В качестве театра военных действий боевиками выбран юг Узбекистана не только в силу географической близости к Афганистану, откуда осуществлялась разнообразная помощь. Обстановка в этом регионе хронически напряженная, что обусловлено социально-экономическими и этническими факторами. Сельские районы Узбекистана перенаселены. Средний возраст более половины жителей республики — менее 20 лет, отмечаются высокий уровень безработицы, бедность. В этой обстановке наблюдается рост влияния ислама, в том числе ваххабизма. Кроме того, большинство жителей юга Узбекистана — этнические таджики. На бытовом уровне между узбеками и таджиками часто возникают конфликты.
Вооруженные провокации, осуществленные боевиками ИДУ, осложнили военно-политическую ситуацию в Центральной Азии. Особую озабоченность вызывает обострение приграничных проблем между Узбекистаном и Таджикистаном. Неспособность Душанбе уничтожить действовавшие на его территории наиболее боеспособные бандформирования Исламского движения Узбекистана не могла не беспокоить Ташкент и заставила его принять срочные меры по организации военного прикрытия узбекско-таджикской границы, ее односторонней делимитации и минированию отдельных участков.
В последующем произошло усиление группировки узбекских вооруженных сил в сопредельных с Таджикистаном, Киргизией и Казахстаном районах. Данные действия сопровождались заявлениями о необходимости укрепления границ в связи с возможным вторжением незаконных вооруженных формирований исламистов. По сообщениям СМИ, после начала операции США и их союзников в Афганистане Исламское движение Узбекистана занимается перегруппировкой сил и средств, передислокацией инфраструктуры, сохранением боевых формирований. Предполагается, что одной из основных баз ИДУ может вновь стать территория Таджикистана. Властям Узбекистана удалось установить жесткий контроль над деятельностью религиозных организаций, что позволило пока отодвинуть угрозу радикализации ислама в стране. В статье 10 закона «О свободе совести и религиозных организациях» говорится, что религиозные организации приобретают статус юридического лица и могут осуществлять свою деятельность после их регистрации в Министерстве юстиции или его органах на местах в порядке, предусмотренном законом. Это означает, что, если верующие собираются в незарегистрированных молитвенных домах, власти считают это нарушением закона и применяют карательные акции, вплоть до возбуждения уголовного дела.
Тотальный контроль официального мусульманского духовенства светскими властями позволил Ташкенту развернуть после начала антитеррористической операции в Афганистане мощную пропагандистскую кампанию. Во всех мечетях имамы выступили с проповедью, осуждающей терроризм. Однако опасность распространения радикального ислама по-прежнему высока. Угроза стихийных антиправительственных бунтов по-прежнему реальна. Основным катализатором потенциальной нестабильности в Узбекистане является крайне низкий уровень жизни подавляющей части населения республики.
Несмотря на имеющиеся трудности самостоятельного развития, Узбекистан за последние десять лет значительно укрепил свои позиции в Центральной Азии. Узбекистан обладает наибольшим военным потенциалом, занимает срединное географическое положение в Центральной Азии и имеет практически однородное в этническом отношении население (из 22 млн около 18— узбеки). При этом высок «удельный вес» узбекских диаспор в этнонациональной структуре соседних государств (в Таджикистане — 24,4 %, Кыргызстане— 13,8 %, Туркменистане — 9,0 %, Казахстане— 2,5 %).
Узбекистан играет активную роль в развитии военно-политической обстановки, а также занимает важное место в продвижении интересов США в Центральной Азии. В свою очередь, военная операция США в Афганистане рассматривается руководством Узбекистана как мощный фактор укрепления безопасности и развития экономического потенциала страны. Расширение сотрудничества Узбекистана со странами НАТО идет параллельно его сокращению с Россией.
Однако благосклонность США к авторитарному режиму Ислама Каримова явилась недостаточным условием для того, чтобы избежать социальных потрясений. В середине мая 2005 г. в г. Андижане, где проживают порядка 300 тыс. человек, возник мятеж, причинами которого явились: получивший здесь распространение исламизм, а также безработица и репрессии властей. Непосредственным поводом для мятежа послужило осуждение 23 человек, которые состояли в «Акромии» — запрещенной организации, связанной с «Хизб ут-Тахрир» (Партией исламского освобождения), называющей себя ненасильственной, однако обвиняемой властями в организации в марте 2004 г. серии терактов с участием террористов-смертников, повлекших за собой гибель 47 человек. События в Киргизии и Узбекистане, становятся знаковым явлением для всей Центральной Азии, где в течение ближайших 5–7 лет возможна новая революционная смена власти, которая будет угрожать безопасности России и Китая.
Сепаратизм в Таджикистане активизировался с начала 90-х гг., когда страна превратилась в горячую точку региона, поле братоубийственной войны, поставившей республику на грань катастрофы. Хотя для Таджикистана характерна относительно высокая степень однородности национального состава (занимает третье место в Центральной Азии по этому показателю после Туркменистана и Узбекистана), в стране имеются длительно действующие межэтнические напряжения. Кроме того, в Таджикистане наблюдается быстрый рост населения, который за десять лет составил 1 млн человек.
После распада СССР в Таджикистане столкнулись геополитические интересы ряда стран. Социальный, экономический и демографический кризисы охватили весь Центрально-Азиатский регион, но наиболее острый характер он приобрел в малоземельном Таджикистане.
Крах союзной государственности развалил сложившуюся в Таджикистане за годы советской власти этносоциальную систему. Отдельные ее части включились в вооруженную борьбу за власть, начали эмигрировать либо стали формировать свои полуавтономные сегменты государства, прибегая к образованию субэтнических территорий.
Как и во многих странах Востока, в Таджикистане имеет место закрепление этнорегиональных и этнических групп в определенных профессиях, экономических сферах, социальных нишах, что перевело в этническую плоскость многочисленные конфликты, связанные с перераспределением власти, реформированием экономики и разделом государственной собственности.
Этническая и этнорегиональная окраска политических и экономических конфликтов делает их мало поддающимися управлению. К этому типу межэтнических напряжений относятся отношения между таджиками — с одной стороны и узбеками и арабами — с другой, в южных приграничных районах Таджикистана. Традиционно узбеки, арабы и туркмены занимаются скотоводством, а таджики — земледелием, они распахивают пастбища под хлопок и сады. После провозглашения суверенитета в процессе раздела власти и собственности в 1992 г. на юге страны возникла острая конкуренция между скотоводами и земледельцами за земельные и водные ресурсы, перешедшая в вооруженный конфликт.
Одним из важнейших факторов, объективно обостряющих и формирующих характер и содержание межэтнических отношений в период суверенизации, является зависимость того или иного этноса от государства.
Таджикистан после схватки субэтносов за власть и ресурсы в период ухода союзной администрации и начала раздела государственной собственности превратился в сегментарное государство, состоящее из местных, автономных центров власти. Власть доминирующего ядра абсолютна лишь в пределах центрального сегмента (субэтнической территории) и сходит на нет по мере удаления от него, превращаясь в номинальное верховенство над периферийными сегментами, которые стремятся вести собственную политику.
В 1992 г. разразилась гражданская война, и власть захватила таджикская оппозиция, представлявшая собой коалицию исламистских и других группировок. Потерпев в этом же году поражение, большая часть оппозиционных сил перешла границу и ушла в Афганистан, откуда они совершали вооруженные вылазки против Таджикистана. Политический гражданский конфликт унес более 50 тыс. жизней, вызвал поток переселенцев и экономических беженцев, которых насчитывается до одного миллиона.