В апреле 2002 г. Совет НАТО, являющийся высшим политическим органом альянса, утвердил программу индивидуального партнерства НАТО с Беларусью на 2002–2003 г. В рамках программы Минск заявил о готовности участвовать в 19 направлениях сотрудничества с альянсом. По сравнению с программой на 2000–2001 г. в новый документ включено 5 дополнительных направлений сотрудничества — программа в области оборонных исследований и технологий, программа противодействия распространению ядерного, бактериологического и химического оружия, программы «Военная география», «Гуманитарное разминирование», «Стрелковое оружие и легкие вооружения». Приоритетное внимание в индивидуальной программе партнерства Беларуси и НАТО на 2002–2003 г. уделяется взаимодействию при ликвидации чрезвычайных ситуаций, управлению кризисными ситуациями, языковой подготовке, контролю над вооруженными силами и оборонительными структурами. Например, в рамках этой программы 1-й заместитель министра по чрезвычайным ситуациям Беларуси Э. Бариев в апреле 2002 г. принимал участие в открывшемся в штаб-квартире НАТО в Брюсселе заседании Главного комитета по планированию использования гражданских служб в чрезвычайных ситуациях. В ходе заседания Главного комитета в Брюсселе были обсуждены вопросы расширения взаимосвязей в рамках Совета североатлантического партнерства и развития широкомасштабного международного сотрудничества в области предупреждения, смягчения и ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций.
На 2004–2005 гг. Беларусь подготовила новую индивидуальную программу партнерства с НАТО, в которой упор был сделан на придание сотрудничеству с альянсом большей практической направленности с учетом происшедших в 2003 г. изменений в национальном законодательстве, а также в связи с расширением НАТО до 26 членов. Всего в белорусскую индивидуальную программу партнерства на 2004–2005 г. включено 171 мероприятие в 21 области сотрудничества. В целях реализации этой программы делегация военных экспертов НАТО во главе с начальником штаба субрегионального командования «Северо-Восток» Объединенных вооруженных сил альянса в Европе генерал-майором Эрнестом Лутцем в конце января 2004 г. в Минске обсудила с белорусскими коллегами перспективы совместной деятельности по поддержанию международного мира и безопасности.
Новым моментом в развитии сотрудничества Беларуси с НАТО в 2004 г. должно было стать участие мотострелкового отделения белорусской армии в многонациональных учениях вооруженных сил НАТО «Кооперейтив Бест Эффорт-2004». В ходе учений планировалось отработать задачи по достижению оперативной совместимости при выполнении операций по поддержанию мира. Ранее представители вооруженных сил Беларуси участвовали в учениях НАТО исключительно в роли наблюдателей. После того как в 2003 г. году в законодательство республики были внесены поправки, разрешающие в особых случаях направлять военнослужащих за пределы республики, Министерство обороны страны занялось их подготовкой к участию в многонациональных поисково-спасательных, гуманитарных операциях и миссиях по поддержанию мира, проводимых под эгидой ООН.
Развитие контактов между Беларусью и НАТО сопровождается достаточно жесткой критикой со стороны белорусских властей в отношении политики альянса, направленной на прием в свои ряды новых членов. Так, 14 апреля 2004 г. президент А. Лукашенко вновь заявил о неизменности своей позиции в вопросе расширения НАТО и необходимости учета этого процесса при реформировании белорусской армии. А. Лукашенко также высказал недовольство тем, что на территории новых стран-участниц разворачивается военная инфраструктура НАТО, в частности, средства технической разведки, которые позволяют просматривать обстановку не только на всей территории Беларуси, но и на значительной части России.
Расширение альянса и его военные приготовления в Минске рассматривают в качестве потенциальной угрозы, которая может актуализироваться, особенно учитывая тот факт, что страны Североатлантического альянса почти окружили Белоруссию, в результате чего ее общая граница с НАТО составила 1213 км.
В этой связи в белорусской армии уделяют большое внимание укреплению выучки личного состава. В республике регулярно проводятся военные учения и маневры. На протяжении последних нескольких лет в Беларуси были проведены крупные комплексные оперативно-тактические маневры: «Неман-2001», «Березина-2002» и «Чистое небо-2003». В 2004 г. состоялись учения «Щит Отечества-2004», в которых приняли участие около 7,5 тыс. человек личного состава, большое количество военной техники. На театре военных действий, который охватил три крупных общевойсковых полигона (227-й Борисовский, 230-й Обуз-Лесновский и Гожский), отрабатывались задачи перевода войск с мирного на военное время, планирования их действий по отражению агрессии (первый этап), вопросы оперативного развертывания национальных вооруженных сил (второй этап), а также совместного применения армейских частей и сил МВД, МЧС, КГБ и погранвойск.
Оценки НАТО военными ведомствами Беларуси и России совпадают. Хотя, согласно положениям ряда международных документов, НАТО для Беларуси и России не является противником. В совместной военной доктрине, концепциях национальной безопасности РФ и РБ, не исключается военная угроза с западного направления.
По этой причине оба государства проводят мероприятия, направленные на повышение боевого мастерства и взаимодействия армий двух государств. Так, 9–15 июля 2004 г. на европейской части России и на территории Беларуси прошли крупнейшие за всю постсоветскую историю командно-штабные учения «Союзная безопасность-2004». В них были задействованы войска Московского (МВО) и Приволжско-Уральского (ПУРВО) военных округов, а также рабочая группа Минобороны Белоруссии, в том числе штабы объединений и соединений белорусской армии. Таким образом, театр военных действий КШУ включал территорию СНГ от границ Польши до Уральских гор.
Отмечая, что сотрудничество между военными ведомствами двух стран является фактором укрепления их безопасности, необходимо подчеркнуть, что конфликты между Россией и Белоруссией, которые имели место в политической и экономической сферах на протяжении последних нескольких лет, ослабляют их способность противостоять новым угрозам и вызовам.
Определенное беспокойство вызывает и перспектива того, что на смену правящей политической элите в Беларуси могут прийти прозападные, ориентированные на вступление в НАТО политические силы. В этом случае из-за своего геостратегического положения Беларусь окажется, возможно, первым среди государств третьей волны расширения альянса. Уже нынешние, постоянно расширяющиеся контакты этой республики с НАТО создают реальные предпосылки для переориентации ее внешней и оборонной политики.
Более того, существует опасность того, что союзное государство вообще никогда не состоится и каждая из сторон будет искать свои пути обеспечения национальной безопасности. ВС Беларуси не смогут обеспечить национальную безопасность своей страны за счет союза, который никак не может создаться. По этой причине Минск вынужден будет переориентироваться на НАТО и капитулировать под нажимом альянса. Подобный маневр со стороны России практически исключен в силу ее размеров, потенциала, особенностей исторического развития и т. д. Согласно этому сценарию, Москва будет вынуждена создавать почти заново систему безопасности на белорусской границе. При таком развитии событий Россия, вероятнее всего, лишится расположенных на территории Беларуси двух российских военных объектов: РЛС в Ганцевичах и станции связи Балтийского флота в Вилейке. Будут резко ухудшены возможности военного транзита в Калининградскую область. Войска и военные объекты НАТО станут еще ближе к России. В целом возможности альянса оказывать нажим на Россию резко возрастут. Поэтому очень важно не допустить такого сценария развития отношений.