являясь самодвижущейся. Разум не может управлять волей, воля же, наоборот, способна управлять разумом. Она управляет разумом до того, как он начинает действовать, прежде всего, в познание воля вводит момент активности и свободы. Поэтому появилась особая концепция познания. Ее когдато начал разрабатывать Августин, теперь ее развил Скот. Для того, чтобы уменьшить ее парадоксальность, он различал первое и второе познания, признавая, что первая стадия познания происходит без участия воли, однако утверждал, что вторая стадия всегда происходит с ее участием.
Изменилась оценка сил разума. Воля, в качестве свободной, является наиболее совершенной из сил. Познание не представляет собой наивысшей цели жизни, как того хотели интеллектуалисты, истина же выступает только одним из благ. Не познание, которое является насквозь пассивным процессом, а свободная воля уподобляет и приближает человека к Богу. Не разум, а воля является сущностью души. Примат воли, определенно чуждый античной философии, был, собственно говоря, христианским мотивом, и он отчетливо проявился у Августина. Под влиянием античных источников у его последователей он отошел на второй план, однако возродился вновь у Скота.
Поскольку воля является наиболее совершенной силой, она должна быть управляема наиболее совершенной сущностью, и Бога необходимо понимать как волю. Такой взгляд имел далеко идущие следствия: характерной чертой воли является свобода, следовательно, Бог свободен в своих решениях. Действительно, Скот отрицал, что Бог не может создать противоречивых и невозможных вещей (например, чтобы 3+2 не равнялось 5), не противится двум первым требованиям декалога (десяти заповедей), и что именно этим ограничивается свобода Бога. В конечном счете, Его свобода не ограничена, а воля является, сама по себе, исходным законом. Не существует правил добра, к которым можно было бы ее применить, чтобы свою деятельность сделать доброй. «Бог может любые правила установить как достаточные, так же как если бы и другие правила могли бы быть им установлены таким образом, что они также были бы достаточными». Эти истины являются истинами только потому, что их установил Бог. То, что для нас необходимо, для Бога является делом свободного выбора. Конечным основанием бытия является не необходимость, а свобода. Истина и благо не являются в своих основах объективными и незыблемыми, ибо об этом как арбитр может судить только Бог.