Один боярин, по имени Василий, а по прозванию Кутуз, не имел веры в чудотворную силу святого Ионы, никогда не приходил к нему и не хотел принимать от него благословения. Однажды он заболел сильною зубною болью, от который очень страдал и не мог никак излечиться. Случилось боярину тому, у которого болели зубы, быть в соборной церкви, когда в ней совершал божественную литургию святитель Божий Иона; по окончании литургии святой, подозвав к себе того боярина, благословил его, дал ему просфору и, преподав ему назидание от Божественного Писания, внезапно ударил рукою своею ему по щеке так, что многим был слышен звук удара.

Василий сильно закричал:

— Ой, больно мне: ты выбил мне последние зубы!

И тотчас больной почувствовал облегчение и зубная боль его прошла. Он отправился домой радуясь, благодаря Бога и похваляя угодника Его святителя Иону.

В 1451-м году за грехи предков наших, по попущению Божию, произошло нашествие безбожных агарян на русскую землю. Один ордынский князь со множеством татар неожиданно подступил к Москве, пожег окрестности ее и начал со всех сторон теснить самый город.

Блаженный митрополит Иона со всем клиром своим пошел с крестным ходом и с пением молебных песен по стенам города, со многими слезами вознося горячую молитву к Богу о граде и людях.

Увидав одного престарелого старца, инока Чудова монастыря, но имени Антония, который отличался добродетельным житием и которого он знал, святой Иона обратился к нему с такими словами:

— Сын и брат мой Антоний! Помолись милостивому Богу и Пречистой Богородице об избавлении города и всех православных христиан от безбожных агарян.

Антоний сказал ему:

— Великий святитель! Благодарим Бога и Пречистую Его Матерь, крепкую и скорую помощницу нашу: услышала Она молитвы твои и умолила Сына Своего, Господа нашего Иисуса Христа, да спасен будет ради тебя город сей и все православные христиане. Враги агаряне скоро будут побеждены и прогнаны невидимою силою; только мне одному суждено от Господа быть убитому до смерти врагами.

Едва старец сказал это, вдруг прострелила его пущенная татарами стрела, от которой он вскоре умер, после чего он с честью был погребен митрополитом Ионою со всем собором.

Когда же наступил праздник положения ризы Пресвятой Богородицы, июля 2 дня, произошло смятение у татар: внезапно напал на них страх и ужас, и они обратились в бегство, будучи гонимы от города невидимою силою.

Святой митрополит Иона повелел как можно скорее соорудить на своем дворе церковь положения ризы Пресвятой Богородицы, в память избавления по Ее молитвам от агарян, ибо в тот день они сняли осаду с города.

Потом по прошествии многих лет, достигнув до глубокой старости, святой Иона пред честною своею кончиною сподобился следующего откровения о ней от Бога.

Церковный сторож соборной церкви, по имени Максим, ходя в одну ночь, по долгу службы своей, вокруг церкви, нашел ее отпертой и увидел, что в ней горят свечи и поют священники. Он очень испугался и побежал сказать о том ключарю, иерею Иакову.

Тот поспешно отправился, но нашел церковь запертою, как и была, но изнутри был виден свет. Он отпер двери, вошел в храм и не нашел там никого, но свечи горели. Он устрашился и услыхал голос из алтаря, говорящий:

— Иаков! Пойди, скажи рабу моему, митрополиту Ионе, так как он просит у меня ради своего душевного спасения болезни телесной, — я услышал его просьбу: пошлю ему на ногу язву, от которой он умрет; пусть, ввиду скорого преставления, не медлит окончить дела, возлагаемые обязанностью архипастыря.

Услыхав тот голос, Иаков исполнился страха и ужаса, недоумевал и никому не рассказал своего видения, даже самому святителю Ионе.

Утром, на рассвете дня, святой Иона, призвав в себе Иакова, спросил его:

— Где ты был ночью, Иаков? Что ты видел и слышал? Почему ты не возвестил мне того, что было тебе открыто обо мне?

Иаков устрашился, упал к ногам святителя и сказал:

— Владыка, прости меня! Я не смел сказать тебе об этом, но я вижу, что тебе открыл об этом Святой Дух.

Святитель сказал:

— Бог да простит тебе, сын мой; но скажу тебе, что Бог отнимет у тебя супругу твою. Пойди же позаботься поскорее о душе ее, чтобы скончаться ей в покаянии.

До этого времени жена ключаря была совершенно здорова. Когда же он возвратился домой, то нашел ее уже больною, а чрез три дня она умерла, исполнив, как подобает, свой христианский долг покаянием и причащением Святых Христовых Таин.

Недолго пожил после того и сам великий святитель Иона. Исполненный благодати Святого Духа и добрых дел и «совершив святыню в страхе Божием» (2 Кор.7:1), он в преклонных летах сподобился блаженной кончины. Святитель заболел язвою на ноге и, ослабев телом, не ослабел духом, продолжая и в болезни посещать церковь Божию.

Готовясь предать святую душу свою в руки Божии, он благословил великого князя, его потомство и весь народ и, с молитвою на устах, отошел ко Господу в 1461-м году, марта в 31-й день [13]; он пас церковь Божию двенадцать с половиною лет.

Через несколько лет по смерти святого Ионы скончался и великий князь Василий Васильевич; ему наследовал сын его великий князь Иоанн Васильевич, самодержец земли Российской [14]. По изволению Божию и по благословению преосвященного митрополита Геронтия [15], он пожелал построить новую соборную церковь (которая существует и теперь) вместо прежней ветхой.

Взявши честные мощи святителя и чудотворца Петра митрополита [16], перенесли их на время в другую церковь.

И вот, когда разобрана была старая церковь [17] и стали копать рвы для закладки фундамента новой великой церкви, найдены были мощи прочих митрополитов: Феогноста [18], Киприана [19], Фотия, а также и святого чудотворца Ионы.

Когда во время обретения сих честных мощей стали совершать соборные панихиды, был принесен туда один семилетний отрок, по имени Симеон, расслабленный со дня рождения своего. Он был сын священника Петра, служившего при храме святого Иоанна Лествичника, что в колокольне. Соборный пресвитер Алексий, подняв на руки того расслабленного отрока, поставил в ногах у раки святителя Ионы и, держа его, велел ему молиться.

Отрок, поддерживаемый тем иереем, молясь, крикнул громко:

— Дождь идет!

День был ведреный, на небе не было видно ни одного облака: тотчас тот отрок сделался здоровым и уже без посторонней помощи пошел сам домой.

Все дивились сему чуду и прославляли Бога и его угодника святого Иону.

Когда окончена была постройка соборной церкви Успения Пресвятой Богородицы в 1479 году, она была торжественно освящена и в нее перенесены были честные мощи святых митрополитов: во-первых, святого чудотворца Петра, потом Феогноста, Киприана, Фотия и сего угодника Христова, Ионы. А так как мощи его оказались целыми и нетленными, то их положили в раку и поставили открыто в соборной церкви, как они почивают и теперь и сподобляют многих верующих, приходящих к ним с молитвою, просимой благодати [20].

Один человек, по имени Иоанн, будучи немым и не могущим ничего говорить, пришел однажды к раке святого и приложился к честным его мощам, поцеловав его святую руку. Неизвестно, как ему, Божиим смотрением, показалось, что святитель протянул руку свою, схватил его за язык и крепко держал. Он начал громко кричать. Священники и народ, бывшие тогда в церкви, поспешили к нему на крик и недоумевали, почему кричит немой. Увидав, что святой выпустил из рук язык и перестал кричать, Иоанн начал тотчас ясно говорить и рассказывать всем о том, как чудесно разрешился от немоты язык его. Все, бывшие там, пришли в ужас от того дивного чуда и, прославляя дела Божии, величали и великого чудотворца святителя Иону.